Ústav biologie obratlovců, v.v.i. - Lidé

doc. Mgr. et Mgr. Josef Bryja, Ph.D.

Pozice: vedoucí pracoviště
Zaměření: molekulární ekologie
Oddělení: Detašované pracoviště Studenec
Telefon: +420 560 590 601
E-mail: bryjabrno.cas.cz

Výzkumné směry

molekulární ekologie obratlovců (vztah neutrální a adaptivní variability, imunogenetika, ochranářská genetika, pohlavní výběr),
ekologie savců, zejména hlodavců (poměr pohlaví, populační dynamika, struktura společenstev),
fylogeografie, taxonomie a fylogenetika drobných savců, zejména v Africe.

Řešené projekty

Evoluce na strmém gradientu nadmořské výšky: stanovení role genetických a ekologických faktorů v procesu vzniku druhů (2018-2020)

Ukončené projekty

Biologie rypošovitých z mezických tropických oblastí (2008-2011)

BIOM: Vzdělávací centrum pro biodiverzitu – Mohelský mlýn (2015-2016)

Evoluce hlodavců a jejich parazitů v otevřených biotopech východní Afriky (2015-2017)

Genetická struktura populací perlorodky říční v České republice (2009-2010)

NextGenProject: Technologie nové generace v evoluční genetice (2012-2015)

Ochranářská genetika vybraných obratlovců západního Balkánu (2008-2009)

PROVAZ: PROpojení Vzdělávání A nových přístupů v Zoologicko-ekologickém výzkumu - od teorie k praxi (2011-2014)

Role MHC v sexuální selekci - observační a experimentální studie u tří modelových druhů obratlovců (2006-2008)

Srovnávací fylogeografie jihovýchodní Afriky (region Zambezi) na modelu drobných savců (2010-2014)

Toll-like receptory u pěvců: popis, polymorfismus a evoluční důsledky alelické variability (2010-2014)

Vnitrodruhová variabilita populací dvou kryptických druhů netopýrů rodu Pipistrellus ve střední Evropě (2006-2008)

Workshop - Využití genetických zdrojů k efektivní ochraně ohrožených druhů (2010-2012)

Vzdělání

1992-2000: Masarykova univerzita Brno, Přírodovědecká fakulta.
1992-1997: magisterské studium - Systematická biologie a ekologie. Diplomová práce: Struktura synuzií drobných zemních savců v různých biotopech CHKO Poodří, (Mgr.; vedoucí Z. Řehák).
1993-1998: magisterské studium - Molekulární biologie a genetika. Diplomová práce: Příprava zkrácené varianty genu pro retinoidový receptor RXR alpha a jeho přenos do monoblastové linie BM2, (Mgr.; vedoucí J. Šmarda).
1997-2000: postgraduální studium - Zoologie (zaměřeno na populační dynamiku hrabošovitých hlodavců). Doktorská práce: Demografická charakteristika populace hraboše polního (Microtus arvalis) na jižní Moravě, (Ph.D.; školitel J. Gaisler).

Zaměstnání

Ústav biologie obratlovců AV ČR, v.v.i.:

1997-2000: odborný VŠ pracovník
2001-2010: vědecký pracovník, zodpovědný za provoz laboratoře molekulární genetiky na oddělení populační biologie ve Studenci
2010-současnost: vedoucí vědecký pracovník, vedoucí detašovaného pracoviště ÚBO AV ČR, v.v.i., ve Studenci
2011-současnost: vědecký tajemník ÚBO AV ČR, v.v.i.
2012-současnost: předseda Rady ÚBO AV ČR, v.v.i.

Ústav botaniky a zoologie, Přírodovědecká fakulta MU, Brno:

2003-2009: odborný pracovník (částečný úvazek)
2009-současnost: docent (částečný úvazek)
výuka: Molekulární ekologie (od r. 2015 s M. Macholánem a A. Konečným), Genetické metody v zoologii (s M. Macholánem), Pokroky ve výzkumu obratlovců (s T. Bartoničkou)
školitel bakalářských, magisterských a postgraduálních studentů

Vědecká a organizační činnost

pravidelný hlavní organizátor největší česko-slovenské zoologické konference Zoologické dny,
recenzent odborných časopisů a oponent grantových návrhů,
oponent závěrečných studentských prací a člen zkušebních komisí v České republice, na Slovensku, ve Francii a v Belgii,
školitel nebo konzultant 21 bakalářských, 27 magisterských a 17 PhD studentů na PřF MU Brno, PřF JU České Budějovice, PřF UK Praha a Université Montpellier II.

Vybrané mezinárodní zkušenosti a spolupráce

2004-2006: Centre de Biologie et Gestion des Populations, INRA, Montferriez-le-Lez, France (J.F. Cosson, N. Charbonnel).
2004-2009: zástupce České republiky v mezinárodním řídícím výboru vědeckého programu European Science Foundation "Integrating population genetics and conservation biology: Merging theoretical, experimental and applied approaches".
září 2008: organizace Letní školy ochranářské genetiky v Liblicích (podporováno European Science Foundation) za účasti studentů a školitelů z 19 evropských zemí.
2004-současnost: organizace či účast na terénních expedicích v Africe (Senegal, Mosambik, Keňa, Etiopie, Tanzánie, Madagaskar), spolupráce s africkými, evropskými a americkými kolegy na výzkumu afrických savců.
2005-2013: školitel dvou doktorandů pod dvojím vedením na Université Motpellier II, Francie.
krátké pracovní pobyty a zvané přednášky na evropských výzkumných institucích (Francie - CBGP, Université Montpellier, Muséum national d´Histoire naturelle, Université de Rennes; Dánsko - University of Aarhus; Belgie - University of Antwerp, Royal Belgian Institute for Natural Sciences, Brussels; Itálie - Centre for Research and Innovation, S. Michele all’Adige; Slovinsko - University of Koper aj.).
2009-2013: zástupce České republiky v konsorciu CONGRESS (Conservation of Genetic Resources for Effective Species Survival), projekt 7RP EU; 2012 - hlavní organizátor dvou mezinárodních workshopů zaměřených na ochranářskou genetiku (Slovensko, Maďarsko).

Současní Ph.D. studenti

Aghová Tatiana: Comparative phylogeography of the Somali-Maasai region in eastern Africa using selected rodent species as a model, ÚBZ PřF MU, Brno (školitel, konzultant R. Šumbera)
Bartáková Veronika: The effects of non-native species on host-parasite relationships, ÚBZ PřF MU, Brno (školitel, konzultant M. Reichard)
Králová Tereza: The effect of life histories on the variation of immune genes in passerines - a comparative approach, ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel, konzultanti T. Albrecht, M. Vinkler)
Mazoch Vladimír: Phylogeography of small mammals in the Zambezian savannahs. KZ PřF JU, České Budějovice. (školitel specialista, školitel R. Šumbera)
Těšíková Jana: Quantifying viral gene capture, and the host’s response, during passage across a species barrier: Murine cytomegalovirus in a house mouse hybrid zone. (konzultant, školitelka J. Göuy de Bellocq)
Turbaková Barbora: Conservation genetics of European lynx in Central Europe. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel)
Krásová Jarmila: Historical biogeography of mountain regions of Eastern Africa using small mammals as a model. KZ PřF JU, České Budějovice. (školitel-specialista, školitel R. Šumbera)
Hánová Alexandra: Factors affecting population genetic structure of rodents in savannahs. ÚBZ PřF MU, Brno. (konzultant, školitel A. Konečný)

Současní bakalářští a magisterští studenti

Petružela Jan: Parasites of the genus Pneumocystis in African rodents. ÚBZ PřF MU, Brno. (vedoucí)
Jasinský Aleš: Biologická rozmanitost hlodavců rodu Aethomys v celoafrickém kontextu. ÚBZ PřF MU, Brno. (vedoucí)
Mizerovská Daniela: Evoluční historie druhového komplexu Praomys jacksoni (Rodentia: Murinae). ÚBZ PřF MU, Brno. (vedoucí)
Bureš Michal: Evoluční historie a rozšíření bělozubek druhů Crocidura hirta a flavescens ve východní Africe. ÚBZ PřF MU, Brno. (konzultant, vedoucí A. Konečný)

Bývalí Ph.D. studenti

Čížková Dagmar, 2015: Major histocompatibility complex variation in the house mice hybrid zone. ÚEB PřF MU, Brno. (školitel)
Wasimuddin, 2014: Genetic variation of selected pathogens in the house mouse hybrid zone. (školitel, konzultanti J.Gouy de Bellocq and J.Piálek)
Zemanová Barbora, 2014: Genetic structure of chamois populations in Central Europe. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel)
Fornůsková Alena, 2013: Genes of innate immunity and their significance in evolutionary ecology of free living rodents. ÚBZ PřF MU, Brno a Université Montpellier II. (školitel, spolu s J.F. Cosson, doktorát pod dvojím vedením)
Patzenhauerová-Konvičková Hana, 2013: Bathyergid rodents of mesic tropical regions: Phylogeography, kinship structure and mating systems. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel)
Poláková Radka, 2011: The effect of genetic factors on reproductive success in a socially monogamous songbird. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel, konzultant T.Albrecht)
Říčanová Štěpánka, 2011: Phylogeography and conservation genetics of the European ground squirrel. KZ PřF JU, České Budějovice. (školitel specialista, školitel F.Sedláček)
Promerová Marta, 2011: Major histocompatibility complex genes: their variation and impact on fitness in a socially monogamous passerine. ÚBZ PřF MU, Brno. (školitel, konzultant T.Albrecht)
Konečný Adam, 2009: Consequences of anthropogenic changes on rodent communities and populations: study cases on native and introduced species in Eastern Senegal. ÚBZ PřF MU, Brno a Université Montpellier II. (školitel, spolu s J.M.Duplantier a J.F.Cosson; doktorát pod dvojím vedením)
Hájková Petra, 2008: Conservation genetics of the Eurasian otter. ÚBZ PřF MU, Brno. (konzultant, školitel P.Jurajda)

Publikace

2018

Aghová T., Kimura Y., Bryja J., Dobigny G., Granjon L., Kergoat G. J.: Fossils know it best: Using a new set of fossil calibrations to improve the temporal phylogenetic framework of murid rodents (Rodentia: Muridae), Molecular Phylogenetics and Evolution 128 (2018) 98-111.

Bartáková V., Bryja J., Reichard M.: Fine-scale genetic structure of the European bitterling at the intersection of three major European watersheds, BMC Evolutionary Biology 18 (2018) .

Bryja J., Kostin D., Meheretu Y., Šumbera R., Bryjová A., Kasso M., Mikula O., Lavrenchenko L. A.: Reticulate Pleistocene evolution of Ethiopian rodent genus along remarkable altitudinal gradient, Molecular Phylogenetics and Evolution 118 (2018) 75-87.

Bryja J., Konvičková H., Bryjová A., Mikula O., Makundi R., Chitaukali W. N., Šumbera R.: Differentiation underground: range-wide multilocus genetic structure of the silvery mole-rat does not support current taxonomy based on mitochondrial sequences, Mammalian Biology 93 (2018) 82-92.

Konečný A., Popa O., Bartáková V., Douda K., Bryja J., Smith C., Popa L. O., Reichard M.: Modelling the invasion history of Sinanodonta woodianain Europe: tracking the routes of a sedentary aquatic invader with mobile parasitic larvae, Evolutionary Applications (2018) .

Kostin D. S., Kasso M., Komarova V. A., Martynov A. A., Gromov A. R., Alexandrov D. Y., Bekele A., Zewdie C., Bryja J., Lavrenchenko L. A.: Taxonomic and genetic diversity of rodents from the Arsi Mountains (Ethiopia), Mammalia (2018) .

Králová T., Albrecht T., Bryja J., Hořák D., Johnsen A., Lifjeld J. T., Novotný M., Sedláček O., Velová H., Vinkler M.: Signatures of diversifying selection and convergence acting on passerine Tolllike receptor 4 in an evolutionary context, Molecular Ecology 27 (2018) 2871-2883.

Mazoch V., Mikula O., Bryja J., Konvičková H., Russo I.-R., Verheyen E., Šumbera R.: Phylogeography of a widespread sub-Saharan murid rodent Aethomys chrysophilus: the role of geographic barriers and paleoclimate in the Zambezian bioregion, Mammalia 82 (2018) 373-387.

Petružela J., Šumbera R., Aghová T., Bryjová A., Katakweba A. S., Sabuni C. A., Chitaukali W. N., Bryja J.: Spiny mice of the Zambezian bioregion – phylogeny, biogeography and ecological differentiation within the Acomys spinosissimus complex, Mammalian Biology 91 (2018) 79-90.

Sabuni C., Aghová T., Bryjová A., Šumbera R., Bryja J.: Biogeographic implications of small mammals from Northern Highlands in Tanzania with first data from the volcanic Mount Kitumbeine, Mammalia 82 (2018) 360-372.

Šumbera R., Krásová J., Lavrenchenko L. A., Mengistu S., Bekele A., Mikula O., Bryja J.: Ethiopian highlands as a cradle of the African fossorial root-rats (genus Tachyoryctes), the genetic evidence, Molecular Phylogenetics and Evolution 126 (2018) 105-115.

2017

Aghová T., Šumbera R., Piálek L., Mikula O., McDonough M. M., Lavrenchenko L. A., Meheretu Y., Mbau J. S., Bryja J.: Multilocus phylogeny of East African gerbils (Rodentia, Gerbilliscus) illuminates the history of the Somali-Masai savanna, Journal of Biogeography 44 (2017) 2295-2307.

Bryja J., Šumbera R., Kerbis Peterhans J. C., Aghová T., Bryjová A., Mikula O., Nicolas V., Denys C., Verheyen E.: Evolutionary history of the thicket rats (genus Grammomys) mirrors the evolution of African forests since late Miocene, Journal of Biogeography 44 (2017) 182-194.

Horníček J., Menclová P., Popelková A., Rymešová D., Zárybnická M., Bryja J., Svobodová J.: Microsatellite analysis detects low rate of extra-pair paternity in Tengmalm’s owl, Aegolius funereus, Folia zoologica 66 (2017) 22-28.

Janáč M., Bryja J., Ondračková M., Mendel J., Jurajda P.: Genetic structure of three invasive gobiid species along the Danube-Rhine invasion corridor: similar distributions, different histories, Aquatic Invasions 12 (2017) 551-564.

Lavrenchenko L. A., Nadjafova R. S., Bekele A., Mironova T. A., Bryja J.: Phylogenetic position of a monotypic Ethiopian endemic rodent genus Megadendromus (Rodentia, Nesomyidae), Mammalia 81 (2017) 71-82.

Rymešová D., Králová T., Promerová M., Bryja J., Tomášek O., Svobodová J., Šmilauer P., Šálek M., Albrecht T.: Mate choice for major histocompatibility complex complementarity in a strictly monogamous bird, the grey partridge (Perdix perdix), Frontiers in Zoology 14 (2017) .

Těšíková J., Bryjová A., Bryja J., Lavrenchenko L. A., Goüy de Bellocq J.: Hantavirus strains in East Africa related to Western African hantaviruses, Vector-Borne and Zoonotic Diseases 17 (2017) 278-280.

2016

Goüy de Bellocq J., Těšíková J., Meheretu Y., Čížková D., Bryjová A., Leirs H., Bryja J.: Complete genome characterisation and phylogenetic position of Tigray hantavirus from the Ethiopian white-footed mouse, Stenocephalemys albipes, Infection, Genetics and Evolution (2016) 242-245.

Mikula O., Šumbera R., Aghová T., Mbau J. S., Katakweba A. S., Sabuni C. A., Bryja J.: Evolutionary history and species diversity of African pouched mice (Rodentia: Nesomyidae: Saccostomus), Zoologica Scripta 45 (2016) 595-617.

Wasimuddin W., Bryja J., Ribas A., Baird Stuart J. E., Piálek J., Goüy de Bellocq J.: Testing parasite "intimacy": the whipworm Trichuris muris in the European house mouse hybrid zone, Ecology and Evolution 6 (2016) 2688-2701.

2015

Bartáková V., Reichard M., Blažek R., Polačik M., Bryja J.: Terrestrial fishes: rivers are barriers to gene flow in annual fishes from the African savanna, Journal of Biogeography 42 (2015) 1832-1844.

Jacquet F., Denys C., Verheyen E., Bryja J., Hutterer R., Kerbis Peterhans J. C., Stanley W. T., Goodman S. M., Couloux A., Colyn M., Nicolas V.: Phylogeography and evolutionary history of the Crocidura olivieri complex (Mammalia, Soricomorpha): from a forest origin to broad ecological expansion across Africa, BMC Evolutionary Biology 15 (2015) 71.

Jánová E., Bryja J., Čižmár D., Čepelka L., Heroldová M.: A new method for assessing food quality in common vole (Microtus arvalis) populations, European Journal of Wildlife Research 61 (2015) 57-62.

Kaňuch P., Aghová T., Meheretu Y., Šumbera R., Bryja J.: New discoveries on the ecology and echolocation of the heart-nosed bat Cardioderma cor with a contribution to the phylogeny of Megadermatidae, African Zoology 50 (2015) 53-57.

McDonough M. M., Šumbera R., Mazoch V., Ferguson A. W., Phillips C. D., Bryja J.: Multilocus phylogeography of a widespread savanna-woodland adapted rodent reveals the influence of Pleistocene geomorphology and climate change in Africa's Zambezi region, Molecular Ecology 24 (2015) 5248-5266.

Meheretu Y., Šumbera R., Bryja J.: Enigmatic Ethiopian endemic rodent Muriculus imberbis (Rüppell 1842) represents a separate lineage within genus Mus, Mammalia 79 (2015) 15-23.

Popa O. P., Bartáková V., Bryja J., Reichard M., Popa L. O.: Characterization of nine microsatellite markers and development of multiplex PCRs for the Chinese huge musel Anodonta (Sinanodonta) woodiana Lea, 1834 (Mollusca, Bivalvia), Biochemical Systematics and Ecology 60 (2015) 234-237.

Vinkler M., Bainová H., Bryjová A., Tomášek O., Albrecht T., Bryja J.: Characterisation of Toll-like receptors 4, 5 and 7 and their genetic variation in the grey partridge, Genetica 143 (2015) 101-112.

Winternitz J., Promerová M., Poláková R., Vinkler M., Schnitzer J., Munclinger P., Babik W., Radwan J., Bryja J., Albrecht T.: Effects of heterozygosity and MHC diversity on patterns of extra-pair paternity in the socially monogamous scarlet rosefinch, Behavioral Ecology and Sociobiology 69 (2015) 459-469.

Zemanová B., Hájková P., Hájek B., Martínková N., Mikulíček P., Zima J., Bryja J.: Extremely low genetic variation in endangered Tatra chamois and evidence for hybridization with an introduced Alpine population, Conservation Genetics 16 (2015) 729-741.

2014

Bainová H., Králová T., Bryjová A., Albrecht T., Bryja J., Vinkler M.: First evidence of independent pseudogenization of Toll-like receptor 5 in passerine birds, Developmental and Comparative Immunology 45 (2014) 151-155.

Bryja J., Mikula O., Patzenhauerová H., Oguge N. O., Šumbera R., Verheyen E.: The role of dispersal and vicariance in the Pleistocene history of an East African mountain rodent, Praomys delectorum, Journal of Biogeography 41 (2014) 196-208.

Bryja J., Mikula O., Šumbera R., Meheretu Y., Aghová T., Lavrenchenko L. A., Mazoch V., Oguge N., Mbau J. S., Welegerima K., Amundala N., Colyn M., Leirs H., Verheyen E.: Pan-African phylogeny of Mus (subgenus Nannomys) reveals one of the most successful mammal radiations in Africa, BMC Evolutionary Biology 14 (2014) 256.

Fornůsková A., Bryja J., Vinkler M., Macholán M., Piálek J.: Contrasting patterns of polymorphism and selection in bacterial-sensing toll-like receptor 4 in two house mouse subspecies, Ecology and Evolution 4 (2014) 2931-2944.

Fornůsková A., Petit E.J., Bartonička T., Kaňuch P., Butet A., Řehák Z., Bryja J.: Strong matrilineal structure in common pipistrelle bats (Pipistrellus pipistrellus) is associated with variability in echolocation calls, Biological Journal of the Linnean Society 113 (2014) 1115-1125.

Vinkler M., Bainová H., Bryja J.: Protein evolution of Toll-like receptors 4, 5 and 7 within Galloanserae birds, Genetics Selection Evolution 46 (2014) 72.

2013

Bartáková V., Reichard M., Janko K., Polačik M., Blažek R., Reichwald K., Cellerino A., Bryja J.: Strong population genetic structuring in an annual fish, Nothobranchius furzeri, suggests multiple savannah refugia in southern Mozambique, BMC Evolutionary Biology 13 (2013) 196.

Buzan E. V., Bryja J., Zemanová B., Kryštufek B.: Population genetics of chamois in the contact zone between the Alps and the Dinaric Mountains: uncovering the role of habitat fragmentation and past management, Conservation Genetics 14 (2013) 401-412.

Ćosić N., Říčanová Š., Bryja J., Penezić A., Ćirović D.: Do rivers and human-induced habitat fragmentation affect genetic diversity and population structure of the European ground squirrel at the edge of its Pannonian range?, Conservation Genetics 14 (2013) 345-354.

Fornůsková A., Vinkler M., Pages M., Galan M., Jousselin E., Cerqueira F., Morand S., Charbonnel N., Bryja J., Cosson J.-F.: Contrasted evolutionary histories of two Toll-like receptors (Tlr4 and Tlr7) in wild rodents (MURINAE), BMC Evolutionary Biology 13 (2013) 194.

Hoban S., Gaggiotti O., Bertorelle G., Arntzen P., Bryja J., Fernandes M., Frith K., Galbusera P., Godoy J. A., Hauffe H. C., Hoelzel R., Nichols R., Perez-Espona S., Primmer C., Russo I.-R. M., Segelbacher G., Siegismund H. R., Sihvonen M., Sjoegren-Gulve P., Vernesi C., Vila C., Bruford M. W.: Sample Planning Optimization Tool for conservation and population Genetics (SPOTG): a software for choosing the appropriate number of markers and samples, Methods in Ecology and Evolution 4 (2013) 299-303.

Hoban S. M., Arntzen J. W., Bertorelle G., Bryja J., Fernandes M., Frith K., Gaggiotti O. E., Galbusera P., Godoy J. A., Hauffe H. C., Hoelzel A. R., Nichols R. A., Pérez-Espona S., Primmer C. R., Russo I.-R., Segelbacher G., Siegismund H. R., Sihvonen M., Sjögren-Gulve P., Vernesi C., Vila C., Bruford M. W.: Conservation Genetic Resources for Effective Species Survival (ConGRESS): Bridging the divide between conservation research and practice, Journal for Nature Conservation 21 (2013) 433-437.

Hoban S. M., Hauffe H. C., Pérez-Espona S., Arntzen J. W., Bertorelle G., Bryja J., Frith K., Gaggiotti O. E., Galbusera P., Godoy J. A., Hoelzel A. R., Nichols R. A., Primmer C. R., Russo I.-R., Segelbacher G., Siegismund H. R., Sihvonen M., Vernesi C., Vila C., Bruford M. W.: Bringing genetic diversity to the forefront of conservation policy and management, Conservation genetics resources 5 (2013) 593-598.

Konečný A., Estoup A., Duplantier J.-M., Bryja J., Ba K., Galan M., Tatard C., Cosson J.-F.: Invasion genetics of the introduced black rat (Rattus rattus) in Senegal, West Africa, Molecular Ecology 22 (2013) 286-300.

Patzenhauerová H., Šklíba J., Bryja J., Šumbera R.: Parentage analysis of Ansell’s mole-rat family groups indicates a high reproductive skew despite relatively relaxed ecological constraints on dispersal, Molecular Ecology 22 (2013) 4988-5000.

Promerová M., Králová T., Bryjová A., Albrecht T., Bryja J.: MHC class IIB Exon 2 Polymorphism in the Grey Partridge (Perdix perdix) is shaped by selection, recombination and gene conversion, PLoS ONE 8 (2013) .

Říčanová Š., Koshev Y., Říčan O., Ćosić N., Ćirović D., Sedláček F., Bryja J.: Multilocus phylogeography of the European ground squirrel: cryptic interglacial refugia of continental climate in Europe, Molecular Ecology 22 (2013) 4256-4269.

2012

Bryja J., Mazoch V., Patzenhauerová H., Mateke C., Zima Jr. J., Šklíba J., Šumbera R.: Revised occurrence of rodents from the tribe Praomyini (Muridae) in Zambia based on mitochondrial DNA analyses: implications for biogeography and conservation, Folia zoologica 61 (2012) 268-283.

Heroldová M., Bryja J., Jánová E., Suchomel J., Homolka M.: Rodent damage to natural and replanted mountain forest regeneration, Scientific World Journal 2012 (2012) 872536.

Malé P.-J, G., Martin J.-F., Galan M., Deffontaine V., Bryja J., Cosson J.-F., Michaux J., Charbonnel N.: Discongruence of Mhc and cytochrome b phylogeographical patterns in Myodes glareolus (Rodentia: Cricetidae), Biological Journal of the Linnean Society 105 (2012) 881-899.

Meheretu Y., Čížková D., Těšíková J., Welegerima K., Tomas Z., Kidane D., Girmay K., Schmidt-Chanasit J., Bryja J., Günther S., Bryjová A., Leirs H., Goüy de Bellocq J.: High diversity of RNA viruses in rodents, Ethiopia, Emerging Infectious Diseases 18 (2012) 2047-2050.

Poláková R., Schnitzer J., Vinkler M., Bryja J., Munclinger P., Albrecht T.: Effect of extra-pair paternity and parental quality on brood sex ratio in the scarlet rosefinch Carpodacus erythrinus, Folia zoologica 61 (2012) 225-232.

Promerová M., Babik W., Bryja J., Albrecht T., Stuglik M., Radwan J.: Evaluation of two approaches to genotyping major histocompatibility complex class I in a passerine—CE-SSCP and 454 pyrosequencing, Molecular Ecology Resources 12 (2012) 285-292.

Reichard M., Spence R., Bryjová A., Bryja J., Smith C.: Female rose bitterling prefer MHC-dissimilar males: experimental evidence, PLoS ONE 7 (2012) .

Seifertová M., Bryja J., Vyskočilová M., Martínková N., Šimková A.: Multiple Pleistocene refugia and postglacial colonization in the European chub (Squalius cephalus) revealed by combined use of nuclear and mitochondrial markers, Journal of Biogeography 39 (2012) 1024-1040.

Šumbera R., Mazoch V., Patzenhauerová H., Lövy M., Šklíba J., Bryja J., Burda H.: Burrow architecture, family composition and habitat characteristics of the largest social African mole-rat: the giant mole-rat constructs really giant burrow systems, Acta Theriologica 57 (2012) 121-130.

Wasimuddin W., Čížková D., Bryja J., Albrechtová J., Hauffe H. C., Piálek J.: High prevalence and species diversity of Helicobacter spp. detected in wild house mice, Applied and Environmental Microbiology 78 (2012) 8158-8160.

Wasimuddin W., Čížková D., Ribas A., Piálek J., Goüy de Bellocq J., Bryja J.: Development and characterization of multiplex panels of microsatellite markers for Syphacia obvelata, a parasite of the house mouse (Mus musculus), using a high throughput DNA sequencing approach, Molecular and Biochemical Parasitology 185 (2012) 154-156.

2011

Čížková D., Goüy de Bellocq J., Baird S. J. E., Piálek J., Bryja J.: Genetic structure and contrasting selection pattern at two major histocompatibility complex genes in wild house mouse populations, Heredity 106 (2011) 727-740.

Demontis D., Czarnomska S. D., Hájková P., Zemanová B., Bryja J., Loeschcke V., Pertoldi C.: Characterization of 151 SNPs for population structure analysis of the endangered Tatra chamois (Rupicapra rupicapra tatrica) and its relative, the Alpine chamois (R. r. rupicapra), Mammalian Biology 76 (2011) 644-645.

Jánová E., Heroldová M., Konečný A., Bryja J.: Traditional and diversified crops in South Moravia (Czech Republic): Habitat preferences of common vole and mice species, Mammalian Biology 76 (2011) 570-576.

Procházka P., Stokke B. G., Jensen H., Fainová D., Bellinvia E., Fossoy F., Vikan J. R., Bryja J., Soler M.: Low genetic differentiation among reed warbler Acrocephalus scirpaceus populations across Europe, Journal of avian biology 42 (2011) 103-113.

Promerová M., Vinkler M., Bryja J., Poláková R., Schnitzer J., Munclinger P., Albrecht T.: Occurrence of extra-pair paternity is connected to social male’s MHC-variability in the scarlet rosefinch Carpodacus erythrinus, Journal of avian biology 42 (2011) 5-10.