ÚvodPh.D. studium na ÚOCHBTémata 2019Biochemie a molekulární biologie

Biochemie a molekulární biologie

Školitel Pavel Šácha, Ph.D., Jan Konvalinka, Ph.D.
Skupina

Jan Konvalinka

Téma Vývoj nástrojů pro imaging, cílení a isolaci potenciálních cílů zásahu biologicky aktivních látek
Fakulta PřF UK, 1LF UK, FPBT VŠCHT
Anotace

Nedávno jsme vyvinuli modulární systém polymerních “syntetických protilátek”  (iBodies), které umožňují visualisovat a isolovat cílové molekuly na základě specifické interakce mezi proteiny a jejich nízkomolekulárními ligandy (Šácha et al., 2016).  iBodies: Modular Synthetic Antibody Mimetics Based on Hydrophilic Polymers Decorated with Functional Moieties. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 55, 2356-2360).  V současnosti používáme tento nástroj na řadu různých cílů včetně proteas, karbonických anhydras a receptorů T-buněk. Úspěšný žadatel bude vyvíjet nové “iBodies” proti medicinálně zajímavým cílům, bude navrhovat nebo selektovat nízkomolekulární ligandy těchto cílových molekul, a anlysovat interakci příslušných konjugátů s těmito cílovými molekulami. Hlavním cílem projektu je navrhnout a otestovat iBodies schopné isolovat, visualisovat a identifikovat dosud neznámé proteinové “cíle zásahu” biologicky aktivních látek.
Hledáme vysocce motivovaného kandidáta, který si bude užívat práci v multidisciplinárním a mladém týmu, schopného pracovat na rozmezí molekulární biologie, biochemie, strukturní biologie a medicinální chemie. Používané metody budou zahrnovat klonování rekombinantní DNA, expresi a charakterisaci proteinů, strukturní biologii pomocí rentgenové difrakce a NMR, imunochemii a práci s transgenními zvířaty.

Reference:
Šácha, P., Knedlík, T., Schimer, J., Tykvart, J., Parolek, J., Navrátil, V., Dvořáková, P., Sedlák, F., Ulbrich, K., Strohalm, J., Majer, P., Šubr, V., Konvalinka J. (2016).  iBodies: Modular Synthetic Antibody Mimetics Based on Hydrophilic Polymers Decorated with Functional Moieties. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 55, 2356-2360