Vedle standardních grantových výzkumných projektů jsou jednotlivé vědecké skupiny z Fyziologického ústavu AV ČR zapojeny i do řešení prestižních Center excelence (GA ČR) a Center kompetence (TA ČR). Tyto projekty představují konzorcia několika týmů zaměřená na inovativní výzkum v dané oblasti. V současnosti je FGÚ AV ČR zapojen v roli spolupříjemce do projektu: "Centrum vývoje originálních léčiv" (2012-2019).

Fyziologický ústav je hlavním koordinátorem výzkumných programů "QUALITAS - Kvalitní život ve zdraví i nemoci" (2015-2020) a  "Preklinické testování potenciálních léčiv" (2017-2021), které jsou zařazeny do Strategie Akademie věd ČR AV21: „Špičkový výzkum ve veřejném zájmu“.