Centrum strukturní a funkční genomiky rostlin

Kontakty
Vedoucí skupiny: 
Jaroslav Doležel
Areál: 
Centrum Regionu Haná
Adresa: 
Šlechtitelů 31, 783 71, Olomouc - Holice, Česká republika
E-mail: 
dolezelatueb [dot] cas [dot] cz
Tel.: 
+420 585 238 703
www: 
http://olomouc.ueb.cas.cz

V Centru strukturní a funkční genomiky rostlin ÚEB AV ČR se zabýváme studiem struktury a funkce dědičné informace rostlin. Využíváme nejmodernější metody cytogenetiky, molekulární biologie a genomiky a patříme k pionýrům využití průtokové cytometrie v biologii rostlin. Účastníme se významných mezinárodních projektů zaměřených na čtení dědičné informace významných plodin a na izolaci důležitých genů. Naše výsledky nejen rozšiřují současné znalosti, ale také přispívají ke šlechtění nových odrůd zemědělských plodin s požadovanými vlastnostmi.

Podrobnosti na našich webových stránkách http://olomouc.ueb.cas.cz

Strategie AV21 je přelomový projekt Akademie věd České republiky, který vznikl v roce 2015. Jak už motto „Špičkový výzkum ve veřejném zájmu" napovídá, jeho cílem je řešit problémy a výzvy, kterým čelí současná společnost. Strategie AV21 zahrnuje celkem patnáct výzkumných programů. Jedním z nich je i program „Potraviny pro budoucnost“, který koordinují pracovníci Ústavu experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.. Tento program reaguje na významný společensko-ekonomický problém, kterým je riziko celosvětového nedostatku potravin, jejich kvalita, vliv na zdraví člověka a efektivita produkce.

Další informace na webových stránkách:
www.potravinyav21.cz
http://av21.avcr.cz/
Pracovníci: 

vedoucí skupiny
vedoucí vědecký pracovník

vědecký pracovník

odborný pracovník

postdoktorand

doktorand

projektový manažer/ka

hospodář/ka

laborant

údržba

zahradník

vrátný

mateřská dovolená

Výzkumné projekty: 
Počet grantů/projektů: 20
Publikace: 
Počet publikací: 382

2019

2018

  • Pm21 from Haynaldia villosa encodes a CC-NBS-LRR protein conferring powdery mildew resistance in wheat
    Xing, L., Hu, P., Liu, J., Witek, K., Zhou, S., Xu, J., Zhou, W., Gao, L., Huang, Z., Zhang, R., Wang, X., Chen, P., Wang, H., Jones, J.D.G., Karafiátová, M., Vrána, J., Bartoš, J., Doležel, J., Tian, Y., Wu, Y., Cao, A.
    MOLECULAR PLANT 11 874-878 2018 Fulltext: PDF link pouze na intranetu
  • Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome
    International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC); IWGSC RefSeq principal investigators: Appels, R., Eversole, K., Feuillet, C., Keller, B., Rogers, J., Stein, N.; IWGSC whole-genome assembly principal investigators: Pozniak, C.J., Stein, N., Choulet, F., Distelfeld, A., Eversole, K., Poland, J., Rogers, J., Ronen, G., Sharpe, A.G.; Whole-genome sequencing and assembly: Pozniak, C., Ronen, G., Stein, N., Barad, O., Baruch, K., Choulet, F., Keeble-Gagnère, G., Mascher, M., Sharpe, A.G., Ben-Zvi, G., Josselin, A.A.; Hi-C data-based scaffolding: Stein, N., Mascher, M., Himmelbach, A.; Whole-genome assembly quality control and analyses: Choulet, F., Keeble-Gagnère, G., Mascher, M., Rogers, J., Balfourier, F., Gutierrez-Gonzalez, J., Hayden, M., Josselin, A.A., Koh, C., Muehlbauer, G., Pasam, R.K., Paux, E., Pozniak, C.J., Rigault, P., Sharpe, A.G., Tibbits, J., Tiwari, V.; Pseudomolecule assembly: Choulet, F., Keeble-Gagnère, G., Mascher, M., Josselin, A.A., Rogers, J.; RefSeq genome structure and gene analyses: Spannagl, M., Choulet, F., Lang, D., Gundlach, H., Haberer, G., Keeble-Gagnère, G., Mayer, K.F.X., Ormanbekova, D., Paux, E., Prade, V., Šimková, H., Wicker, T.; Automated annotation: Choulet, F., Spannagl, M., Swarbreck, D., Rimbert, H., Felder, M., Guilhot, N., Gundlach, H., Haberer, G., Kaithakottil, G., Keilwagen, J., Lang, D., Leroy, P., Lux, T., Mayer, K.F.X., Twardziok, S., Venturini, L.; Manual gene curation: Appels, R., Rimbert, H., Choulet, F., Juhász, A., Keeble-Gagnère, G.; Subgenome comparative analyses: Choulet, F., Spannagl, M., Lang, D., Abrouk, M., Haberer, G., Keeble-Gagnère, G., Mayer, K.F.X., Wicker, T.; Transposable elements: Choulet, F., Wicker, T., Gundlach, H., Lang, D., Spannagl, M.; Phylogenomic analyses: Lang, D., Spannagl, M., Appels, R., Fischer, I.; Transcriptome analyses and RNA-seq data: Uauy, C., Borrill, P., Ramirez-Gonzalez, R.H., Appels, R., Arnaud, D., Chalabi, S., Chalhoub, B., Choulet, F., Cory, A., Datla, R., Davey, M.W., Hayden, M., Jacobs, J., Lang, D., Robinson, S.J., Spannagl, M., Steuernagel, B., Tibbits, J., Tiwari, V., van Ex, F., Wulff, B.B.H.; Whole-genome methylome: Pozniak, C.J., Robinson, S.J., Sharpe, A.G., Cory, A.; Histone mark analyses: Benhamed, M., Paux, E., Bendahmane, A., Concia, L., Latrasse, D.; BAC chromosome MTP IWGSC–Bayer Whole-Genome Profiling (WGP) tags: Rogers, J., Jacobs, J., Alaux, M., Appels, R., Bartoš, J., Bellec, A., Berges, H., Doležel, J., Feuillet, C., Frenkel, Z., Gill, B., Korol, A., Letellier, T., Olsen, O.A., Šimková, H., Singh, K., Valárik, M., van der Vossen, E., Vautrin, S., Weining, S.; Chromosome LTC mapping and physical mapping quality control: Korol, A., Frenkel, Z., Fahima, T., Glikson, V., Raats, D., Rogers, J.; RH mapping: Tiwari, V., Gill, B., Paux, E., Poland, J.; Optical mapping: Doležel, J., Číhalíková, J., Šimková, H., Toegelová, H., Vrána, J.; Recombination analyses: Sourdille, P., Darrier, B.; Gene family analyses: Appels, R., Spannagl, M., Lang, D., Fischer, I., Ormanbekova, D., Prade, V.; CBF gene family: Barabaschi, D., Cattivelli, L.; Dehydrin gene family: Hernandez, P., Galvez, S., Budak, H.; NLR gene family: Steuernagel, B., Jones, J.D.G., Witek, K., Wulff, B.B.H., Yu, G.; PPR gene family: Small, I., Melonek, J., Zhou, R.; Prolamin gene family: Juhász, A., Belova, T., Appels, R., Olsen, O.A.; WAK gene family: Kanyuka, K., King, R.; Stem solidness (SSt1) QTL team: Nilsen, K., Walkowiak, S., Pozniak, C.J., Cuthbert, R., Datla, R., Knox, R., Wiebe, K., Xiang, D.; Flowering locus C (FLC) gene team: Rohde, A., Golds, T.; Genome size analysis: Doležel, J., Čížková, J., Tibbits, J.; MicroRNA and tRNA annotation: Budak, H., Akpinar, B.A., Biyiklioglu, S.; Genetic maps and mapping: Muehlbauer, G., Poland, J., Gao, L., Gutierrez-Gonzalez, J., N'Daiye, A.; BAC libraries and chromosome sorting: Doležel, J., Šimková, H., Číhalíková, J., Kubaláková, M., Šafář, J., Vrána, J.; BAC pooling, BAC library repository, and access: Berges, H., Bellec, A., Vautrin, S.; IWGSC sequence and data repository and access: Alaux, M., Alfama, F., Adam-Blondon, A.F., Flores, R., Guerche, C., Letellier, T., Loaec, M., Quesneville, H.; Physical maps and BAC-based sequences: 1A BAC sequencing and assembly: Pozniak, C.J., Sharpe, A.G., Walkowiak, S., Budak, H., Condie, J., Ens, J., Koh, C., Maclachlan, R., Tan, Y., Wicker, T.; 1B BAC sequencing and assembly: Choulet, F., Paux, E., Alberti, A., Aury, J.M., Balfourier, F., Barbe, V., Couloux, A., Cruaud, C., Labadie, K., Mangenot, S., Wincker, P.; 1D, 4D, and 6D physical mapping: Gill, B., Kaur, G., Luo, M., Sehgal, S.; 2AL physical mapping: Singh, K., Chhuneja, P., Gupta, O.P., Jindal, S., Kaur, P., Malik, P., Sharma, P., Yadav, B.; 2AS physical mapping: Singh, N.K., Khurana, J., Chaudhary, C., Khurana, P., Kumar, V., Mahato, A., Mathur, S., Sevanthi, A., Sharma, N., Tomar, R.S.; 2B, 2D, 4B, 5BL, and 5DL IWGSC–Bayer Whole-Genome Profiling (WGP) physical maps: Rogers, J., Jacobs, J., Alaux, M., Bellec, A., Berges, H., Doležel, J., Feuillet, C., Frenkel, Z., Gill, B., Korol, A., van der Vossen, E., Vautrin, S.; 3AL physical mapping: Gill, B., Kaur, G., Luo, M., Sehgal, S.; 3DS physical mapping and BAC sequencing and assembly: Bartoš, J., Holušová, K., Plíhal, O.; 3DL BAC sequencing and assembly: Clark, M.D., Heavens, D., Kettleborough, G., Wright, J.; 4A physical mapping, BAC sequencing, assembly, and annotation: Valárik, M., Abrouk, M., Balcárková, B., Holušová, K., Hu, Y., Luo, M.; 5BS BAC sequencing and assembly: Salina, E., Ravin, N., Skryabin, K., Beletsky, A., Kadnikov, V., Mardanov, A., Nesterov, M., Rakitin, A., Sergeeva, E.; 6B BAC sequencing and assembly: Handa, H., Kanamori, H., Katagiri, S., Kobayashi, F., Nasuda, S., Tanaka, T., Wu, J.; 7A physical mapping and BAC sequencing: Appels, R., Hayden, M., Keeble-Gagnère, G., Rigault, P., Tibbits, J.; 7B physical mapping, BAC sequencing, and assembly: Olsen, O.A., Belova, T., Cattonaro, F., Jiumeng, M., Kugler, K., Mayer, K.F.X., Pfeifer, M., Sandve, S., Xun, X., Zhan, B.; 7DS BAC sequencing and assembly: Šimková, H., Abrouk, M., Batley, J., Bayer, P.E., Edwards, D., Hayashi, S., Toegelová, H., Tulpová, Z., Visendi, P.; 7DL physical mapping and BAC sequencing: Weining, S., Cui, L., Du, X., Feng, K., Nie, X., Tong, W., Wang, L.; Figures: Borrill, P., Gundlach, H., Galvez, S., Kaithakottil, G., Lang, D., Lux, T., Mascher, M., Ormanbekova, D., Prade, V., Ramirez-Gonzalez, R.H., Spannagl, M., Stein, N., Uauy, C., Venturini, L.; Manuscript writing team: Stein, N., Appels, R., Eversole, K., Rogers, J., Borrill, P., Cattivelli, L., Choulet, F., Hernandez, P., Kanyuka, K., Lang, D., Mascher, M., Nilsen, K., Paux, E., Pozniak, C.J., Ramirez-Gonzalez, R.H., Šimková, H., Small, I., Spannagl, M., Swarbreck, D., Uauy, C.
    SCIENCE 361 7191 2018 Fulltext: PDF link pouze na intranetu
  • Genotyping of Festulolium cultivars involved in EUCARPIA multi-site trial using DArT markers and GISH
    Kopecký, D., Baert, J., Barth, S., Bartoš, J., Černoch, V., Doležel, J., Grogan, D., Harper, J., Humphreys, M., Książczyk, T., Østrem, L., Paszkowski, E., Sokolovič, D., Zwierzykowski, Z., Ghesquière, M.
    Breeding grasses and protein crops in the era of genomics 155-159 2018 Fulltext: PDF link pouze na intranetu
  • Transcriptome reprogramming due to the introduction of a barley telosome into bread wheat affects more barley genes than wheat
    Rey, E., Abrouk, M., Keeble-Gagnère, G., Karafiátová, M., Vrána, J., Balzergue, S., Soubigou-Taconnat, L., Brunaud, V., Martin-Magniette, M.L., Endo, T.R., Bartoš, J.; International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC), Appels, R., Doležel, J.
    PLANT BIOTECHNOLOGY JOURNAL 16 1767-1777 2018 Fulltext: PDF link pouze na intranetu
  • Frequent occurrence of triploid hybrids Festuca pratensis × F. apennina in the Swiss Alps
    Kopecký, D., Felder, T., Schubiger, F.X., Mahelka, V., Bartoš, J., Doležel, J., Boller, B.
    ANNALS OF BOTANY 128 121-132 2018 Fulltext: PDF link pouze na intranetu
  • One Major Challenge of Sequencing Large Plant Genomes Is to Know How Big They Really Are
    Doležel, J., Čížková, J., Šimková, H., Bartoš, J.
    INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES 19 3554 2018 Fulltext: PDF link pouze na intranetu
  • Features of the organization of bread wheat chromosome 5BS based on physical mapping
    Salina, E.A., Nesterov, M.A., Frenkel, Z., Kiseleva, A.A., Timonova, E.M., Magni, F., Vrána, J., Šafář, J., Šimková, H., Doležel, J., Korol, A., Sergeeva, E.M.
    BMC GENOMICS 19 80 2018 Fulltext: PDF link pouze na intranetu
English English