| Anotace |
Poškození nukleových kyselin může mít zničující vliv na jejich funkci a tím být i příčinou závažných poškození organizmu. Oprava poškozené DNA pomocí base-excision repair (BER) enzymů je tedy součásti autonomních léčivých procesů v buňce. Objev BER byl nedávno oceněn Nobelovou cenou. Ačkoli byla popsána řada BER enzymů specializovaných na určitá poškození DNA, katalytický BER mechanizmus většiny z nich není s určitostí znám. Náš nedávný výzkum zaměřený na funkci jednoho z BER enzymů, human 8-oxoguanine DNA glycosylase 1 (hOGG1), odhalil nová fakta týkající se odstranění poškozené DNA báze guanosine, 8-oxo-2′-deoxyguanosine (8-oxo-G). Jedná se o jednoho z nejfrekventovanějších a velice nebezpečných poškození DNA, ke kterému dochází přirozeně, ale i následkem působení nechtěných látek, které do buňky mohou proniknout. PhD projekt bude zaměřen na teoretické modelování fyzikálně-chemických parametrů hOGG1 a dalších BER enzymů včetně NMR parametrů pomocí QM, QM/MM and MD metod. Výzkum probíhá ve spolupráci s experimentem v domácích laboratořích a v Japonsku.
Literatura:
1. Šebera, J., et al. Pyramidalization of the Glycosidic Nitrogen Provides the Way for Efficient Cleavage of the N-Glycosidic Bond of 8-OxoG with the hOGG1 DNA Repair Protein, Journal of Physical Chemistry B, 116, (2012), pp 12535-12544.
2. Šebera, J., et al. The mechanism of the glycosylase reaction with hOGG1 base-excision repair enzyme: concerted effect of Lys249 and Asp268 during excision of 8-oxoguanine”, Nucleic Acids Res., 45, (2017), pp 5231-5242.
|
