ÚvodPh.D. studium na ÚOCHBTémata 2019Fyzikální a výpočetní chemie

Fyzikální a výpočetní chemie

Školitel Prof. Pavel Jungwirth, Ph.D.
Skupina

Pavel Jungwirth

Téma Simulace interakcí iontů s biomolekulami ve vodných roztocích
Fakulta FCHI VŠCHT, MFF UK
Anotace

Hydratace iontů a jejich interakce s biomolekulami hrají důležitou roli v mnoha přírodních a technologických procesech. Disertační práce se bude soustředit na studium specifických iontových efektů při interakci s molekulami ve vodném prosředí. Již v roce 1888 pražský Němec Franz Hofmeister srovnal ionty do tzv. lyotropní (Hofmeisterovy) řady podle jejich schopnosti vysolovat bílkoviny. Pomocí molekulových simulací se pokusíme pochopit fyzikální podstatu této řady a předpovídat vliv jednotlivých iontů na biofyzikální a biochemické procesy.

Předpokládané znalosti  rozsahu magisterského vzdělání v chemické fyzice, biofyzice, či fyzikální chemie. Dobrá znalost angličtiny.

Reference:
1. Okur H.I., Hladílková J., Rembert K.B., Cho Y., Heyda J., Dzubiella J., Cremer P.S., Jungwirth P.: Beyond the Hofmeister Series: Ion Specific Effects on Proteins and Their Biological Functions. Journal of Physical Chemistry B (Feature Article) 121 (2017) 1997.
2. Kohagen M., Lepšík M., Jungwirth P.: Calcium Binding to Calmodulin by Molecular Dynamics with Effective Polarization. Journal of Physical Chemistry Letters 5 (2014) 3464.
3. Cremer P.S., Jungwirth P.: Beyond Hofmeister.  Nature Chemistry 6 (2014) 261.