Biochemie a molekulární biologie

Jan Konvalinka

Proteolýza je přísně regulovaný krok v mnoha biologockých procesech. Virové proteasy jsou klíčové pro produkci infekčního virového potomstva. Flavivirpvé proteasy (jako Zika a Dengue proteasy) jsou dobrými modely pro stadium regulace proteolýzy vzhledem k tomu, že NS3 proteasa potřebuje NS2B peptid pro sbalení a aktivitu, NS3 proteasa je součástí NS3 proteinu společne s NTPasovou, RNA 5′ triphosphatasovou a helikasouvou doménou a má mnoho protein-protein interakčních patnerů.
Studie virových proteas budou zaměřeny hlavně na flavivirové proteasy jako modelové enzymy pro aktivaci, inhibici, sbalování, alosterickou modulaci, design protein, vzájemné působení mezi enzymovými aktivitami v multidoménových proteinech.
Práce bude zahrnovat klonování, expresi proteinů, purifikace, biofyzikální charakterizace a krystalizace, práci s knihovnami nízkomolekulárních sloučenin a s biologickými knihovnami, práci s tkáňovými kulturami a jejich analýzu (mikroskopie, průtoková cytometrie), vývoj a adaptaci enzymologických a fenotypových testovacích systémů.
Výstupy přispějí k pochopení principů a důsledků deregulace proteolýzy.