Hlavními oblastmi výzkumu v Ústavu experimentální botaniky AV ČR (ÚEB) jsou rostlinná genetika, fyziologie a biotechnologie.

Z genetických témat se ústav věnuje strukturní a funkční genomice, indukované mutagenezi a reparaci DNA nebo molekulární genetice pylu.

Z fyziologické problematiky se zabývá buněčnou biologií, hormonální a ekologickou kontrolou růstu i vývoje rostlin, mechanismy účinku růstových regulátorů, fyziologií rostlinných virů a patofyziologií rostlin.

Podrobnější informace o výzkumném zaměření a výsledcích jednotlivých laboratoří najdete v anglické ročence, která shrnuje činnost ÚEB v letech 2015–2017.