V oddělení jsou zkoumány molekulární charakteristiky nádorových onemocnění, především tlustého střeva a konečníku. V rámci těchto studií pracujeme na molekulárně-epidemiologické úrovni s cílem identifikovat biologické ukazatele (I.) zvýšené predispozice vůči nádorovému onemocnění, (II.) včasné diagnostiky, (III.) individuální odpovědi na protinádorovou léčbu (IV.) a nebo dlouhodobé prognózy. V oddělení pracujeme s různými typy biologického materiálu od pacientů s nádorovým onemocněním, jako jsou solidní tkáň, krevní buňky nebo plazma.
.jpg)
Ing. Veronika Vymetálková, Ph.D.
E-mail: veronika.vymetalkova@iem.cas.cz
Tel.: +420 241 062 699
Ing. Alena Opattová, Ph.D.
MUDr. Pavel Vodička, CSc.
MUDr. Ludmila Vodičková, CSc.
Ing. Veronika Vymetálková, Ph.D.
RNDr. Alessio Naccarati, Ph.D.
Mgr. Linda Bártů
Mgr. Petra Bendová
Mgr. Klára Červená
Mgr. Andrea Čumová
Mgr. Kateřina Jirásková
MUDr. Jan Král
Mgr. Michal Kroupa
MUDr. Peter Mačinga
Mgr. Alexandra Rejhová
Ing. Anna Šišková
Mgr. Soňa Vodenková
Tel: +420 241 062 251
MUDr. Josef Horák
Bc. Alexandra Dolníková
Bc. Kristýna Tomášová
Mgr. Jana Slyšková, Ph.D.
Mgr. Markéta Urbanová, Ph.D.
1) Analýza vlivu funkčních genetických variant v genech DNA reparace v souvislosti s rizikem vzniku kolorektálního karcinomu
Studiem 16 funkčních genových variant opravy DNA jsme dosáhli těchto výsledků:
a) V rámci asociační studie pacientů a kontrol jsme identifikovali jeden genetický polymorfizmus (rs3204953, gen REV3L) asociovaný s 2.3 krát vyšším rizikem vzniku onemocnění pro nositele variantního genotypu (p=0.006).
b) Pomocí CART analýzy jsme identifikovali varianty rs3218649 v genu POLQ a rs7689099 v genu NEIL3 jako významně asociované s celkovým přežíváním (OS) a přežíváním bez recidiv (RFS).
Publikace: Jiraskova, K., Hughes, D., Brezina, S., Gumpenberger, T., Veskrnova, V., Buchler, T., … Vodicka, P. (2018). Functional Polymorphisms in DNA Repair Genes Are Associated with Sporadic Colorectal Cancer Susceptibility and Clinical Outcome. International Journal of Molecular Sciences, 20(1), 97. https://doi.org/10.3390/ijms20010097
2) DNA reparační kapacita jako determinant stanovující prognózu a odpověď na léčbu pacientů s kolorektálním karcinomem
BER-DRC (DNA reparační kapacita zaměřená na bázové excizní opravy) v nemaligní sousední sliznici pozitivně souvisí s celkovým přežitím (P = 0,007) a přežíváním bez recidívy (P = 0,04). Multivariační analýza prokázala, že dobrá odpověď na léčbu v TNM stadiích II a III se zvýšenou BER-DRC v sliznici vykazovala lepší celkové přežití. Celkové přežití těchto pacientů bylo navíc ještě lepší v přítomnosti snížené hodnoty BER-DRC v nádorové tkáni. Poměr BER-DRC v nádorové tkáni s BER-DRC v sliznici pozitivně koreluje s pokročilým nádorovým stupněm (P = 0,003). Souhrnně, výsledky této studie naznačují, že hladina BER-DRC je spojena s přežitím pacientů. BER-DRC představuje potenciální prognostický biomarker použitelný pro predikci odpovědi na léčbu a užitečný pro individuální přístup pacientů.
.jpg)
.jpg)
Publikace: Vodenkova, S., Jiraskova, K., Urbanova, M., Kroupa, M., Slyskova, J., Schneiderova, M., … Vodicka, P. (2018). Base excision repair capacity as a determinant of prognosis and therapy response in colon cancer patients. DNA Repair, 72, 77–85. https://doi.org/10.1016/j.dnarep.2018.09.006
3) Expresní profil klastru miR-17/92 jako prediktor odpovědi na léčbu pacientů s rektálním karcinomem
V této studii jsme identifikovali RC-specifické miRNA profily, které umožnily rozlišit pacienty reagující na adjuvantní terapii od pacientů, kteří na tuto terapii nereagovali. Převládající část identifikovaných miRNA byla součástí rodiny miR-17/92. ZVýšené hladiny miR-17, -18a, -18b, -19a, -19b, -20a, -20b a -106a v RC nádorech byly spojeny s vyšším rizikem recidivy nádoru a jejich nadměrné exprese v buněčných liniích RC stimulovala buněčnou proliferaci. Zkoumání těchto miRNA v plazmatických exosomech ukázalo, že hladiny se lišily mezi RC pacienty a zdravými kontrolami a korelovaly s odpovědí pacienta na léčbu.
.png)
Publikace: Kral, J., Korenkova, V., Novosadova, V., Langerova, L., Schneiderova, M., Liska, V., … Slyskova, J. (2018). Expression profile of miR-17/92 cluster is predictive of treatment response in rectal cancer. Carcinogenesis, 39(11), 1359–1367. https://doi.org/10.1093/carcin/bgy100
4) Odhalení genetických variant v souvislosti s rizikem vzniku kolorektálního karcinomu
V předkládané studii se provedlo celo-genomové sekvenování 1 439 pacientů a 720 kontrol, a dále testovány na u 34 869 případů a 29 051 kontrol. Nálezy byly následně sledovány u dalších 23 262 případů a 38 296 kontrol. Objevili jsme silně protektivní signál o frekvenci 0,3% pro CHD1 gen. V kombinovaná meta-analýze na 125 478 jedinců se identifikovalo dalších 40 nových nezávislých signálů při P <5×10-8. Nové signály zahrnují varianty s nižší MAF frekvencí, jako Krüppel-like faktory, Hedgehog signalizace, Hippo-YAP signalizace, dlouhé nekódující RNA a geny zahrnuté do imunitní odpovědi. „Hereditary“ analýzy naznačují, že riziko CRC je vysoce polygenní a rozsáhlejší a komplexnější studie umožňující analýzu vzácných variant by mohli zlepšit pochopení CRC biologii, která je základem tohoto rizika, a ovlivnit personalizované strategie screeningu a vývoj léků.
Publikace: Huyghe, J. R., Bien, S. A., Harrison, T. A., Kang, H. M., Chen, S., Schmit, S. L., … Peters, U. (2019). Discovery of common and rare genetic risk variants for colorectal cancer. Nature Genetics, 51(1), 76–87. https://doi.org/10.1038/s41588-018-0286-6
Významné výsledky oddělení v roce 2017
1) Genetické varianty ve vazebných místech pro mikroRNA u genů důležitých v etiogenezi CRC mohou být považovány za prediktivní biomarkery v léčbě kolorektálního karcinomu
U SNP rs8679 lokalizovaném v genu PARP1 byla nalezena asociace s rizikem vzniku CRC a přežíváním pacientů. Pacienti, kteří byli nosiči alespoň jedné variantní alely C měli snížené riziko vzniku rakoviny (p = 0.05). Navíc jedinci s variantním CC genotypem v rs8679 u PARP1 vykazovali zvýšené riziko recidivy u pacientů, kteří dostávali chemoterapii založenou na bázi 5-FU (log-rank test p = 0.03).
Kaplan-Meierova křivka přežití u CRC pacientů rozdělených podle genotypů v místě rs8679 genu PARP1, kteří podstoupili chemoterapii pomocí 5-FU
Publikace: Michaela Schneiderova, Alessio Naccarati, Barbara Pardini, Fabio Rosa, Cornelia Di Gaetano, Katerina Jiraskova, Alena Opattova, Miroslav Levy, Karel Veskrna, Veronika Veskrnova, Tomas Buchler, Stefano Landi, Pavel Vodicka, Veronika Vymetalkova; MicroRNA-binding site polymorphisms in genes involved in colorectal cancer etiopathogenesis and their impact on disease prognosis, Mutagenesis, Volume 32, Issue 5, 17 October 2017, Pages 533-542, https://doi.org/10.1093/mutage/gex026
2) Délka telomer v periferních lymfocytech může u pacientů s CRC odrážet citlivost k působení radiomimetik
Ve srovnání se zdravými kontrolami byla u periferních lymfocytů pacientů s CRC pozorována významně vyšší míra chromozomálního poškození po působení bleomycinu. Při porovnání vztahu mezi délkou telomér a mírou chromozomálního poškození jsme zjistili, že pouze pacienti s kratšími telomerami vykazovali vyšší míru poškození v periferních lymfocytech ovlivněných bleomycinem.
Spearmanova korelace relativní délky telomer a chromozomálního poškození u pacientů s maligním onemocněním a kontrol.
Publikace: Kroupa M , Polivkova Z, Rachakonda S, et al. Bleomycin-induced chromosomal damage and shortening of telomeres in peripheral blood lymphocytes of incident cancer patients. Genes Chromosomes Cancer. 2018;57:61–69. https://doi.org/10.1002/gcc.22508
1) Genetické varianty ve vazebných místech pro mikroRNA genech mucinů jsou významně asociovány s rizikem vzniku CRC a přežíváním pacientů
Pacienti nesoucí variantní CC genotyp rs886403 v genu MUC21 vykazovali kratší přežívání a vyšší riziko recidivy ve srovnání s nosiči homozygotního genotypu TT.
Publikace: Veronika Vymetalkova , Barbara Pardini, Fabio Rosa, Katerina Jiraskova, Cornelia Di Gaetano, Petra Bendova, Miloslav Levy, Veronika Veskrnova, Tomas Buchler, Ludmila Vodickova, Alessio Naccarati, Pavel Vodicka; Polymorphisms in microRNA binding sites of mucin genes as predictors of clinical outcome in colorectal cancer patients, Carcinogenesis, Volume 38, Issue 1, 1 January 2017, Pages 28–39, https://doi.org/10.1093/carcin/bgw114
2) Metylační profily genů jako biomarkery rektální karcinogeneze
Při analýze metylací genů v párových vzorcích pacientů s rektálním karcinomem (nádorová tkáň vs. přilehlá zdravá sliznice) byly zjištěny aberantní metylační profily u 33 genů. Naše studie prokázala možnost využití konkrétních metylovaných DNA signatur jako diagnostických biomarkerů u pacientů s rektálním karcinomem.
Publikace: Veronika Vymetalkova , Pavel Vodicka, Barbara Pardini, Fabio Rosa, Miroslav Levy, Michaela Schneiderova, Vaclav Liska, Ludmila Vodickova, Torbjörn K Nilsson, and Sanja A Farkas; Epigenome-wide analysis of DNA methylation reveals a rectal cancer-specific epigenomic signature, Epigenomics 2016 8:9, 1193-1207, https://doi.org/10.2217/epi-2016-0044
Lu S, Catalano C, Huhn S, Pardini B, Bartu L, Vymetalkova V, Vodickova L, Levy M, Buchler T, Hemminki K, Vodicka P, Försti A. Single nucleotide polymorphisms within MUC4 are associated with colorectal cancer survival. PLoS One. 2019 May 15;14(5):e0216666. doi: 10.1371/journal.pone.0216666. eCollection 2019. PubMed PMID: 31091244.
Wirbel J, Pyl PT, Kartal E, Zych K, Kashani A, Milanese A, Fleck JS, Voigt AY, Palleja A, Ponnudurai R, Sunagawa S, Coelho LP, Schrotz-King P, Vogtmann E, Habermann N, Niméus E, Thomas AM, Manghi P, Gandini S, Serrano D, Mizutani S, Shiroma H, Shiba S, Shibata T, Yachida S, Yamada T, Waldron L, Naccarati A,
Segata N, Sinha R, Ulrich CM, Brenner H, Arumugam M, Bork P, Zeller G. Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer. Nat Med. 2019 Apr;25(4):679-689. doi:10.1038/s41591-019-0406-6. Epub 2019 Apr 1. PubMed PMID: 30936547.
Thomas AM, Manghi P, Asnicar F, Pasolli E, Armanini F, Zolfo M, Beghini F, Manara S, Karcher N, Pozzi C, Gandini S, Serrano D, Tarallo S, Francavilla A, Gallo G, Trompetto M, Ferrero G, Mizutani S, Shiroma H, Shiba S, Shibata T, Yachida S, Yamada T, Wirbel J, Schrotz-King P, Ulrich CM, Brenner H, Arumugam M,
Bork P, Zeller G, Cordero F, Dias-Neto E, Setubal JC, Tett A, Pardini B, Rescigno M, Waldron L, Naccarati A, Segata N. Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation. Nat Med. 2019 Apr;25(4):667-678. doi:10.1038/s41591-019-0405-7. Epub 2019 Apr 1. PubMed PMID: 30936548.
Vymetalkova V, Vodicka P, Vodenkova S
, Alonso S, Kunz M, Schneider-Stock R. DNA methylation and chromatin modifiers in colorectal cancer. Mol Aspects Med. 2019 Apr 24. pii: S0098-2997(19)30008-1. doi: 10.1016/j.mam.2019.04.002. [Epub ahead of print] Review. PubMed PMID: 31028771.
Hubackova S, Pribyl M, Kyjacova L, Moudra A, Dzijak R, Salovska B, Hynek S, Tambor V, Imrichova T, Svec J, Vodicka P, Vaclavikova R, Rob L, Bartek J, Hodny Z. Interferon-regulated suprabasin is essential for stress-induced stem-like cell conversion and therapy resistance of human malignancies. Mol Oncol. 2019 Mar 27. doi: 10.1002/1878-0261.12480. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 30919591.
Thomsen H, Chattopadhyay S, Weinhold N, Vodicka P, Vodickova L, Hoffmann P, Nöthen MM, Jöckel KH, Langer C, Hajek R, Hallmans G, Pettersson-Kymmer U, Ohlsson C, Späth F, Houlston R, Goldschmidt H, Hemminki K, Försti A. Genome-wide association study of monoclonal gammopathy of unknown significance (MGUS): comparison with multiple myeloma. Leukemia. 2019 Feb 8. doi:10.1038/s41375-019-0396-x. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 30737484.
Obazee O, Archibugi L, Andriulli A, Soucek P, Małecka-Panas E, Ivanauskas A, Johnson T, Gazouli M, Pausch T, Lawlor RT, Cavestro GM, Milanetto AC, Di Leo M, Pasquali C, Hegyi P, Szentesi A, Radu CE, Gheorghe C, Theodoropoulos GE, Bergmann F, Brenner H, Vodickova L, Katzke V, Campa D, Strobel O, Kaiser J, Pezzilli R, Federici F, Mohelnikova-Duchonova B, Boggi U, Lemstrova R, Johansen JS, Bojesen SE, Chen I, Jensen BV, Capurso G, Pazienza V, Dervenis C, Sperti C, Mambrini A, Hackert T, Kaaks R, Basso D, Talar-Wojnarowska R, Maiello E, Izbicki JR, Cuk K, Saum KU, Cantore M, Kupcinskas J, Palmieri O, Delle Fave G, Landi S, Salvia R, Fogar P, Vashist YK, Scarpa A, Vodicka P, Tjaden C, Iskierka-Jazdzewska E, Canzian F. Germline BRCA2 K3326X and CHEK2 I157T mutations increase risk for sporadic pancreatic ductal adenocarcinoma. Int J Cancer. 2019 Jan 23. doi:10.1002/ijc.32127. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 30672594.
Gentiluomo M, García PP, Galeotti AA, Talar-Wojnarowska R, Tjaden C, Tavano F, Strobel O, Kupcinskas J, Neoptolemos J, Hegyi P, Costello E, Pezzilli R, Sperti C, Lawlor RT, Capurso G, Szentesi A, Soucek P, Vodicka P, Lovecek M, Hackert T, Cavestro GM, Milanetto AC, Canzian F, Daniele C. Genetic variability of the ABCC2 gene and clinical outcomes in pancreatic cancer patients. Carcinogenesis. 2019 Jan 9. doi: 10.1093/carcin/bgz006. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 30629142.
Jiraskova K , Hughes DJ, Brezina S, Gumpenberger T, Veskrnova V, Buchler T, Schneiderova M, Levy M, Liska V, Vodenkova S, Di Gaetano C, Naccarati A, Pardini B, Vymetalkova V, Gsur A, Vodicka P. Functional Polymorphisms in DNA Repair Genes Are Associated with Sporadic Colorectal Cancer Susceptibility and Clinical Outcome. Int J Mol Sci. 2018 Dec 27;20(1). pii: E97. doi: 10.3390/ijms20010097.
Huyghe JR, Bien SA, Harrison TA, Kang HM, Chen S, Schmit SL, Conti DV, Qu C, Jeon J, Edlund CK, Greenside P, Wainberg M, Schumacher FR, Smith JD, Levine DM, Nelson SC, Sinnott-Armstrong NA, Albanes D, Alonso MH, Anderson K, Arnau-Collell C, Arndt V, Bamia C, Banbury BL, Baron JA, Berndt SI, Bézieau S, Bishop DT, Boehm J, Boeing H, Brenner H, Brezina S, Buch S, Buchanan DD, Burnett-Hartman A, Butterbach K, Caan BJ, Campbell PT, Carlson CS, Castellví-Bel S, Chan AT, Chang-Claude J, Chanock SJ, Chirlaque MD, Cho SH, Connolly CM, Cross AJ, Cuk K, Curtis KR, de la Chapelle A, Doheny KF, Duggan D, Easton DF, Elias SG, Elliott F, English DR, Feskens EJM, Figueiredo JC, Fischer R, FitzGerald LM, Forman D, Gala M, Gallinger S, Gauderman WJ, Giles GG, Gillanders E, Gong J, Goodman PJ, Grady WM, Grove JS, Gsur A, Gunter MJ, Haile RW, Hampe J, Hampel H, Harlid S, Hayes RB, Hofer P, Hoffmeister M, Hopper JL, Hsu WL, Huang WY, Hudson TJ, Hunter DJ, Ibañez-Sanz G, Idos GE, Ingersoll R, Jackson RD, Jacobs EJ, Jenkins MA, Joshi AD, Joshu CE, Keku TO, Key TJ, Kim HR, Kobayashi E, Kolonel LN, Kooperberg C, Kühn T, Küry S, Kweon SS, Larsson SC, Laurie CA, Le Marchand L, Leal SM, Lee SC, Lejbkowicz F, Lemire M, Li CI, Li L, Lieb W, Lin Y, Lindblom A, Lindor NM, Ling H, Louie TL, Männistö S, Markowitz SD, Martín V, Masala G, McNeil CE, Melas M, Milne RL, Moreno L, Murphy N, Myte R, Naccarati A, Newcomb PA, Offit K, Ogino S, Onland-Moret NC, Pardini B, Parfrey PS, Pearlman R, Perduca V, Pharoah PDP, Pinchev M, Platz EA, Prentice RL, Pugh E, Raskin L, Rennert G, Rennert HS, Riboli E, Rodríguez-Barranco M, Romm J, Sakoda LC, Schafmayer C, Schoen RE, Seminara D, Shah M, Shelford T, Shin MH, Shulman K, Sieri S, Slattery ML, Southey MC, Stadler ZK, Stegmaier C, Su YR, Tangen CM, Thibodeau SN, Thomas DC, Thomas SS, Toland AE,
Trichopoulou A, Ulrich CM, Van Den Berg DJ, van Duijnhoven FJB, Van Guelpen B, van Kranen H, Vijai J, Visvanathan K, Vodicka P, Vodickova L, Vymetalkova V, Weigl K, Weinstein SJ, White E, Win AK, Wolf CR, Wolk A, Woods MO, Wu AH, Zaidi SH, Zanke BW, Zhang Q, Zheng W, Scacheri PC, Potter JD, Bassik MC, Kundaje A, Casey G, Moreno V, Abecasis GR, Nickerson DA, Gruber SB, Hsu L, Peters U. Discovery of common and rare genetic risk variants for colorectal cancer. Nat Genet. 2018 Dec 3. doi: 10.1038/s41588-018-0286-6.
Vodicka P, Musak L, Vodickova L, Vodenkova S, Catalano C, Kroupa M, Naccarati A, Polivkova Z, Vymetalkova V, Försti A, Hemminki K. Genetic variation of acquired structural chromosomal aberrations. Mutat Res. 2018 Dec;836(Pt A):13-21.doi: 10.1016/j.mrgentox.2018.05.014.
Vymetalkova V, Cervena K, Bartu L, Vodicka P
. Circulating Cell-Free DNA and Colorectal Cancer: A Systematic Review. Int J Mol Sci. 2018 Oct 26;19(11). pii:E3356. doi: 10.3390/ijms19113356. Review. PubMed PMID: 30373199.
Niazi Y, Thomsen H, Smolkova B, Vodickova L, Vodenkova S, Kroupa M, Vymetalkova V, Kazimirova A, Barancokova M, Volkovova K, Staruchova M, Hoffmann P, Nöthen MM, Dušinská M, Musak L, Vodicka P, Hemminki K, Försti A. Genetic variation associated with chromosomal aberration frequency: A genome-wide association study. Environ Mol Mutagen. 2018 Oct 3. doi: 10.1002/em.22236.
Campa D, Matarazzi M, Greenhalf W, Bijlsma M, Saum KU, Pasquali C, van Laarhoven H, Szentesi A, Federici F, Vodicka P, Funel N, Pezzilli R, Bueno-de-Mesquita HB, Vodickova L, Basso D, Obazee O, Hackert T, Soucek P, Cuk K, Kaiser J, Sperti C, Lovecek M, Capurso G, Mohelnikova-Duchonova B, Khaw KT, König
AK, Kupcinskas J, Kaaks R, Bambi F, Archibugi L, Mambrini A, Cavestro GM, Landi S, Hegyi P, Izbicki JR, Gioffreda D, Zambon CF, Tavano F, Talar-Wojnarowska R, Jamroziak K, Key TJ, Fave GD, Strobel O, Jonaitis L, Andriulli A, Lawlor RT, Pirozzi F, Katzke V, Valsuani C, Vashist YK, Brenner H, Canzian F. Genetic determinants of telomere length and risk of pancreatic cancer: a PANDoRA study. Int J Cancer. 2018 Oct 16. doi: 10.1002/ijc.31928.
Vodenkova S, Jiraskova K, Urbanova M, Kroupa M, Slyskova J, Schneiderova M, Levy M, Buchler T, Liska V, Vodickova L, Vymetalkova V, Collins A, Opattova A, Vodicka P. Base excision repair capacity as a determinant of prognosis and therapy response in colon cancer patients. DNA Repair (Amst). 2018 Oct 1. pii:S1568-7864(18)30070-3. doi: 10.1016/j.dnarep.2018.09.006.
Kral J , Korenkova V, Novosadova V, Langerova L, Schneiderova M, Liska V, Levy M, Veskrnova V, Spicak J, Opattova A, Jiraskova K, Vymetalkova V, Vodicka P, Slyskova J. Expression profile of miR-17/92 cluster is predictive of treatment response in rectal cancer. Carcinogenesis. 2018 Oct 1. doi:10.1093/carcin/bgy100.
Thiele JA, Hosek P, Kralovcova E, Ostasov P, Liska V, Bruha J, Vycital O, Rosendorf J, Opattova A, Horak J, Kralickova M, Vodicka P, Pitule P. lncRNAs in Non-Malignant Tissue Have Prognostic Value in Colorectal Cancer. Int J Mol Sci. 2018 Sep 8;19(9). pii: E2672. doi: 10.3390/ijms19092672.
Huhn S, da Silva Filho MI, Sanmuganantham T, Pichulik T, Catalano C, Pardini B, Naccarati A, Polakova-Vymetálkova V, Jiraskova K, Vodickova L, Vodicka P, Löffler MW, Courth L, Wehkamp J, Din FVN, Timofeeva M, Farrington SM, Jansen L, Hemminki K, Chang-Claude J, Brenner H, Hoffmeister M, Dunlop MG, Weber ANR, Försti A. Coding variants in NOD-like receptors: An association study on risk and survival of colorectal cancer. PLoS One. 2018 Jun 21;13(6):e0199350. doi:10.1371/journal.pone.0199350.
Catalano C, da Silva Filho MI, Jiraskova K, Vymetalkova V, Levy M, Liska V, Vycital O, Naccarati A, Vodickova L, Hemminki K, Vodicka P, Weber ANR, Försti A. Short article: Influence of regulatory NLRC5 variants on colorectal cancer survival and 5-fluorouracil-based chemotherapy. Eur J Gastroenterol Hepatol. 2018 Aug;30(8):838-842. doi: 10.1097/MEG.0000000000001154.
IARC Monographs Vol 121 Group. Carcinogenicity of quinoline, styrene, and styrene-7,8-oxide. Lancet Oncol. 2018 Apr 18. pii: S1470-2045(18)30316-4. doi:10.1016/S1470-2045(18)30316-4.
Catalano, C., da Silva Filho, M. I., Frank, C., Jiraskova, K., Vymetalkova, V., Levy, M., Liska, V., Vycital, O., Naccarati, A., Vodickova, L., Hemminki, K., Vodicka, P.,Weber, A. N. R., Försti, A.: (2018). Investigation of single and synergic effects of NLRC5 and PD-L1 variants on the risk of colorectal cancer. PLoS ONE, 13(2).
Klein, A. P., Wolpin, B. M., Risch, H. A., Stolzenberg-Solomon, R. Z., Mocci, E., Zhang, M., Canzian, F., Childs, E.J., Hoskins, J.W., Jermusyk, A., Zhong, J., Chen, F., Albanes, D., Andreotti, G., Arslan, A.A., Babic, A., Bamlet, W.R., Beane-Freeman, L., Berndt, S.I., Blackford, A., Borges, M., Borgida, A., Bracci, P.M., Brais, L., Brennan, P., Brenner, H., Bueno-de-Mesquita, B., Buring, J., Campa, D., Capurso, G., Cavestro, G.M., Chaffee, K.G., Chung, C.C., Cleary, S., Cotterchio, M., Dijk, F., Duell, E.J., Foretova, L., Fuchs, C., Funel, N., Gallinger, S., M. Gaziano, J.M., Gazouli, M., Giles, G.G., Giovannucci, E., Goggins, M., Goodman, G.E., Goodman, P.J., Hackert, T., Haiman, C., Hartge, P., Hasan, M., Hegyi, P., Helzlsouer, K.J., Herman, J., Holcatova, I., Holly, E.A., Hoover, R., Hung, R.J., Jacobs, E.J., Jamroziak, K., Janout, V., Kaaks, R., Khaw, K.T., Klein, E.A., Kogevinas, M., Kooperberg, C., Kulke, M.H., Kupcinskas, J., Kurtz, R.J., Laheru, D., Landi, S., Lawlor, R.T., Lee, I.M., LeMarchand, L., Lu, L., Malats, N., Mambrini, A., Mannisto, S., Milne, R.L., Mohelníková-Duchoňová, B., Neale, R.E., Neoptolemos, J.P., Oberg, A.L., Olson, S.H., Orlow, I., Pasquali, C., Patel, A.V., Peters, U., Pezzilli, R., Porta, M., Real, F.X., Rothman, N., Scelo, G., Sesso, H.D., Severi, G., Shu, X.O., Silverman, D., Smith, J.P., Soucek, P., Sund, M., Talar-Wojnarowska, R., Tavano, F., Thornquist, M.D., Tobias, G.S., Van Den Eeden, S.K., Vashist, Y., Visvanathan, K., Vodicka, P., Wactawski-Wende, J., Wang, Z., Wentzensen, N., White, E., Yu, H., Yu, K., Zeleniuch-Jacquotte, A., Zheng, W., Kraft, P., Li, D., Chanock, S., Obazee, O., Petersen, G.M., Amundadottir, L. T. (2018). Genome-wide meta-analysis identifies five new susceptibility loci for pancreatic cancer. Nature Communications, 9(1), 556.
Rejhova, A., Opattova, A., Cumova, A., Slíva, D., & Vodicka, P. (2018). Natural compounds and combination therapy in colorectal cancer treatment. European Journal of Medicinal Chemistry, 144, 582–594.
Barontini, J., Antinucci, M., Tofanelli, S., Cammalleri, M., Dal Monte, M., Gemignani, F., Vodička, P., Marangoni, R., Vodičková, L., Kupcinskas, J., Vymetálková, V., Försti, A., Canzian, F., Stein, A., Moreno, V., Mastrodonato, N., Tavano, F., Panza, A., Barale, R., Landi, S., Campa, D.: (2017) Association between polymorphisms of TAS2R16 and susceptibility to colorectal cancer. BMC Gastroenterology. 17: 104.
Carrai, M., Campa, D., Vodička, P., Flamini, R., Martelli, I., Slyšková, J., Jirásková, K., Rejhová, A., Vodenková, S., Canzian, F., Bertelli, A., Dalla Vedova, A., Bavaresco, L., Vodičková, L., Barale, R.: (2017) Association between taste receptor (TAS) genes and the perception of wine characteristics. Scientific Reports. 7: 9239.
De Santi, Ch., Pucci, P., Bonotti, A., Melaiu, O., Cipollini, M., Silvestri, R., Vymetálková, V., Barone, E., Paolicchi, E., Corrado, A., Lepori, I., Dell'Anno, I., Pelle, L., Vodička, P., Mutti, L., Foddis, R., Cristaudo, A., Gemignani, F., Landi, S.: (2017) Mesothelin promoter variants are associated with increased soluble mesothelin-related peptide levels in asbestos-exposed individuals. Occupational and Environmental Medicine. 74 (6): 457-464.
Kroupa, M. , Polívková, Z., Rachakonda, S., Schneiderová, M., Vodenková, S., Buchler, T., Jirásková, K., Urbanová, M., Vodičková, L., Hemminki, K., Kumar, R., Vodička, P.: (2017) Bleomycin-induced chromosomal damage and shortening of telomeres in peripheral blood lymphocytes of incident cancer patients. Genes Chromosomes & Cancer. IN PRESS
Mohelníková-Duchoňová, B., Strouhal, O., Hughes, D. J., Holcatová, I., Oliverius, M., Kala, Z., Campa, D., Rizzato, C., Canzian, F., Pezzilli, R., Talar-Wojnarowska, R., Malecka-Panas, E., Sperti, C., Sperti, C., Federico Zambon, C., Pedrazzoli, S., Fogar, P., Milanetto, A.C., Capurso, G., Fave, G.D., Valente, R., Gazouli, M., Malleo, G., Lawlor, R.T., Strobel, O., Hackert, T., Giese, N., Vodička, P., Vodičková, L., Landi, S., Tavano, F., Gioffreda, D., Piepoli, A., Pazienza, V., Mambrini, A., Pedata, M., Cantore, M., Bambi, F., Ermini, S., Funel, N., Lemstrová, R., Souček, P.: (2017) SLC22A3 polymorphisms do not modify pancreatic cancer risk, but may influence overall patient survival. Scientific Reports. 7, 43812.
Schneiderová, B., Naccarati, A., Pardini, B., Rosa, F., Di Gaetano, C., Jirásková, K., Opattová, A., Levý, M., Veskrna, K., Veškrnová, V., Buchler, T., Landi, S., Vodička, P., Vymetálková, V.: (2017) MicroRNA-binding site polymorphisms in genes involved in colorectal cancer etiopathogenesis and their impact on disease prognosis. Mutagenesis. 32(5): 533-542.
Schormair, B., Zhao, Ch., Bell, S., Tilch, E., Salminen, A.V., Putz, B., Dauvilliers, Y., Stefani, A., Högl, B., Poewe, W., Kemlink, D., Šonka, K., Bachmann, C. G., Paulus, W., Trenkwalder, C., Oertel, W., Hornyak, M., Teder-Laving, M., Metspalu, A., Hadjigeorgiou, G.M., Polo, O., Fietze, I., Ross, O.A., Wszolek, Z., Butterworth, A.S., Soranzo, N., Ouwehand, W. H., Roberts, D.J., Danesh, J., Allen, R.P., Earley, Ch.J., Ondo, W.G., Xiong, L., Montplaisir, J., Gan-Or, Z., Perola, M., Vodička, P., Dina, Ch., Franke, A., Tittmann, L., Stewart, A.F.R., Shah, S.H., Gieger, Ch., Peters, A., Rouleau, G.A., Berger, K., Oexle, K., Di Angelantonio, E., Hinds, D.A., Müller-Myhsok, B., Winkelmann, J.: (2017) Identification of novel risk loci for restless legs syndrome in genome-wide association studies in individuals of European ancestry: a meta-analysis. Lancet Neurology. 16 (11): 898-907.
Schubert, S.A., Ruano, D., Elsayed, F.A., Boot, A., Crobach, S., Sarasqueta, A.F., Wolffenbuttel, B., van der Klauw, M.M., Oosting, J., Tops, C.M., van Eijk, R., Vasen, H.F., Vossen, R.H., Nielsen, M., Castellví-Bel, S., Ruiz-Ponte, C., Tomlinson, I., Dunlop, M.G., Vodička, P., Wijnen, J.T., Hes, F.J., Morreau, H., de Miranda, N.F., Sijmons, R.H., van Wezel, T.: (2017) Evidence for genetic association between chromosome 1q loci and predisposition to colorectal neoplasia. British Journal of Cancer. 117 (8): 1215-1223.
Thomsen, H., Campo, Ch., Weinhold, N., da Silva Filho, M.I., Pour, L., Gregora, E., Vodička, P., Vodičková, L., Hoffmann, P., Nöthen, M.M., Jöckel, K.H., Langer, Ch., Hájek, R., Goldschmidt, H., Hemminki, K., Försti, A.: (2017) Genomewide association study on monoclonal gammopathy of unknown significance (MGUS). European Journal of Haematology. 99 (1): 70-79.
Vymetálková, V. , Pardini, B., Rosa, F., Jirásková, K., Di Gaetano, C., Bendová, P., Levy, M., Veskrnová, V., Buchler, T., Vodičková, L., Naccarati, A., Vodička, P.: (2017) Polymorphisms in microRNA binding sites of mucin genes as predictors of clinical outcome in colorectal cancer patients. Carcinogenesis, 38(1): 28-39.
Wultsch, G., Nersesyan, A., Kundi, M., Mišík, M., Setayesh, T., Waldherr, M., Vodička, P., Vodičková, L., Knasmüller, S.: (2017) Genotoxic and Cytotoxic Effects in Exfoliated Buccal and Nasal Cells of Chromium and Cobalt Exposed Electroplaters. Journal of Toxicology and Environmental Health. Part A. 80(13-15): 651-660.
Campa, D., Pastore, M., Gentiluomo, M., Talar-Wojnarowská, R., Kupcinskas, J., Malecka-Panas, E., Neoptolemos, J.P., Niesen, W., Vodička, P., Delle Fave, G., Bas Bueno-de-Mesquita, H., Gazouli M., Pacetti, P., Di Leo, M., Ito, H., Klüter, H., Souček, P., Corbo, V., Yamao, K., Hosono, S., Kaaks, R., Vashist, Y., Gioffreda, D., Strobel, O., Shimizu, Y., Dijk, F., Andriulli, A., Ivanauskas, A., Bugert, P., Tavano, F., Vodičková, L., Federico Zambon, C., Lovecek, M., Landi, S., Key, T.J., Boggi, U., Pezzilli, R., Jamroziak, K., Mohelnikova-Duchonová, B., Mambrini, A., Bambi, F., Busch, O., Pazienza, V., Valente, R., Theodoropoulos, G.E., Hackert, T., Capurso, G., Martina Cavestro, G., Pasquali, C., Basso, D., Sperti, C., Matsuo, K., Büchler, M., Khaw, K.T., Izbicki, J., Costello, E., Katzke, V., Michalski, C., Stepien, A., Rizzato, C., Canzian, F.: (2016) Functional single nucleotide polymorphisms within the cyclin-dependent kinase inhibitor 2A/2B region affect pancreatic cancer risk. Oncotarget, IN PRESS
Elsnerová, K., Mohelniková-Duchonová, B., Čeřovská, E., Ehrlichová, M., Gut, I., Rob, L., Skapa, P., Hruda, M., Bartaková, A., Bouda, J., Vodička, P., Souček, P., Václavíková, R.,: (2016) Gene expression of membrane transporters: Importance for prognosis and progression of ovarian carcinoma. Oncol. Rep., 35(4): 2159-2170.
Försti, A., Frank, C., Smolková, B., Kazimirová, A., Barancoková, M., Vymetálková, V., Kroupa, M., Naccarati, A., Vodičková, L., Buchancová, J., Dusinská, M., Musak, L., Vodička, P., Hemminki, K.: (2016) Genetic variation in the major mitotic checkpoint genes associated with chromosomal aberrations in healthy humans. Cancer Lett., 380(2):442-446.
Kořenková, V., Slyšková, J., Novosadová, V., Pizzamiglio, S., Langerová, L., Bjorkman, J., Vyčítal, O., Liska, V., Levy, M., Veskrna, K., Vodička, P., Vodičková, L., Kubista, M., Verderio, P.: (2016)The focus on sample quality: Influence of colon tissue collection on reliability of qPCR data. Sci Rep, 6: 29023.
Kunická, T., Procházka, P., Krus, I., Bendová, P., Protivová, M., Susová, S., Hlaváč, V., Liska, V., Novák, P., Schneiderová, M., Pitule, P., Bruha, J., Vyčítal, O., Vodička, P., Souček, P.: (2016) Molecular profile of 5-fluorouracil pathway genes in colorectal carcinoma. BMC Cancer, 16(1):795.
Naccarati, A. , Rosa, F., Vymetálková V., Barone, E., Jirásková, K., Di Gaetano, C., Novotný, J., Levy, M., Vodičková, L., Gemignani, F., Buchler, T., Landi, S., Vodička, P., Pardini, B.: (2016) Double-strand break repair and colorectal cancer: gene variants within 3' UTRs and microRNAs binding as modulators of cancer risk and clinical outcome. Oncotarget, 7(17): 23156-23169.
Vodička, P. , Musak, L., Fiorito, G., Vymetálková, V., Vodičková, L., Naccarati, A.: (2016) DNA and chromosomal damage in medical workers exposed to anaesthetic gases assessed by the lymphocyte cytokinesis-block micronucleus (CBMN) assay. A critical review. Mutat. Res.-Rev. Mutat. Res., 770(Pt A): 26-34.
Vodička, P., Pardini, B., Vymetálková, V., Naccarati, A.: (2016) Polymorphisms in Non-coding RNA Genes and Their Targets Sites as Risk Factors of Sporadic Colorectal Cancer. Adv.Exp.Med.Biol., 937: 123-149.
Vymetálková, V. , Pardini, B., Rosa, F., Jirásková, K., Di Gaetano, C., Bendová, P., Levy, M., Veskrnová, V., Buchler, T., Vodičková, L., Naccarati,A., Vodička, P.: (2016) Polymorphisms in microRNA binding sites of mucin genes as predictors of clinical outcome in colorectal cancer patients. Carcinogenesis, IN PRESS.
Vymetálková, V., Vodička, P. , Pardini, B., Rosa, F., Levy, M., Schneiderová, M., Liska, V., Vodičková, L., Nilsson, T.K., Farkas, S.A.: (2016) Epigenome-wide analysis of DNA methylation reveals a rectal cancer-specific epigenomic signature. Epigenomics, 8(9): 1193-1207.
Zhang, M., Wang, Z., Obazee, O., Jia, J., Childs, E.J., Hoskins, J., Figlioli, G., Mocci, E., Collins, I., Chung, C.C., Hautman, C., Arslan, A.A., Beane-Freeman, L., Bracci, P.M., Buring, J., Duell, E.J., Gallinger, S., Giles, G.G., Goodman, G.E., Goodman, P.J., Kamineni, A., Kolonel, L.N., Kulke, M.H., Malats, N., Olson SH, Sesso HD, Visvanathan K, White E, Zheng W, Abnet CC, Albanes D, Andreotti, G., Brais, L., Bueno-de-Mesquita, H.B., Basso, D., Berndt, S.I., Boutron-Ruault, M.C., Bijlsma, M.F., Brenner, H., Burdette, L., Campa, D., Caporaso, N.E., Capurso, G., Cavestro, G.M., Cotterchio, M., Costello, E., Elena, J., Boggi, U., Gaziano, J.M., Gazouli, M., Giovannucci, E.L., Goggins, M., Gross, M., Haiman, C.A., Hassan, M., Helzlsouer, K.J., Hu, N., Hunter, D.J., Iskierka-Jazdzewska, E., Jenab, M., Kaaks, R., Key, T.J., Khaw, K.T., Klein, E.A., Kogevinas, M., Krogh, V., Kupcinskas, J., Kurtz, R.C., Landi, M.T., Landi, S., Le Marchand, L., Mambrini, A., Mannisto, S., Milne, R.L., Neale, R.E., Oberg, A.L., Panico, S., Patel, A.V., Peeters, P.H., Peters, U., Pezzilli, R., Porta, M., Purdue, M., Quiros, J.R., Riboli, E., Rothman, N., Scarpa, A., Scelo, G., Shu, X.O., Silverman, D.T., Souček, P., Strobel, O., Sund, M., Małecka-Panas, E., Taylor, P.R., Tavano, F., Travis, R.C., Thornquist, M., Tjønneland, A., Tobias, G.S., Trichopoulos, D., Vashist, Y., Vodička, P., Wactawski-Wende, J., Wentzensen, N., Yu, H., Yu, K., Zeleniuch-Jacquotte, A., Kooperberg, C., Risch, H.A., Jacobs, E.J., Li, D., Fuchs, C., Hoover, R., Hartge, P., Chanock, S.J., Petersen, G.M., Stolzenberg-Solomon, R.S., Wolpin, B.M., Kraft, P., Klein, A.P., Canzian, F., Amundadottir, L.T.: (2016) Three new pancreatic cancer susceptibility signals identified on chromosomes 1q32.1, 5p15.33 and 8q24.21. Oncotarget, IN PRESS
Aherne, S.T., Madden, S.F., Hughes, D.J., Pardini, B., Naccarati, A., Levy, M., Vodička, P., Neary, P., Dowling, P., Clynes, M.: (2015) Circulating miRNAs miR-34a and miR-150 associated with colorectal cancer progression. BMC Cancer. 15: 329.
Campa, D., Rizzato, C., Stolzenberg-Solomon, R., Pacetti, P., Vodička, P., Cleary, S.P., Capurso, G., Bueno-de-Mesquita, H.B., Werner, J., Gazouli, M., Butterbach, K., Ivanauskas, A., Giese, N., Petersen, G.M., Fogar, P., Wang, Z., Bassi, C., Ryska, M., Theodoropoulos, G.E., Kooperberg, C., Li, D., Greenhalf, W., Pasquali, C., Hackert, T., Fuchs, C.S., Mohelnikova-Duchonova, B., Sperti, C., Funel, N., Dieffenbach, A.K., Wareham, N.J., Buring, J., Holcátová, I., Costello, E., Zambon, C.F., Kupcinskas, J., Risch, H.A., Kraft, P., Bracci, P.M., Pezzilli, R., Olson, S.H., Sesso, H.D., Hartge, P., Strobel, O., Małecka-Panas, E., Visvanathan, K., Arslan, A.A., Pedrazzoli, S., Souček, P., Gioffreda, D., Key, T.J., Talar-Wojnarowská, R., Scarpa, A., Mambrini, A., Jacobs, E.J., Jamroziak, K., Klein, A., Tavano, F., Bambi, F., Landi, S., Austin, M.A., Vodičková, L., Brenner, H., Chanock, S.J., Delle Fave, G., Piepoli, A., Cantore, M., Zheng, W., Wolpin, B.M., Amundadottir, L.T., Canzian, F.: (2015) TERT gene harbors multiple variants associated with pancreatic cancer susceptibility. Int J Cancer. 1;137(9):2175-2183.
Childs, E.J., Mocci, E., Campa, D., Bracci, P.M., Gallinger, S., Goggins, M., Li, D., Neale, R.E., Olson, S.H., Scelo, G., Amundadottir, L.T., Bamlet, W.R., Bijlsma, M.F., Blackford, A., Borges, M., Brennan, P., Brenner, H., Bueno-de-Mesquita, H.B., Canzian, F., Capurso, G., Cavestro, G.M., Chaffee, K.G., Chanock, S.J., Cleary, S.P., Cotterchio, M., Foretová, L., Fuchs, C., Funel, N., Gazouli, M., Hassan, M., Herman, J.M., Holcatová, I., Holly, E.A., Hoover, R.N., Hung, R.J., Janout, V., Key, T.J., Kupcinskas, J., Kurtz, R.C., Landi, S., Lu, L., Malecka-Panas, E., Mambrini, A., Mohelniková-Duchonová, B., Neoptolemos, J.P., Oberg, A.L., Orlow, I., Pasquali, C., Pezzilli, R., Rizzato, C., Saldia, A., Scarpa, A., Stolzenberg-Solomon, R.Z., Strobel, O., Tavano, F., Vashist, Y.K., Vodička, P., Wolpin, B.M., Yu, H., Petersen, G.M., Risch, H.A., Klein, A.P.: (2015) Common variation at 2p13.3, 3q29, 7p13 and 17q25.1 associated with susceptibility to pancreatic cancer. Nat Genet. 47(8):911-916.
Dowling, P., Hughes, D. J., Larkin, A. M., Meiller, J., Henry, M., Meleady, P., Lynch, V., Pardini, B., Naccarati, A., Levy, M., Vodička, P., Neary, P., Clynes, M.: (2015) Elevated levels of 14-3-3 proteins, serotonin, gamma enolase and pyruvate kinase identified in clinical samples from patients diagnosed with colorectal cancer. Clin. Chim. Acta. 441: 133-141.
Hemminki, K., Frank, C., Försti, A., Musak, L., Kazimirova, A., Barancokova, M., Horska, A., Vymetalková, V., Šmerhovský, Z.,Naccarati, A., Souček, P., Vodičková, L., Buchancová, J., Smolková, B., Dušinská, M., Vodička, P.: (2015) Metabolic gene variants associated with chromosomal aberrations in healthy humans. Gene Chromosomes Cancer. 54(4): 260-266.
Hemminki, K., Rachakonda, S., Musak, L., Vymetálková, V., Halasová, E., Försti, A., Vodičková, L., Buchancová, J., Vodička, P., Kumar, R.: (2015) Telomere length in circulating lymphocytes: Association with chromosomal aberrations. Gene Chromosomes Cancer. 54(3): 194-196.
Pardini, B., Rosa, F., Naccarati, A., Vymetálková, V., Ye, Y., Wu, X., di Gaetano, C., Buchler, T., Novotný, J., Matullo, G., Vodička, P.: (2015) Polymorphisms in microRNA genes as predictors of clinical outcomes in colorectal cancer patients. Carcinogenesis. 31(6): 82-86.
Slyšková, J., Cordero, F., Pardini, B., Korenková, V., Vymetalková, V., Bielik, L., Vodičková, L., Pitule, P., Liska, V., Matejka, V. M., Levy, M., Buchler, T., Kubista, M., Naccarati, A., Vodička, P.: (2015) Post-treatment recovery of suboptimal DNA repair capacity and gene expression levels in colorectal cancer patients. Mol. Carcinog., 54 (9): 769-778.
Vodenková, S., Polivková, Z., Musak, L., Šmerhovský, Z., Zoubková, H., Sytarová, S., Kavcová, E., Halasová, E., Vodičková, L., Jirásková, K., Svoboda, M., Ambrus, M., Hemminki, K., Vodička, P.: (2015) Structural chromosomal aberrations as potential risk markers in incident cancer patients. Mutagenesis.30(4):557-563.
Vodička, P., Caja, F., Vymetálková, V., Procházka, P., Vodičková, L., Schwarzová, L., Slyšková, J., Kumar, R., Schneiderová, M.: (2015) Ile68Met germline variant in exon 2 of the mutL homolog 1 gene in a colorectal cancer patient. Oncol. Lett. 9(1): 183-186.
Vodička, P., Musak, L., Frank, C., Kazimirova, A., Vymetálková, V., Barancoková, M., Smolková, B., Dzupinková, Z., Jirasková, K., Vodenková, S., Kroupa, M., Osina, O., Naccarati, A., Palitti, F., Försti, A., Dusinská, M., Vodičková, L., Hemminki, K.: (2015) Interactions of DNA repair gene variants modulate chromosomal aberrations in healthy subjects. Carcinogenesis.36(11): 1299-1306.
Vymetálková, V., Souček, P., Kunicka, T., Jirásková, K., Brynychova, V., Pardini, B., Novosadova, V., Polivkova, Z., Kubackova, K., Kozevnikovova, R., Ambrus, M., Vodičková, L., Naccarati, A., Vodička, P.: (2015) Genotype and Haplotype Analyses of TP53 Gene in Breast Cancer Patients: Association with Risk and Clinical Outcomes. PLoS One. 10(7): e0134463.
Farkas, S. A., Vymetálková, V., Vodičková, L., Vodička, P., Nilsson, T. K.: (2014) DNA methylation changes in genes frequently mutated in sporadic colorectal cancer and in the DNA repair and Wnt/β-catenin signaling pathway genes. Epigenomics 6(2): 179-191.
Huhn, S., Bevier, M., Pardini, B., Naccarati, A., Vodičková, L., Novotny, J., Vodička, P., Hemminki, K., Försti, A.: (2014) Colorectal cancer risk and patients' survival: influence of polymorphisms in genes somatically mutated in colorectal tumors. Cancer Causes Control. 25(6): 759-769.
Kunická, T., Václavíková, R., Hlaváč, V., Vrána, D., Pecha, V., Rauš, K., Trnková, M., Kubáčková, K., Ambruš, M., Vodičková, L., Vodička, P., Souček, P.: (2014) Non-Coding Polymorphisms in Nucleotide Binding Domain 1 in ABCC1 Gene Associate with Transcript Level and Survival of Patients with Breast Cancer. PLoS One 9(7): e101740.
Lu, S., Pardini, B., Cheng, B., Naccarati, A., Huhn, S., Vymetálková, V., Vodičková, L., Buchler, T., Hemminki, K., Vodička, P., Försti, A.: (2014) Single Nucleotide Polymorphisms within Interferon Signaling Pathway Genes Are Associated with Colorectal Cancer Susceptibility and Survival. PLoS One 9(10): e111061.
Makovický, P., Tumova, E., Volek, Z., Makovický, P., Vodičková, L., Slyšková, J., Svoboda, M., Rejhová, A., Vodička, P., Samasca, G., Králová, A., Nagy, M., Mydlarova-Blascaková, M., Poracova, J.: (2014) Histopathological aspects of liver under variable food restriction: Has the intense one-week food restriction a protective effect on non-alcoholic-fatty-liver-disease (NAFLD) development?Pathol. Res. Pract. 210(12): 855-862.
Makovický, P., Tůmová, E., Volek, Z., Makovický, P., Vodička, P.: (2014) Histological aspects of the small intestine under variable feed restriction: The effects of short and intense restriction on a growing rabbit model. Exp. Ther. Med. 8(5): 1623-1627.
Pardini, B., Verderio, P., Pizzamiglio, S., Nici, C., Maiorana, M. V., Naccarati, A., Vodičková, L., Vymetálková, V., Veneroni, S., Daidone, M. G., Ravagnani, F., Bianchi, T., Bujenda, L., Carracedo, A., Castells, A., Ruiz-Ponte, C., Morreau, H., Howarth, K., Jones, A., Castellvı´-Bel, S., Li L., Tomlinson, I., Van Wezel, T., Vodička, P., Radice, P., Peterlongo, P., the EPICOLON Consortium: (2014) Association between CASP8 –652 6N Del Polymorphism (rs3834129) and Colorectal Cancer Risk: Results from a Multi-Centric Study. PLoS ONE 9(3): e91310.
Pardini, B., Bermejo, J. L., Naccarati, A., Di Gaetano, C., Rosa, F., Legrand, C., Novotny, J., Vodička, P., Kumar, R.: (2014) Inherited variability in a master regulator polymorphism (rs4846126) associates with survival in 5-FU treated colorectal cancer patients.Mutat. Res.-Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 766-767: 7-13.
Svoboda, M., Slyšková, J., Schneiderova, M., Makovicky, P., Bielik, L., Levy, M., Lipska, L., Hemmelova, B., Kala, Z., Protivankova, M., Vycital, O., Liska, V., Schwarzova, L., Vodičková, L, Vodička P.: (2014) HOTAIR long non-coding RNA is a negative prognostic factor not only in primary tumors, but also in the blood of colorectal cancer patients. Carcinogenesis. 35(7): 1510-1515.
Slyšková, J., Lorenzo, Y., Karlsen, A., Carlsen, M. H., Novosadová, V., Blomhoff, R., Vodička, P., Collins, A. R.: (2014) Both genetic and dietary factors underlie individual differences in DNA damage levels and DNA repair capacity. DNA Repair (Amst). 16 :66-73.
Slyšková, J., Langie, S, A. , Collins, A. R., Vodička, P.: (2014) Functional evaluation of DNA repair in human biopsies and their relation to other cellular biomarkers. Front Genet. 5: 116.
Švec, J., Schwarzová, L., Janošíková, B., Štekrová, J., Mandys, V., Kment, M., Vodička, P.: (2014) Synchronous gastric and sebaceous cancers, a rare manifestation of MLH1-related Muir-Torre syndrome. Int. J. Clin. Exp. Pathol. 7(8): 5196-5202.
Vymetálková, V., Pardini, B., Rosa, F., Di Gaetano, C., Novotny, J., Levy, M., Buchler, T., Slyšková, J., Vodičková, L., Naccarati, A., Vodička, P.: (2014) Variations in mismatch repair genes and colorectal cancer risk and clinical outcome. Mutagenesis. 29(4): 259-265.
Vymetálková, V., Slyšková, J., Korenková, V., Bielik, L., Langerová, L., Procházka, P., Rejhová, A., Schwarzová, L., Pardini, B.,Naccarati, A., Vodička, P.: (2014) Molecular characteristics of mismatch repair genes in sporadic colorectal tumors in Czech patients BMC Med. Genet. 15(1) :17.
Wolpin, B. M., Rizzato, C., Kraft, P., Kooperberg, C., Petersen, G. M., Wang, Z., Arslan, A. A., Beane-Freeman, L., Bracci, P.M., Buring, J., Canzian, F., Duell, E. J., Gallinger, S., Giles, G. G., Goodman, G. E., Goodman, P. J., Jacobs, E. J., Kamineni, A., Klein, A. P., Kolonel, L. N., Kulke, M. H., Li, D., Malats, N., Olson, S. H., Risch, H. A., Sesso, H. D., Visvanathan, K., White, E., Zheng, W., Abnet, C. C., Albanes, D., Andreotti, G., Austin, M. A., Barfield, R., Basso, D., Berndt, S. I., Boutron-Ruault, M. C., Brotzman, M., Büchler, M. W., Bueno-de-Mesquita, H. B., Bugert, P., Burdette, L., Campa, D., Caporaso, N. E., Capurso, G., Chung, C., Cotterchio, M., Costello, E., Elena, J., Funel, N., Gaziano, J. M., Giese, N. A., Giovannucci, E. L., Goggins, M., Gorman, M. J., Gross, M., Haiman, C. A., Hassan, M., Helzlsouer, K. J., Henderson, B. E., Holly, E. A., Hu, N., Hunter, D. J., Innocenti, F., Jenab, M., Kaaks, R., Key, T. J., Khaw, K. T., Klein, E. A., Kogevinas, M., Krogh, V., Kupcinskas, J., Kurtz, R. C., LaCroix, A., Landi, M. T., Landi, S., Le Marchand, L., Mambrini, A., Mannisto, S., Milne, R. L., Nakamura, Y., Oberg, A. L., Owzar, K., Patel, A. V., Peeters, P. H., Peters, U., Pezzilli, R., Piepoli, A., Porta, M., Real, F. X., Riboli, E., Rothman, N., Scarpa, A., Shu, X. O., Silverman, D. T., Soucek, P., Sund, M., Talar-Wojnarowska, R., Taylor, P. R., Theodoropoulos, G. E., Thornquist, M., Tjønneland, A., Tobias, G. S., Trichopoulos, D., Vodička, P., Wactawski-Wende, J., Wentzensen, N., Wu, C., Yu, H., Yu, K., Zeleniuch-Jacquotte, A., Hoover, R., Hartge, P., Fuchs, C., Chanock, S. J., Stolzenberg-Solomon, R. S., Amundadottir, L. T.: (2014) Genome-wide association study identifies multiple susceptibility loci for pancreatic cancer. Nature Genet. 46(9): 994-1000.
Azqueta, A., Langie, S. A., Slyšková, J., Collins, A. R.: (2013) Measurement of DNA base and nucleotide excision repair activities in mammalian cells and tissues using the comet assay - A methodological overview. DNA Repair (Amst) 12: 1007-1010.
Campa, D., Rizzato, C., Capurso, G., Giese, N., Funel, N., Greenhalf, W., Souček, P., Gazouli, M., Pezzilli, R, Pasquali, C., Talar-Wojnarowska, R., Cantore, M., Andriulli, A., Scarpa, A., Jamroziak, K., Delle Fave, G., Costello, E., Khaw, K. T., Heller, A., Key, T. J., Theodoropoulos, G., Malecka-Panas, E., Mambrini, A., Bambi, F., Land, S., Pedrazzoli, S., Bassi, C., Pacetti, P., Piepoli, A., Tavano, F., di Sebastiano, P., Vodičková, L., Basso, D., Plebani, M., Fogar, P., Büchler, M. W., Bugert, P., Vodička, P., Boggi, U., Neoptolemos, J. P., Werner, J., Canzian, F.: (2013) Genetic susceptibility to pancreatic cancer and its functional characterisation: The PANcreatic Disease ReseArch (PANDoRA) consortium. Dig. Liver Dis. 45(2): 95-99.
Campa, D., Rizzato, C., Bauer, A. S., Werner, J., Capurso, G., Costello, E., Talar-Wojnarowska, R., Jamroziak, K., Pezzilli, R., Gazouli, M., Khaw, K. T., Key, T. J., Bambi, F., Mohelnikova-Duchonova, B., Heller, A., Landi, S., Vodičková, L., Theodoropoulos, G., Bugert, P.,Vodička, P., Hoheisel, J., Delle Fave, G., Neoptolemos, J., Souček, P., Buchler, M. W., Giese, N. A., Canzian F.: (2013) Lack of replication of seven pancreatic cancer susceptibility lociidentified in two Asian populations. Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev.22(2): 320-323.
Lu, S., Bevier, M., Huhn, S., Sainz, J., Lascorz, J., Pardini, B., Naccarati, A., Vodičková, L., Novotný, J., Hemminki, K., Vodička, P., Försti A.: (2013) Genetic variants in C-type lectin genes are associated with colorectal cancer susceptibility and clinical outcome.Int. J. Cancer. 133(10): 2325-2333.
Makovicky, P., Rimarova, K., Boor, A., Makovicky, P., Vodička, P., Samasca, G., Kruzliak, P.: (2013) Correlation between antibodies and histology in celiac disease: Incidence of celiac disease is higher than expected in the pediatric population. Mol. Med. Rep.8(4): 1079-1083.
Mušák, L., Šmerhovský, Z., Halasová, E., Osina, O., Letková, L., Vodičková, L., Poláková, V., Buchancová, J., Hemminki, K.,Vodička, P.: (2013) Chromosomal damage among medical staff occupationally exposed to volatile anesthetics, antineoplastic drugs, and formaldehyde. Scand. J. Work Environ. Health. 39(6): 618-630.
Pardini, B., Rosa, F., Barone, E., Di Gaetano, C., Slyšková, J., Novotný, J., Levy, M., Garritano, S., Vodičková, L., Buchler, T., Gemignani, F., Landi, S., Vodička, P., Naccarati, A.: (2013) Variation within 3' UTRs of base excision repair genes and response to therapy in colorectal cancer patients: a potential modulation of microRNAs binding. Clin. Cancer Res. 19(21): 6044-6056.
Picelli, S., Bermejo, J. L., Change-Claude, J., Hoffmeister, M., Fernández-Rozadilla, C., Carracedo, A., Castells, A., Castellví-Bel, S.,Naccarati, A., Pardini, B., Vodičková, L., Hüller, H., Talseth-Palmer, B. A., Stibbard, G., Peterlongo, P., Nici, C., Veneroni, S., Li, L., Casey, G., Tenesa, A., Farrington, S. M., Tomlinson, I., Moreno, V., van Wezel, T., Wijnen, J., Dunlop, M., Radice, P., Scott, R. J.,Vodička, P., Ruiz-Ponte, C., Brenner, H., Buch, S., Völzke, H., Hampe, J., Schafmayer, C., Lindblom, A.: Meta-Analysis of Mismatch Repair Polymorphisms within the Cogent Consortium for Colorectal Cancer Susceptibility; PLoS One 8(9): e72091.
Poláková-Vymetálková, V., Vannucci, L., Korenková, V., Procházka, P., Slyšková, J., Vodičková, L., Rusňáková, V., Bielik, L., Burocziová, M., Rossmann., P., Vodička, P.: (2013) Evaluation of tumor suppressor gene expressions and aberrant methylation in the colon of cancer-induced rats: a pilot study. Mol. Biol. Rep. 40(10): 5921-5929.
Procházka, P., Hrabeta, J., Vicha, A., Cipro, S., Stejskalová, E., Musil, Z., Vodička, P., Eckschlager, T.: (2013) Changes in MYCN expression in human neuroblastoma cell lines following cisplatin treatment may not be related to MYCN copy numbers. Oncol. Rep. 29(6):2415-2421.
Rizzato, C., Campa, D., Pezzilli, R., Souček, P., Greenhalf, W., Capurso, G., Talar-Wojnarowska, R., Heller, A., Jamroziak, K., Khaw, K. T., Key, T. J., Bambi, F., Landi, S., Mohelniková-Duchoňová, B., Vodičková, L., Büchler, M. W., Bugert. P., Vodička, P., Neoptolemos, J. P., Werner, J., Hoheisel, J. D., Bauer, A. S., Giese, N., Canzian, F.: (2013) ABO blood groups and pancreatic cancer risk and survival: Results from the PANcreatic Disease ReseArch (PANDoRA) consortium. Oncol. Rep. 29(4): 1637-1644.
AZV 15-27580A Vnímání chutí, oxidativní poškození a mikroprostředí střeva v kolorektální karcinogenezi: důsledky na riziko nemoci, jeho prognózu a prevenci. PI: Dr. Vodička, (2015-2019).
AZV 17-30920A Zkoumání získané chemorezistence pomocí profilování genů zahrnutých do opravy DNA u pacientů s rakovinou tlustého střeva. PI: Ing. Vymetálková, (2017-2020).
GACR 17 – 16857S Identifikace a porovnání miRNA signatur v plazmě a ve stolici pacientů s nádory tlustého střeva a konečníku metodou skevenování nové generace. PI: Dr. Naccarati, (2017 – 2019).
GACR 18- 09709S Studium mechanismů maligní transformace adenomů tlustého střeva a konečníku. PI: Dr. Vodička, (2018-2020).
NV 18-03-00199 Identifikace diagnostických ukazatelů pro kolorektální karcinom na základě transkriptomických, metylomových a mikrobiomových profilací v procesu přechodu od adenoma ke karcinomu. PI: Dr. Vodička, (2018-2021).
GACR 19-10543S Změny DNA reparačního systému související s odpovědí na léčbu ovariálního karcinomu. PI: Dr. Vodička, (2019-2021).
NV 19-09-00237 Klinicko-patologické a molekulární faktory detekované v metastazách, které předpovídají odpověď na léčbu karcinomu tlustého střeva. PI: Dr.Vymetálková, (2019-2022).
Thomayerova nemocnice Praha
IKEM, Praha
Všeobecná fakultní nemocnice, Praha
Fakultní nemocnice Plzeň
Fakultní nemocnice Kralovské Vinohrady, Praha
Masarykova Universita, Brno
První lékařská fakulta, Karlova Universita, Praha
Třetí lékařská fakulta, Karlova Universita, Praha
Biomedicínske Centrum, Lékařská fakulta, Plzeň, Karlova Universita, Praha
Státní zdravotní Ústav, Praha
Biotechnologický ústav, AV ČR v.v.i. Vestec
Ústav Molekulární Genetiky AV ČR v.v.i. Praha
Mikrobiologický ústav AV ČR v.v.i., Praha
DKFZ (German Cancer Research Center) Heidelberg, Německo (prof. Hemminki, prof. Kumar, Dr. Canzian, Dr. Főrsti)
University of Pisa, Itálie (prof. Landi, prof. Barale, dr. Campa)
Italian Institute for Genomic Medicine, Torino, Itálie (Dr. Naccarati, Dr. Pardini)
Leiden University Medical Center, Leiden, Holandsko (prof. Van Wezel)
IDIBAPS / CIBERehd / Hospital Clínic, Barcelona, Španělsko (Dr. Castellvi-Bel)
Umeå University, Švédsko (Prof. Torbjőrn Nilsson)
Vienna Medical University, Rakousko (prof. Knasműller, Dr.Gsur)
RCSI Royal College of Surgeons in Ireland, Irsko(Dr. Hughes)
CEITEC - středoevropský technologický institut, Brno
Genetics and Epidemiology of Colorectal cancer Consortium (GECCO)
© Copyright 2018. All Rights Reserved. Stránky vytvořila agentura WebMotion.