Pracoviště bylo zřízeno k 1. 1. 1953 jako Archiv ČSAV, v roce 1954 bylo spojeno s Komisí pro soupis a studium rukopisů, v letech 1966–1992 neslo název Ústřední archiv ČSAV, od 1. 1. 1993 pak Archiv AV ČR.

K 1. 1. 2006 byl k Archivu AV ČR připojen Masarykův ústav AV ČR a zároveň byl změněn název pracoviště na Masarykův ústav – Archiv AV ČR. V roce 2008 byl název upraven na nynější Masarykův ústav a Archiv AV ČR.

Od 1. 1. 2007 se ústav stal veřejnou výzkumnou institucí ve smyslu zákona č. 341/2005 Sb. 

Archiv AV ČR

Archiv ČSAV zahájil svou činnost 1. 1. 1953 jako veřejná instituce, zařazená do soustavy československého archivnictví. Roku 1956 se stal tzv. archivem zvláštním, roku 1974 tzv. archivem zvláštního významu. K jeho hlavním úkolům patřilo a nadále patří shromažďování a zpracovávání materiálu z činnosti bývalých vědeckých společností a spolků, ústavů a organizačních složek ČSAV, resp. AV ČR, a pozůstalostí našich předních vědců. Od roku 1955 se stala součástí činnosti archivu Komise pro soupis a studium rukopisů. K 1. 1. 1966 bylo rozhodnuto o interním postavení archivu v rámci ČSAV a pracoviště změnilo svůj název na Ústřední archiv ČSAV.

Prvními spravovanými fondy byly písemnosti Královské české společnosti nauk, České akademie věd a umění, Masarykovy akademie práce a Československé národní rady badatelské. Kromě přejímání fondů archiv založil fotografické a umělecké sbírky a zároveň plnil samostatné vědecké úkoly, týkající se dějin vědeckých institucí, české vědy, archivistiky a soupisu a studia rukopisů. První průvodce po fondech, vydaný roku 1962, obsahoval 48 fondů a sbírek. Od konce 60. let se utvářely odborné pracovní úseky – předchůdců ČSAV, písemných pozůstalostí a fondů ČSAV. Díky zvyšování počtu pracovníků se zdokonalila předarchivní péče, v roce 1972 byl vydán první oficiální vzorový spisový a skartační řád pro pracoviště ČSAV a začalo vycházet periodikum Archivní zprávy ČSAV (1970–1985). Od poloviny 80. let se historická práce archivu více orientovala na dějiny vědy, byly vydávány Práce z dějin ČSAV.

Významné změny archiv zaznamenal v uplynulých dvaceti letech. Od roku 1991 užíval prostory v Praze 8-Bohnicích a Praze 8-Holešovičkách (bývalá tiskárna Prometheus), pracovny oddělení pro soupis a studium rukopisů se nacházely v Husově ulici v centru Prahy. V návaznosti se zřízením AV ČR k 31. 12. 1992 začalo pracoviště užívat název Archiv AV ČR (od 1. 1. 1993). V roce 2005 byla otevřena nová budova v Gabčíkově ulici v Praze 8, projektovaná přímo pro archivní účely. V průběhu roku 2007 archiv splnil požadavky akreditace pro tzv. specializované archivy.

Více informací o historii AV ČR(pdf)

Masarykův ústav

Ústav T. G. Masaryka byl založen Tomášem G. Masarykem 23. 7. 1932 jako nadace, jejímž úkolem bylo spravovat a doplňovat knihovnu a archiv TGM, pokračovat v redigování a vydávání Masarykových spisů, umožňovat externí studium vědeckých pracovníků a vydávat či přispívat k vydávání výsledků jejich práce.

Jako věcný základ věnoval T. G. Masaryk nadaci svoji soukromou knihovnu a archiv, soukromé muzeum a také cenné papíry (v celkové hodnotě cca 10 mil. Kč). Tento základní fond měl být východiskem pro studium oblastí, kterými se Masaryk zabýval. Prvním sídlem ústavu byl Pražský hrad, v r. 1938 se přestěhoval do vlastní budovy v Bubenči. Během války byl deponován v Klementinu, protože budovu ústavu zabralo gestapo. V rámci poválečné obnovy získal ústav dům zpátky, jeho prostory však již nepostačovaly, a proto se r. 1948 přestěhoval do Kramářovy vily na Hradčanech a vzápětí do budovy na Národní třídě 3.

V roce 1954 byl Masarykův ústav v rámci kampaně proti Masarykovi zrušen. Rok 1968 přinesl neúspěšný pokus o obnovu činnosti. 4. ledna 1990 rozhodl prezident Václav Havel, na základě návrhu výboru Masarykovy společnosti, obnovit Ústav T. G. Masaryka. V roce 1995 vznikl vedle nadace Masarykův ústav AV ČR, který převzal správu archivu a knihovnu a jako samostatné pracoviště Akademie věd ČR dal prostor masarykovským bádáním v širších kontextech. Od roku 2006 je Masarykův ústav AV ČR součástí Masarykova ústavu a Archivu AV ČR.