Matematický ústav splupracuje s řadou vysokých škol na zajištění doktorského studia. Pracovníci ústavu vedou doktorské práce a působí v Oborových radách doktorských studijních programů. Doktorandi se účastní práce odborných seminářů v ústavu.
Doktorské studijní programy (DSP) akreditované ve spolupráci s Matematicko-fyzikální fakultou Univerzity Karlovy v Praze:
Doktorské studijní programy (DSP) akreditované ve spolupráci s Pedagogickou fakultou Univerzity Karlovy v Praze:
Doktorské studijní programy (DSP) akreditované ve spolupráci s Fakultou aplikovaných věd Západočeské univerzity v Plzni:
