Ukončení provozu výpočetního klastru Dorje

Klastr Dorje byl zakoupen v listopadu 2008 jako nová výpočetní kapacita pro náročné vědecké výpočty v oblasti fyziky pevných látek. Ve své době byl jedním z nejvýkonnějších superpočítačů v České republice. Jeho teoretický výkon činil 5,1 TeraFlops a reálný naměřený 4,2 TeraFlops.

Jednalo se o vysoce výkonný systém založený na systému SGI Altix ICE 8200, který dodala společnost SILICON GRAPHICS, s.r.o. Původní sestava se skládala ze 64 výpočetních uzlů a ze 3 servisních serverů. Každý výpočetní uzel byl osazen 2 čtyřjádrovými procesory typu Intel Xeon E5420, 2,50 GHz a pamětí o velikosti 8 GB. Celkem bylo pro vědecké výpočty k dispozici 512 výpočetních jader. Výpočetní uzly byly propojeny sítí InfiniBand typu 4x DDR o rychlosti 20 Gbit/s a jako bezdiskové sdílely jeden centrální diskový prostor SGI InfiniteStorage220 o velikosti 6 TB. Během prvních třech let byl klastr ještě rozšířen o 1 TB paměti a o další výkonné datové pole SGI InfiniteStorage5000 s úložným prostorem 14 TB.

Klastr Dorje

Klastr běžel pod operačním systémem SUSE Linux Enterprise Server se softwarovým rozšířením SGI ProPack a SGI Foundation Software. Celý systém se administroval pomocí nástroje SGI Tempo.

Po instalaci a testech byl klastr slavnostně uveden do provozu na jaře roku 2009. Bez větších problémů a téměř nepřetržitě fungoval až do konce září 2014, kdy byl jeho oficiálně podporovaný provoz ukončen. K definitivnímu vypnutí došlo 30. ledna 2015, aby uvolnil místo pro nový klastr.

Účastnící závěrečného semináře si pochutnali na dortu ve tvaru Dorje

Celkem za dobu provozu bylo spuštěno 130 tisíc úloh, což v průměru představuje 22,5 tisíce úloh ročně, tj. okolo 1 900 úloh měsíčně. Propočítalo se přes 15,5 milionu hodin strojového času, tj. 650 tisíc dnů, resp. 1 783 let. Detailní statistiku využití jsme popsali v publikaci [1].

Na klastru Dorje byla řešena celá řada problematik z oblasti fyziky pevných látek, např. hledání nových materiálů pro budoucí aplikace v tzv. spinové elektronice, studium magnetických vlastností uměle připravených tenkých vrstev a nanostruktur, studium galvanomagnetických vlastností magnetických materiálů se složitou mřížkovou strukturou, výzkum elektronové struktury, magnetických a optických vlastností pevných látek, výpočty elektronové a atomární struktury povrchů a atomárních klastrů včetně simulování interakce sondy mikroskopu se studovaným povrchem nebo studium magnetokrystalické anizotropie monovrstev a adsorbovaných atomů na površích ušlechtilých kovů. Výsledky výpočtů byly zveřejněny ve více než sto deseti vědeckých publikacích a byly předneseny na řadě konferencí, workshopů a seminářů.

Jiří Chudoba předal zástupci dodavatele Luboši Kolářovi Pamětní list

Zakoupení klastru bylo financováno Grantovou agenturou Akademie věd České republiky v rámci programu Nanotechnologie pro společnost, projekt “Funkční hybridní nanosystémy polovodičů a kovů s organickými látkami” (KAN400100701), a Grantovou agenturou České republiky, projekt “Nečistoty a defekty v magnetitu” (202/08/0541). Provoz klastru byl podporován z prostředků Fyzikálního ústavu.

Nástupcem klastru Dorje se stal klastr Luna2013, pořízený v prosinci 2013. Nový klastr je integrovaný do prostředí MetaCentra. Skládá se ze 47 výpočetních uzlů typu SuperMicro SuperServer 6017R‑NTF. Každý výpočetní uzel je osazen 2 osmijádrovými procesory Intel Xeon E5‑2650 v2, 2,6 GHz, pamětí o velikosti 96 GB a lokálním diskem o velikosti 800 GB. Výpočetní uzly jsou propojené sítí InfiniBand typu 4x QDR o rychlosti 40 Gbit/s. Celkem je pro vědecké výpočty k dispozici 752 výpočetních jader a 4,5 TB paměti. Teoretický výkon celého klastru činí 15,6 TeraFlops, což představuje trojnásobek výkonu klastru Dorje. Uživatelé využívají klastr Luna2013 od ledna 2014.

Odkazy:
[1] Klastr Dorje: SGI Altix ICE 8200, J. Uhlířová a J. Chudoba (editoři), [online] http://www.fzu.cz/sites/default/files/klastr_Dorje_2008-2014.pdf, ISBN 978-80-905962-0-7 2014