Archeologický ústav AV ČR provádí na žádost primátora od roku 1966 výzkum NKP Vyšehrad. Jedním z klíčových úkolů byl výzkum kostela sv. Petra a Pavla, druhé hlavní baziliky přemyslovského státu. V r.1968 – 91 byl postupně odkryt půdorys ve složitých podmínkách hřbitova. V letech 1981 – 85 proveden výzkum v interiéru. Zjištěny dvě románské etapy stavby, první z doby založení (+- 1070) prvým českým králem Vratislavem II., druhá před rokem 1129. Románská trojlodní bazilika byla dvouchórová o rozměrech cca 53 x 17 m. Baptisterium před západním průčelím svědčí o staré liturgické praxi. V jižní lodi nalezen raně středověký sarkofág. Dále zjištěny dvě gotické etapy (počátek 14. století a po r. 1369). Sakrální komplex největší v předhusitské Praze dosáhl koncem 14.století 110 m. Provedena antropologická analýza (P.Stránská), rozbor osteologický (R.Kyselý) a fyzikální (L.Hrdlička). Cílem projektu je příprava publikace dlouholetého výzkumu.