Prof. Helena Illnerová jako první na světě objevila závislost funkce biologických hodin v mozku savců na délce dne během ročních období. Oddělení, které vedla ve Fyziologickém ústavu AV ČR, je dnes mezinárodně uznávané a významně se podílí na výzkumu mechanismu synchronizace biologických hodin s vnějším prostředím. Studium chronobiologie, tj. nauky o čase v živých organismech, zavedla nejen ve Fyziologickém ústavu, ale i v rámci celé ČR.

Prof. Illnerová byla předsedkyní Akademie věd České republiky (v letech 2001 - 2005), kde zavedla program podpory mladých nadějných vědců. Je stále aktivně činná v organizaci vědy v českých zemích i na mezinárodní úrovni. Za přínos pro vědu a její řízení jí byla udělena řada domácích i zahraničních ocenění. Vždy se zasazovala o předávání radosti z poznání širší společnosti a o povzbuzování zájmu mladých lidí o vědu, vystupuje v médiích a předává své znalosti a zkušenosti formou přednášek pro veřejnost.