Poznání struktury a funkce dědičné informace je klíčem k porozumění podstaty veškerého života. Díky moderním technologiím sekvenování DNA roste počet organismů, u nichž byla dědičná informace přečtena. Sestavené genomové sekvence mají však obvykle daleko k dokonalosti. Optické mapování představuje nástroj, který může přispět k jejich vylepšení, ale své uplatnění nalézá také na poli studia strukturní variability mezi genomy.
Použitá a citovaná literatura:
DAS, S.K., AUSTIN, M.D., AKANA, M.C., DESHPANDE, P., CAO, H., XIAO, M. Single molecule linear analysis of DNA in nano-channel labeled with sequence specific fluorescent probes. Nucleic Acids Research. 2010, vol. 38: e177.
HASTIE, A. R., DONG, L., SMITH, A., FINKLESTEIN, J., LAM, E. T., HUO, N., CAO, H., KWOK, P. Y., DEAL, K. R., DVORAK, J., LUO, M. C., GU, Y., XIAO, M. Rapid genome mapping in nanochannel arrays for highly complete and accurate de novo sequence assembly of the complex Aegilops tauschii genome. PLoS One. 2013, vol. 8: e55864.
LAM, E. T., HASTIE, A., LIN, C., EHRLICH, D., DAS, S. K., AUSTIN, M. D., DESHPANDE, P., CAO, H., NAGARAJAN, N., XIAO, M., KWOK, P. Y. Genome mapping on nanochannel arrays for structural variation analysis and sequence assembly. Nat Biotechnol. 2012, vol. 30, s. 771–776.
SCHWARTZ, D.C., LI, X., HERNANDEZ, L.I., RAMNARAIN, S.P., HUFF, E.J., WANG, Y.K. Ordered restriction maps of Saccharomyces cerevisiae chromosomes constructed by optical mapping. Science 1993, vol. 262, s. 110–114.
ŠTORCHOVÁ, H. Co prozradilo srovnání genomů a transkriptomů bublinatek. Od populační genetiky k populační genomice 1. Živa. 2016, č. 2, s. 61–63.
VRÁNA, J. Knihovna náročného čtenáře – čtení v genomu pšenice. Živa. 2012, č. 4, s. 155–157.
Revealing the genome structure and function is crucial for understanding the nature of life. Despite the fact that modern sequencing technologies allow us to obtain the genome sequence for a growing number of species, the results of sequencing fall far short of perfection. Optical mapping represents a tool which can help to improve the quality of genome sequences. Moreover, it finds its place also in the field of genome structural variation studies.
Fotografie molekul DNA v nanokanálcích. Lze je pozorovat v podobě modrých vláken se zeleně zářícími body vyznačujícími sledovaný sekvenční motiv. Orig. H. Toegelová
