| Archeologický ústav AV ČR, Brno, v. v. i. |
| Archeologický ústav AV ČR, Praha, v. v. i. |
| Archiv AV ČR (od r. 2006 pod Masarykův ústav a Archiv AV ČR, v. v. i.) |
| Astronomický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Biologické centrum AV ČR, v. v. i. |
| Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Botanický ústav AV ČR, v. v. i. |
| CERGE UK |
| Entomologický ústav AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005) |
| Etnologický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Filosofický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Fyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Geofyzikální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Geologický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Historický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Hydrobiologický ústav, AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005) |
| Knihovna AV ČR, v. v. i. |
| Masarykův ústav a Archiv AV ČR, v. v. i. |
| Masarykův ústav AV ČR (od r. 2006 pod Masarykův ústav a Archiv AV ČR, v. v. i.) |
| Matematický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Národohospodářský ústav AV ČR, v. v. i. |
| Orientální ústav AV ČR, v. v. i. |
| Parazitologický ústav AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005) |
| Psychologický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Slovanský ústav AV ČR, v. v. i. |
| Sociologický ústav AV ČR, v. v. i. |
| Společná laboratoř chemie pevných látek AV ČR (UP a AV ČR, od r. 2003 pod UMCH-V) |
| Středisko společných činností AV ČR, v. v. i. |
| Ústav analytické chemie AV ČR, v. v. i. |
| Ústav anorganické chemie AV ČR, v. v. i. |
| Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i. |
| Ústav chemických procesů AV ČR, v. v. i. |
| Ústav dějin umění AV ČR, v. v. i. |
| Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i. |
| Ústav experimentální medicíny AV ČR, v. v. i. |
| Ústav fotoniky a elektroniky AV ČR, v. v. i. |
| Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i. |
| Ústav fyziky atmosféry AV ČR, v. v. i. |
| Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i. |
| Ústav fyziky plazmatu AV ČR, v. v. i. |
| Ústav geoniky AV ČR, v. v. i. |
| Ústav informatiky AV ČR, v. v. i. |
| Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i. |
| Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i. |
| Ústav molekulární biologie rostlin AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005) |
| Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. |
| Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
| Ústav přístrojové techniky AV ČR, v. v. i. |
| Ústav pro českou literaturu AV ČR, v. v. i. |
| Ústav pro elektrotechniku AV ČR (od r. 2006 pod Ústavem pro termomechaniku AV ČR, v. v. i.) |
| Ústav pro hydrodynamiku AV ČR, v. v. i. |
| Ústav pro jazyk český AV ČR, v. v. i. |
| Ústav pro soudobé dějiny AV ČR, v. v. i. |
| Ústav půdní biologie AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005) |
| Ústav státu a práva AV ČR, v. v. i. |
| Ústav struktury a mechaniky hornin AV ČR, v. v. i. |
| Ústav teoretické a aplikované mechaniky AV ČR, v. v. i. |
| Ústav teorie informace a automatizace AV ČR, v. v. i. |
| Ústav termomechaniky AV ČR, v. v. i. |
| Ústav výzkumu globální změny AV ČR, v. v. i. |
| Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i. |
