Ústav
Archeologický ústav AV ČR, Brno, v. v. i.
Archeologický ústav AV ČR, Praha, v. v. i.
Archiv AV ČR (od r. 2006 pod Masarykův ústav a Archiv AV ČR, v. v. i.)
Astronomický ústav AV ČR, v. v. i.
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i.
Botanický ústav AV ČR, v. v. i.
CERGE UK
Entomologický ústav AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005)
Etnologický ústav AV ČR, v. v. i.
Filosofický ústav AV ČR, v. v. i.
Fyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Geofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Geologický ústav AV ČR, v. v. i.
Historický ústav AV ČR, v. v. i.
Hydrobiologický ústav, AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005)
Knihovna AV ČR, v. v. i.
Masarykův ústav a Archiv AV ČR, v. v. i.
Masarykův ústav AV ČR (od r. 2006 pod Masarykův ústav a Archiv AV ČR, v. v. i.)
Matematický ústav AV ČR, v. v. i.
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Národohospodářský ústav AV ČR, v. v. i.
Orientální ústav AV ČR, v. v. i.
Parazitologický ústav AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005)
Psychologický ústav AV ČR, v. v. i.
Slovanský ústav AV ČR, v. v. i.
Sociologický ústav AV ČR, v. v. i.
Společná laboratoř chemie pevných látek AV ČR (UP a AV ČR, od r. 2003 pod UMCH-V)
Středisko společných činností AV ČR, v. v. i.
Ústav analytické chemie AV ČR, v. v. i.
Ústav anorganické chemie AV ČR, v. v. i.
Ústav biologie obratlovců AV ČR, v. v. i.
Ústav chemických procesů AV ČR, v. v. i.
Ústav dějin umění AV ČR, v. v. i.
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v. v. i.
Ústav fotoniky a elektroniky AV ČR, v. v. i.
Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Ústav fyziky atmosféry AV ČR, v. v. i.
Ústav fyziky materiálů AV ČR, v. v. i.
Ústav fyziky plazmatu AV ČR, v. v. i.
Ústav geoniky AV ČR, v. v. i.
Ústav informatiky AV ČR, v. v. i.
Ústav jaderné fyziky AV ČR, v. v. i.
Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i.
Ústav molekulární biologie rostlin AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005)
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Ústav přístrojové techniky AV ČR, v. v. i.
Ústav pro českou literaturu AV ČR, v. v. i.
Ústav pro elektrotechniku AV ČR (od r. 2006 pod Ústavem pro termomechaniku AV ČR, v. v. i.)
Ústav pro hydrodynamiku AV ČR, v. v. i.
Ústav pro jazyk český AV ČR, v. v. i.
Ústav pro soudobé dějiny AV ČR, v. v. i.
Ústav půdní biologie AV ČR, v. v. i. (BC od r. 2005)
Ústav státu a práva AV ČR, v. v. i.
Ústav struktury a mechaniky hornin AV ČR, v. v. i.
Ústav teoretické a aplikované mechaniky AV ČR, v. v. i.
Ústav teorie informace a automatizace AV ČR, v. v. i.
Ústav termomechaniky AV ČR, v. v. i.
Ústav výzkumu globální změny AV ČR, v. v. i.
Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.