• Vedoucí pracoviště 
• Ondrej Horváth 
•  
• ondrej.horvath@img.cas.cz 
•  
•  

O pracovišti

Servisní laboratoř světelné mikroskopie Ústavu molekulární genetiky AVČR (LMCF IMG) je špičkovou vědeckou servisní laboratoří vybavenou širokým spektrem pokročilých mikroskopických technik a přístupů pro zpracování obrazu. LMCF IMG se nachází v hlavní budově ÚMG v biomedicínském kampusu AVČR – Krč. Naprostá většina přístrojového vybavení servisní laboratoře je dostupná na samoobslužné bázi, pouze pro proškolené uživatele. Přístup do servisní laboratoře je přes “Czech-Bioimaging open access” program a to jak pro místní, tak pro externí uživatele.

Dostupné vybavení servisní laboratoře zabírá rozsah od jednoduchých fluorescenčních mikroskopů širokého pole, konfokálních mikroskopů, až po velice pokročilé techniky, jakými jsou light sheet či konfokální spinning disk či superrezoluční dSTORM, SIM a STED. Klademe veliký důraz na školení uživatelů, které začíná vstupním základním školením pro začínající uživatele, kteří mohou postupně získat specializovaná školení pro pokročilé mikroskopy. Nabízíme take osobní pomoc při plánování experimentů v rámci projektů, konzultaci přípravy vzorků, použití mikroskopů a optimalizaci snímání. Navíc jsme schopni poskytnout expertízu zpracování a analýzy obrazu zahrnující korekce chromatické aberace, rutinní dekonvoluce, tracking, obrazovou segmentaci, analýzu foto-kinetických experimentů, matematické modelování a simulace biologických procesů, atd. Náš tým navíc organizuje intenzivní pokročilé kurzy technik světelné mikroskopie i postupů zpracování a analýzy obrazu.

LMCF IMG je součástí Národní infrastruktury pro biologické a medicínské zobrazování – Czech-Bioimaging. Společně se zobrazovacími servisními pracovišti Fyziologického ústavu AVČR, Karlovy university (BioCev) a Ústavu experimentální botaniky AVČR tvoříme Pražský uzel infrastruktury Czech-Bioimaging. Tento uzel byl navržen jako jeden ze dvou českých uzlů existující pan-evropské zobrazovací infrastruktury EuroBioimaging.

Dostupné technologie:

• Mikroskopie v průchozím světle (TL)
• Kvantitativní fázové zobrazování (QPI)
• Fluorescenční mikroskopie v širokém poli (WF)
• Laserová skenovací fluorescenční mikroskopie (LSCM)
• Konfokální mikroskopie na bázi rotujícího Petráňova/Nipkowova disku
• Fluorescenční mikroskopie s totálním vnitřním odrazem (TIRF)
• Mikroskopie využívající stimulované deplece emise (STED)
• Mikroskopie využívající strukturované osvětlení (SIM)
• Lokalizační mikroskopie (STORM)
• Lokalizační mikroskopie využívající foto-aktivaci (PALM)
• Obnova fluorescence po foto-vybělení (FRAP)
• Försterův rezonanční přenos energie (FRET)
• Mikroskopie selektivního osvětlení snímané roviny (SPIM)

Dostupné nástroje pro zpracování a analýzu obrazu:

• Huygens Pro
• HRM – Huygens Core
• MetaMorph
• Fiji – ImageJ
• Helicon
• MatLab
• SoftWorx
• Imaris
• Arivis
• ZEN