Oddělení pro studium antického a středověkého myšlení rozvíjí výzkum ve filozofii, logice a teologii v období od předsokratiků po raně novověkou scholastiku, a to z řady metodologických hledisek v rozsahu od studia dějin idejí po systematické komparativní studie v analytické tradici. Vědecký tým oddělení se zaměřuje na excelentní výzkum zapojený do mezinárodního bádání, ale také na službu národní kultuře a vzdělanosti prostřednictvím překladů a vystoupení určených širší veřejnosti. Oddělení se člení na několik badatelských skupin:
Badatelská skupina pro studium antické filosofie
Členové skupiny se na jedné straně věnují svým (1) individuálním badatelským projektům (viz medailonky jednotlivých členů), na druhé straně se podílejí na řadě (2) společných aktivit, jejichž cílem je vytvoření (a) badatelského prostředí umožňujícího setkávání a diskuzi široké skupiny odborníků na antickou filosofii v rámci ČR a (b) rozpracování témat, která se nacházejí na průsečících jejich individuálních projektů, ve spolupráci se zahraničními badateli.
TRANSED se zaměřuje na vytváření kritických edic a českých překladů dosud nevydaných a nepřeložených středověkých filosofických a teologických textů náležících k třem úzce spojeným oblastem středověkého myšlení. Jsou jimi:
1) středověký aristotelismus
2) filosofická a teologická tradice českých zemí ve středověku, zejména na pražské univerzitě
3) scholastická teologie
Badatelská skupina pro studium pozdní scholastiky
Skupina se zaměřuje na výzkum raně novověké scholastiky, přibližně mezi lety 1500 a 1700. Badatelská práce je svou povahou zčásti historická, zčásti systematická a komparativní: badatelé rozvíjejí dialog mezi scholastikou a současnými problémy v analytické filozofii (logice, filozofii náboženství, filozofii jazyka, filozofii mysli, metafyzice, etice aj.) v duchu anglo-amerického přístupu ke scholastice. Práce skupiny se soustřeďuje ve Společné výzkumné skupině pro studium post-středověké scholastiky, jejímž prostřednictvím Oddělení (a badatelská skupina) formálně spolupracuje s Teologickou fakultou Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích (od r. 2008).
Collegium Europaeum je společným vědeckým pracovištěm FF UK a Filosofického ústavu AV ČR, které bylo založeno roku 2008 za účelem akumulace badatelského potenciálu k pokročilému výzkumu v oblasti evropských studií. Zaměřuje se na interdisciplinární bádání a kritickou reflexi evropské kulturní a politické identity. Prostřednictvím historického, filosofického a sociálně-vědního zkoumání (od středověku po současnost) se zabývá fenoménem Evropy a jejích specifických kulturně-historických, náboženských a politických tradic v českém a středoevropském kontextu.
