Současné Oddělení pro komeniologii a intelektuální dějiny raného novověku Filosofického ústavu AV ČR, v. v. i., vychází ve své činnosti především z výsledků několika etap působení původně pouze ediční skupiny na různých akademických pracovištích, navazuje však také na práci komeniologického oddělení, jež tvořilo kdysi základ Kabinetu pedagogických věd a posléze Pedagogického ústavu J. A. Komenského ČSAV.

Záměr zřídit v Akademii věd tým pro vydávání díla J. A. Komenského vznikl v souvislosti s blížícím se 300. výročím vydání souboru Opera didactica omnia (Veškeré didaktické spisy - vydány 1657 v Amsterodamu). Původní návrh předpokládal, že nově vzniklý tým naváže na přerušené vydávání Veškerých spisů J. A. Komenského (8 svazků, Brno 1910–1929, r. 1938 vyšla upravená reedice sv. 4). Tehdejší vláda ČSR však nakonec r. 1956 rozhodla vydat celé dílo Komenského v původních jazycích s českým překladem. K zajištění tohoto záměru byla nejprve zřízena vládní komise v čele s akad. Z. Nejedlým. Prezídium tehdejší ČSAV pak ustavilo v r. 1958 redakční radu v čele s předsedou prof. Jaromírem Běličem a vědeckým tajemníkem prof. Antonínem Škarkou, složenou z čelných československých komeniologů a představitelů oborů, do nichž dílo J. A. Komenského zasahuje. Na návrh této redakční rady zřídila Akademie věd Sekretariát redakční rady pro vydání Díla J. A. Komenského, přičleněný hospodářsko-administrativně k Ústavu pro jazyk český ČSAV. Toto malé pracoviště se v součinnosti s redakční radou zasloužilo o úspěšné zvládnutí přípravných prací, jež bylo nezbytné provést před zahájením vlastního vydávání, a stalo se základem Kabinetu pro vydání Díla J.A. Komenského ČSAV, ustaveného k 1. 1. 1969 (byl rovněž volně přičleněn k Ústavu pro jazyk český). Tou dobou již byly připraveny k vydání první svazky kritické edice J. A. Comenii Opera omnia - Dílo J. A. Komenského. Zkušenosti získané při jejich přípravě vedly k úpravám původního záměru: především bylo upuštěno od překladů jinojazyčných spisů do češtiny; kromě úspor v rozsahu edice vedlo k tomuto kroku patrně i rozhodnutí vydat v českém jazyce poměrně rozsáhlé Vybrané spisy J. A. Komenského, jejichž vydání se připravovalo v komeniologickém oddělení Pedagogického ústavu J. A. Komenského ČSAV (8 svazků se samostatným rejstříkem, Praha SPN 1958-1978).

V Kabinetu pro vydání Díla J. A. Komenského se soustředily všechny práce redakční a do značné míry i celá vědecká příprava edice, když sem začali být vedle zakladatelských osobností J. Běliče, A. Škarky, dalšího bohemisty (a germanisty) Stanislava Králíka a klasické filoložky Julie Novákové přijímáni a zaškolováni i mladší pracovníci. Nadějně se rozvíjejícímu pracovišti však nebylo dopřáno dlouhého trvání. V důsledku personálních změn, v  něž vyústily „normalizační" politické prověrky roku 1970, byla ukončena samostatná existence Kabinetu a jeho pracovníci (s výjimkou svého externího vedoucího prof. J. Běliče) byli převedeni do Pedagogického ústavu J. A. Komenského ČSAV, kde byli začleněni do oddělení pro komeniologii a dějiny školy a pedagogiky. Zde sice vyvolávalo jisté rozpaky přísně filologické zaměření ediční (a v určité míře i interpretační) práce, nicméně se i přesto podařilo udržet v další práci trend nastoupený v době působení při Ústavu pro jazyk český a postupně pro něj získat v novém prostředí i určitý respekt.
V Pedagogickém ústavu J. A. Komenského prošla skupina řadou personálních změn, jež znamenaly střídavě přínos i ztráty, byla tu připravena a vydána řada dalších svazků edice, dařilo se v rámci možností i účelně budovat příruční knihovnu a tuzemské i zahraniční styky s institucemi, jež se ve své činnosti zabývají i některými oblastmi komeniologických studií. Zde se také v průběhu 80. let rozhodovalo o aktivitách, jimiž se Akademie věd hodlala zapojit do oslav 400. výročí narození J. A. Komenského v r. 1992. V této souvislosti se zrodil záměr přeložit do češtiny kompletní Obecnou poradu o nápravě věcí lidských (De rerum humanarum emendatione consultatio catholica); ke vzniku tohoto vůbec prvního kompletního překladu Obecné porady do národního jazyka významnou měrou přispěli i členové současného komeniologického oddělení, neboť vedle podílu na překládání zajistili především redakci celého překladu i komentářů.
Ke dni 1. 5. 1990 byla větší část komeniologického oddělení delimitována z Pedagogického ústavu J. A. Komenského ČSAV do Filosofického ústavu ČSAV v Praze (od 31. 12. 1992 AV ČR), kde dnes tvoří Oddělení pro komeniologii a intelektuální dějiny raného novověku (dříve Oddělení pro edici a studium díla J. A. Komenského); jádro převedeného kolektivu pocházelo z ediční skupiny. Celá tato skupina pak byla součástí kolektivu, jemuž byla v r. 1991 udělena cena ČSAV za výsledky komeniologického bádání.

Hlavním úkolem zůstala i v rámci nového pracoviště příprava kritického vydání Dílo J. A. Komenského, vedle toho převzala skupina též podíl na vydávání mezinárodní komeniologické revue Acta Comeniana (po zrušení Pedagogického ústavu J. A. Komenského zůstala celá příprava vydání i redakce revue plně na komeniologickém oddělení Filosofického ústavu AV ČR). S plnou podporou nového mateřského pracoviště i vedení Akademie prošla skupina úspěšně jubilejním rokem 1992, kdy se její členové zúčastnili řady domácích i zahraničních konferencí, konaných k 400. výročí narození J. A. Komenského, spolupracovali na přípravě stálých expozic i výstav v muzeích a knihovnách a vykonali mnoho další odborné i organizační práce. Jako všichni ostatní členové kolektivu překladatelů Obecné porady do češtiny byli i členové skupiny oceněni vládní jubilejní medailí Komenského, tento překlad však získal kromě toho také výroční prémii Obce překladatelů.

Přestože v následujících letech se oddělení nevyhnulo dalším personálním změnám, způsobeným hlavně odchodem některých členů na jiná pracoviště, a přestože ne všechny tyto odchody bylo možno vzhledem k úsporným opatřením v celé Akademii kompenzovat přijetím nových pracovníků, lze o období po jubilejním roce 1992 hovořit jako o době určité stabilizace skupiny, ale také o rozšíření její výzkumné i ediční tematiky dále za hranice dané dílem Jana Amose Komenského na široce pojaté intelektuální dějiny raného novověku, jež zahrnují témata z dějin filosofie, vědění, literatury a jazyka. Podrobněji o stávajících projektech a vědeckém profilu oddělení viz vědecké zaměření a granty a projekty.