Pšenice je pro lidstvo důležitou plodinou. Přes tento význam jsou naše znalosti o jejím genomu neúplné. Důvodem jsou zejména velikost genomu, hexaploidní status a velké množství repetitivních sekvencí. Jednou z možností, jak zjednodušit analýzu pšeničného genomu, je izolovat jednotlivé typy chromozomů, které představují pouze několik procent celého jaderného genomu. Výhodou této strategie je minimalizace problémů souvisejících s polyploidním genomem pšenice a v neposlední řadě rozdělení práce a nákladů mezi laboratoře v rámci mezinárodní spolupráce.
The genome of Bread wheat is still poorly understood, mainly due to its enormous size, hexaploid status and abundant repetitive sequences. Chromosome genomics simplifies the task by targeting single chromosomes and their arms. Advantages of this strategy over a whole-genome approach include the avoidance of problems due to the presence of homoeologs, reduction of work to manageable portions, cost efficiency and an opportunity for collaboration.
-
Pšenice setá (Triticum aestivum) je celosvětově jednou z nejdůležitějších plodin, avšak její produkce se zvyšuje pomaleji než spotřeba. Znalost sekvence jejího velkého a složitého genomu by umožnila rychleji a efektivněji šlechtit nové odrůdy – s vyšší odolností i výnosem. Foto J. Vrána
-
Zjednodušené schéma průtokového cytometru. Mikroskopické částice procházejí jedna za druhou světelným paprskem, detektory poté vyhodnotí jejich optické vlastnosti. Třídění částic je umožněno nabitím tvořících se kapek elektrickým nábojem a následným vychýlením v elektrostatickém poli. Moderní přístroje dokáží třídit až 6 různých populací částic současně při rychlostech až desítek tisíc částic za sekundu. Orig. J. Doležel
-
Histogram distribuce relativního obsahu DNA (flow karyotyp, uprostřed) a karyotyp pšenice seté. Chromozomy z jednotlivých vrcholů byly vytříděny a poté identifikovány v mikroskopu metodou fluorescenční hybridizace in situ (FISH) s fluorescenčně značenými sondami pro krátké repetitivní sekvence GAA (zeleně značené) a Afa (červeně značené). Největší chromozom (3B) vytváří samostatný vrchol a lze ho získat ve vysoké čistotě. Ostatní chromozomy tvoří tři vrcholy, z nichž každý obsahuje několik chromozomů o podobné velikosti. Orig. J. Vrána a M. Kubaláková
-
Příklad linie pšenice, u níž chybí krátké rameno chromozomu 6A. Díky tomu je na histogramu vlevo dobře oddělený vrchol odpovídající dlouhému rameni chromozomu 6A (6AL), které je znatelně kratší než ostatní chromozomy. Orig. J. Vrána a M. Kubaláková
-
Restrikční profil (tzv. fingerprint) jednoho klonu BAC (vložený fragment DNA v umělém klonovacím vektoru – bakteriálním chromozomu). Fragmenty byly získány rozštěpením DNA klonu pomocí směsi restrikčních enzymů, obarveny fluorescenčními značkami a analyzovány kapilární elektroforézou. Orig. J. Vrána