Veškerá publikační činnost pracovníků MÚA je evidována v databázi ASEP:
MÚA AV ČR (od r. 2006), Archiv AV ČR (do r. 2005), Masarykův ústav AV ČR (do r . 2005).
Studie o rukopisech – Monographia
V ediční řadě Studie o rukopisech – Monographia jsou vydávány monografické a souborné práce z oboru kodikologie.
Dosud vyšly tyto svazky:
I. • Marie Tošnerová a kol., Průvodce po rukopisných fondech v České republice. Díl I. Rukopisné fondy zámeckých, hradních a palácových knihoven
II. • Marie Tošnerová a kol., Průvodce po rukopisných fondech v České republice. Díl II. Rukopisné fondy archivů v České republice
III. • František Hoffmann, Soupis rukopisů knihovny Kláštera premonstrátů Teplá
IV. • Irena Zachová – Stanislav Petr, Soupis sbírky rukopisů Antonína Bedřicha Mitrovského v Archivu města Brna
V. • Pavel Brodský, Katalog iluminovaných rukopisů Knihovny Národního muzea v Praze
VI. • František Hoffmann, Soupis rukopisů Státního okresního archivu v Jihlavě
VII. • Marie Tošnerová a kol., Průvodce po rukopisných fondech v České republice. Díl III. Rukopisné fondy muzeí a galerií v České republice
VIII. • Jiří Kejř, Summae confessorum a jiná díla pro foro interno v rukopisech českých a moravských knihoven
IX. • Pavel Brodský, Iluminované rukopisy českého původu v polských sbírkách
X. • Marie Tošnerová a kol., Průvodce po rukopisných fondech v České republice. Díl IV. Rukopisné fondy centrálních a církevních knihoven v České republice
XI. • Jiří Pražák, Výbor kodikologických a paleografických rozprav a studií
XII. • Stanislav Petr, Soupis sbírky rukopisů knihovny při farním kostele svatého Jakuba v Brně
XIII. • Pavel Brodský – Jan Pařez, Katalog iluminovaných rukopisů Strahovské knihovny
XIV. • Irena Zachová – Stanislav Petr – Anna Kernbach-Smékalová, Soupis sbírky rukopisů bývalého Františkova muzea v Brně
XV. • Marie Tošnerová, Kroniky českých měst z předbělohorského období
XVI. • František Hoffmann, Výbor kodikologických rozprav a studií
XVII. • Marie Tošnerová a kol., Guide to Manuscript Collections in the Czech Republic
XVIII. • Jiří Kejř, Výbor rozprav a studií z kodikologie a právních dějin
XIX. • Marta Hradilová, K dějinám knihovny minoritů v Českém Krumlově
XX. • Stanislav Petr, Soupis rukopisných bohemik ve vatikánské knihovně Palatina
XXI. • Pavel Brodský – Martina Šumová, Iluminované rukopisy v archivech na území Čech