Veškerá publikační činnost pracovníků MÚA je evidována v databázi ASEP:
MÚA AV ČR (od r. 2006), Archiv AV ČR (do r. 2005), Masarykův ústav AV ČR (do r . 2005).

České moderní dějiny

Ediční řada České moderní dějiny, vydávaná ve spolupráci nakladatatelství Academia a Masarykova ústavu a Archivu AV ČR, se zaměřuje na dosud neprobádané aspekty sociálních a kulturních dějin českých zemí od poloviny 19. století do šedesátých let 20. století ve srovnávací středoevropské perspektivě.

V edici České moderní dějiny dosud vyšlo:

Zdeněk Nebřenský, Marx, Engels, Beatles. Myšlenkový svět polských a československých vysokoškoláků, 1956–1968
Tomáš W. Pavlíček, Výchova kněží v Čechách a jejich role v náboženské kultuře (1848–1914)
Martin Klečacký, Český ministr ve Vídni. Ve službách císaře, národa a politické strany
Dagmar Hájková – Pavel Horák – Vojtěch Kessler – Miroslav Michela (eds.), Sláva republice! Oficiální svátky a oslavy v meziválečném Československu
Ota Konrád – Rudolf Kučera, Cesty z apokalypsy. Fyzické násilí v pádu a obnově střední Evropy 1914–1922
Richard Vašek, „Račte to podepsat libovolnou šifrou.“ Prezident Masaryk jako anonymní publicista (1918–1935)
Tomáš W. Pavlíček – Miroslav Kunštát – Lukáš Fasora a kol., Papežství a fenomén ultramontanismu v českých zemích
Daniela Brádlerová, Vojáci nebo podnikatelé? Ekonomické a finanční aktivity československých legií během jejich anabáze v Rusku a na Sibiři