Program Ph.D. studia ve FGÚ se vztahuje na studenty, zapsané k postgraduálnímu studiu na některé z vysokých škol ČR, jejichž školitelem (případně školitelem-specialistou) je zaměstnanec FGÚ a kteří alespoň část své vědecké práce v rámci studia uskutečňují v prostorách FGÚ.

• Den otevřených dveří pro zájemce o Ph.D. studium

• Úvodní kurz fyziologických metod pro nastupující Ph.D. studenty

• Advancement Report - seminář, kde studenti v průběhu 3. ročníku připravují prezentaci o dosud dosažených výsledcích a konečných cílech své disertační práce

• Burešovy přednášky - přednášky význačných vědců z celého světa se zaměřením příbuzným vědecké problematice FGÚ včetně možnosti besedy s pozvaným vědcem

• Výjezdní zasedání všech Ph.D. studentů

• Kurz angličtiny 

• Interní obhajoba disertační práce před jejím odevzdáním příslušné Oborové komisi

• Prvoautorské minireview ve Physiological Research, dle podmínek definovaných časopisem (Instrukce pro autory PR reviews)