Akademie věd ČR navyšuje počty testů na přítomnost koronaviru
06. 04. 2020
V laboratořích Akademie věd výzkumníci dosud zpracovali zhruba 2000 testů na onemocnění COVID-19. Kapacita se nyní navyšuje spolu se zapojením centra BIOCEV, kde začínají testovat 300 vzorků denně. Zvednout počty analyzovaných vzorků na tisíce pak umožní nově vyvinutá metoda vědci z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR.
„Jsem skutečně hrdá na své kolegy vědce, techniky, laboranty, kteří se bez ohledu na čas a s velkým nasazením vrhli do vývoje a ověřování nových testovacích postupů. Vzhledem ke kritickému nedostatku některých komponent na testování tak budeme schopni skutečně využít robotické zpracování vzorků na ústavech Akademie věd, což není úplně jednoduchá věc, a proto chvíli trvá. Testovací kapacitu postupně navyšujeme, nyní jsme otestovali zhruba dva tisíce vzorků a počty testů budou narůstat,“ říká předsedkyně Akademie věd ČR Eva Zažímalová.
Do Biotechnologického a biomedicínského centra Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy BIOCEV míří vzorky z pražských nemocnic i domovů s pečovatelskou službou. Denně, včetně víkendů, tady pracují čtyři týmy. Testovací služby BIOCEV nabízí i dalším institucím.
Tým vědců z centra BIOCEV, ve spolupráci s Katolickou univerzitou v belgické Lovani, Národní referenční laboratoří pro chřipku Státního zdravotního ústavu a Ústavem hematologie a krevní transfuze, rychle zavedl metody umožňující spolehlivou detekci viru SARS-CoV-2.
„Zjišťování přítomnosti viru zahrnuje dvě fáze. Z pacientských vzorků nejprve získáváme genetickou informaci viru, nukleovou kyselinu – RNA. Dalším krokem je hledání a namnožení určitých sekvencí genomu viru, které jsou specifické pouze pro SARS-CoV-2 a nenachází se v jiných virech či v lidském organismu. Pomocí této metody jsme schopni tyto sekvence zachytit,“ vysvětluje Ruth Tachezy, hlavní koordinátorka testování v BIOCEV.
Do velkokapacitního testování v centru BIOCEV se přihlásilo přes sto dobrovolníků z řad zaměstnanců. Pomáhají s infekčním i neinfekčním materiálem, izolací a manipulací s RNA, metodou PCR, administrativou a logistikou. Na testování se podílejí především virologické laboratoře a výzkumné infrastruktury 1. lékařské fakulty UK a Přírodovědecké fakulty UK, Biotechnologického ústavu AV ČR a Ústavu molekulární genetiky AV ČR.
Ověřování nové metodiky
Vědci v BIOCEV také ověřují postupy detekce, které nebudou závislé na dodávkách komerčních diagnostik a které vyvíjí Ústav organické chemie a biochemie AV ČR spolu s dalšími týmy.
Výzkumníci ze skupiny Jana Konvalinky na Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR, v rozsáhlé spolupráci s vědci z Regionálního centra pokročilých technologií a materiálů, Ústavu makromolekulární chemie AV ČR, Vysoké školy chemicko-technologické, Ústavu molekulární genetiky AV ČR, Ústavu experimentální botaniky AV ČR, BIOCEV, CEITEC a s klinickými laboratořemi FN Motol, FN Bulovka, Státního zdravotního ústavu a dalšími vyvíjejí alternativní kity pro izolaci virové RNA, které by umožnily zajištění a rozšíření diagnostiky onemocnění COVID-19 v situaci, kdy komerční kity nejsou a v nejbližší budoucnosti ani nebudou dostupné.
Vývoj nových kitů pro izolaci virové RNA v Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR
Tým vedený Pavlem Šáchou, spolu s Františkem Sedlákem, Robinem Kryštůfkem a dalšími již optimalizuje metodu izolace RNA viru SARS-CoV-2 ze vzorků odebraných pacientům založenou na použití magnetických kuliček z laboratoře Radka Zbořila z Regionálního centra pokročilých technologií a materiálů.
Metodu vědci nyní ověřují ve spolupráci s klinickými laboratořemi a první výsledky ukazují, že funguje srovnatelně s existujícími komerčními produkty. Výzkumníci nyní připravují sety pro řádově tisíce použití a postupně je distribuují na vyzkoušení do nemocnic a laboratoří, které je nejvíce postrádají.
Tým ve vývoji pokračuje a pracuje na automatizaci použití, která je předpokladem pro další masivní rozšíření testování.
Laboratoře Biologického centra AV ČR začaly testovat vzorky z jihočeských nemocnic v ostrém provozu již 23. března 2020 a provádějí okolo stovky diagnostických testů denně. Z Českých Budějovic také vyšla iniciativy propojit diagnostické laboratoře, které testují vzorky na přítomnost koronaviru, a to prostřednictvím webového portálu Laboratoře proti koronaviru. Cílem je mimo jiné propojit laboratoře s dobrovolníky – vysokoškolskými studenty biologických oborů či výzkumníky, kteří nabízejí pomoc v boji proti pandemii covid-19.
Povolení testovat RNA na přítomnost SARS-CoV-2 získal 5. dubna 2020 také Biofyzikální ústav AV ČR. Nyní je v jednání spolupráce s klinickými pracovišti. Testuje se rovněž v Centru ALGATECH, třeboňském pracoviště Mikrobiologického ústavu AV ČR.
Všechny další aktuality uvádíme v přehledovém článku na našem webu.
Připravila: Radka Římanová, Divize vnějších vztahů SSČ AV ČR, ve spolupráci s Janem Martinkem, Kancelář AV ČR, Petrem Solilem, BIOCEV, a Dušanem Brinzanikem, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR
Foto: Shutterstock; Tomáš Belloň, Ústav organické chemie a biochemie AV ČR
Přečtěte si také
- PŘEHLEDNĚ: Jak Akademie věd ČR pomáhá v boji proti koronavirové nákaze
- Portál Laboratoře proti koronaviru pomůže v boji proti pandemii covid-19
- PODCAST: Houby zabíjejí i zachraňují životy
- Vznikla Česká mikrobiomová společnost, cílí na vztah mikrobioty a zdraví
- Vědci využívají řasy k recyklaci vzácných kovů
- Nové mikroskopické centrum pomůže v boji proti nemocem
- Vědci po 50 letech objasnili funkci molekul v RNA
- Ze zkumavky na pole: botanici diskutovali se šlechtiteli o nových metodách
- Bakterie dokážou ve svých buňkách torpédovat překážky v přepisu DNA
- Vědci vyvinuli geneticky modifikované slepice. Odolávají retrovirům
Biologie a lékařské vědy
Vědecká pracoviště
- Biofyzikální ústav AV ČR
Biotechnologický ústav AV ČR
Fyziologický ústav AV ČR
Mikrobiologický ústav AV ČR
Ústav experimentální botaniky AV ČR
Ústav experimentální medicíny AV ČR
Ústav molekulární genetiky AV ČR
Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR
Cílem výzkumu je poznávání procesů v živých organismech, a to na úrovni molekul, buněk i organismů. Biofyzikální výzkum se zabývá studiem vztahu DNA – protein a vlivu faktorů životního prostředí na organismy. V oblasti molekulární genetiky a buněčné biologie jsou studovány zejména signální cesty pro spouštění reakcí a odezvy cílových genů na tyto signály; zvláštní pozornost je věnována studiu buněčných mechanismů imunitních odpovědí. Sledovány jsou rovněž genomy mikroorganismů a procesy směřující k moderním technologiím přípravy látek s definovanými biologickými účinky. V oblasti fyziologie a patofyziologie savců a člověka je výzkum zaměřen na kardiovaskulární fyziologii, neurovědy, fyziologii reprodukce a embryologii s cílem vytvořit teoretické základy preventivní medicíny. V oblasti experimentální botaniky se výzkum věnuje genetice, fyziologii a patofyziologii rostlin a moderní rostlinné biotechnologii. Sekce zahrnuje 8 vědeckých ústavů s přibližně 1930 zaměstnanci, z nichž je asi 690 vědeckých pracovníků s vysokoškolským vzděláním.