Oddělení ionosféry a aeronomie zkoumá ionosféru, střední a horní atmosféru. Hlavní témata výzku jsou:
- fyzika ionosféry
- globální změny v horní atmosféře a ionosféře
- stratosféra: ozón a dynamika
- infrazvuková měření
- atmosferická elektřina a globální elektrický obvod
Oddělení spravuje dvě observatoře
Observatoř Panská Ves | Observatoř Průhonice | |