Ústav vydává od roku 1993 recenzovaný odborný časopis Soudobé dějiny zaměřený na témata dějin 20. století v širokém mezinárodním záběru s důrazem na primární historický výzkum. S nečetnými výjimkami překladových zahraničních statí přináší výhradně původní autorské příspěvky. Od roku 2013 vydává ústav i anglickou mutaci časopisu Czech Journal of Contemporary History, jejímž cílem je naopak důležité studie, eseje, zprávy a recenze zprostředkovat mezinárodní obci a přispívat k akademické diskusi na mezinárodní úrovni.
