1. ledna 1962 byl založen Ústav experimentální botaniky ČSAV. Jeho převážná část se nacházela v budově na Flemingově náměstí 2 (tehdy Na cvičišti) v Praze 6. Tento objekt byl od prvních let existence  ĆSAV sídlem Biologického ústavu (ředitel profesor Ivan Málek). Dvě organizační jednotky Biologického ústavu: Oddělení fytopatologie (vedoucí prof. Ctibor Blattný) a Oddělení fyziologie a genetiky rostlin (vedoucí doc. Rudolf Řetovský) byly páteří zakládaného ústavu. Ředitelem se stal profesor Ctibor Blattný.

Součástí ústavu bylo i mimo hlavní budovu v Praze sídlící Oddělení radiobiologie vzniklé převedením Centrální laboratoře pro využití izotopů v zemědělství, Oddělení půdní ekologie, Biotechnologické oddělení a Sbírka autotrofních organismů a pracoviště Anatomického atlasu kulturních rostlin (obojí lokalizované na Přírodovědecké fakultě UK v Praze). Jediným mimopražským pracovištěm bylo zpočátku Oddělení pro studium životních dějů filmem na Vysoké škole zemědělské a lesnické v Brně (nyní Mendelova zemědělské a lesnická univerzita).

V experimentální činnosti ústavu se od počátku založení výrazně prosadily obory fytopatologie, rostlinná fyziologie a genetika, cytologie. V prvním případě šlo o soustředění na virologii kulturních rostlin, kterou reprezentovala metodicky vyspělá skupina pracovníků soustředěných již v dřívějším období profesorem Blattným. Hlavními tématy rostlinných fyziologů byla fotosyntéza a vodní režim, ontogeneze bylin s akcenty na přechod rostlin do reprodukční fáze, explantáty a jejich biotechnologické využití a studium biosyntézy a funkce fytohormonů, zejména auxinu. Genetická studia zahrnovala změny indukované ionizačním zářením a chemickými látkami, reparaci DNA vyšších rostlin, serologickou a imunologickou analýzu bílkovin v semenech plodin s cílem využití v systematice, studium růstu pylových láček, zavedení jejich kultury a opylení in vitro, počátky šlechtění odrůd jabloní rezistentních k patogenům. Autonomním směrem byla cytologie, bádání s akcenty na strukturu a funkci mitochondrií a endomembránového systému. Od počátku založení tak charakterizovala ústav široká oborová základna.

Formování ústavu v šedesátých a sedmdesátých letech minulého století probíhalo v období studené války. Ta  přinesla politické limity pro navázání styků s badatelskými centry vyspělých států, omezovala možnosti bezprostředního získání metodické know-how a činila obtížně dostupné publikování vlastních výsledků na mezinárodní scéně. Jako kompenzaci této situace ÚEB investoval do pořádání mezinárodních tématických sympozií na domácí půdě, ve vlastní režii založil dva mezinárodní  vědecké časopisy (Biologia  Plantarum 1957, Photosynthetica 1967) a vydával metodické monografie i literární rešerše pro vybrané oblasti fotosyntézy a vodního režimu. V tomto období poskytoval ÚEB širokou teoretickou a metodickou základnu studiu a využití explantátů nejen v domácím prostředí, ale i ve státech RVHP, udával tón v domácí rostlinné virologii s využitím molekulárních technik, prioritní byla zjištění genetiků prokazující existenci reparačních mechanismů DNA u vyšších rostlin a jejich schopnost metabolizovat některé látky (např. nitrosaminy) na mutagenní produkt.

Během osmdesátých let  zůstalo v podstatě zachováno multioborové zaměření ústavu i jeho věcná náplň. Generační směna badatelských osobností v některých odděleních (fytopatologie) přinesla i koncepční změny (např. v oddělení fytopatologie od virologie k metabolickým projevům patologických stavů, k obranným reakcím při napadení patogeny). Výrazněji se v činnosti ústavu projevila již dříve založená olomoucká organizační složka se zaměřením na explantáty a jejich genetickou stabilitu, cytogenetickou problematiku. Integrita ústavu byla  narušena budováním akademického centra ČSAV v Českých Budějovicích, kam začalo koncem sedmdesátých let i vymísťování ústavu.

Sametová revoluce zasáhla do dějin ÚEB usnesením presidia ČSAV z ledna 1990, kterým se rehabilituje jeho dosud existující pražská část a v Budějovicích se nacházející složky ústavu získaly nový statut jako Ústav molekulární biologie rostlin. Tradiční oborová skladba ústavu zůstala v podstatě zachována  v pražské části. Připomeňme, že významnou úlohu  v přeměně ČSAV v moderní demokratickou instituci (od roku 1992 Akademie věd České Republiky) sehrál doktor Jiří Velemínský, který byl do roku 1998 ředitelem ústavu a podílel se na vykročení ústavu do věku molekulární biologie.

V dalších letech (1999-2007) byla ředitelkou prof. Ivana Macháčková.

V letech 2007-2012 byla ředitelkou ÚEB prof. Eva Zažímalová, současná předsedkyně AV ČR.

V současné době je ředitelem RNDr. Martin Vágner, CSc., vedoucí Laboratoře biologicky aktivních látek, který od 1.6.2017 vstupuje do druhého fukčního období.

Po seznámení s historickými základy Ústavu experimentální botaniky uveďme ve zkratce jeho současnou podobu. Nachází se v Praze a Olomouci. Jeho největší část je soustředěna v akademickém areálu Lysolaje, kde byla v roce 2012 dokončena stavba nové budovy pro zbývající dislokovaná pražská pracoviště. V Praze působí dvanáct laboratoří, které zkoumají hormonální regulace a přenos signálů u rostlin na úrovni, orgánu, buňky nebo genomu, fyziologii stresu a odezvu na napadení patogeny, biotechnologie. Olomoucká část ústavu se počátkem roku 2013 rovněž přestěhovala - do nových budov postavených v rámci Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace. V Olomouci sídlí pouze dvě laboratoře ústavu, představující však významný experimentální potenciál ústavu. Zabývají se různými aspekty růstových regulátorů, mimo jiné i jejich farmaceutickým a kosmetickým využitím a dále strukturální a funkční genomikou rostlin, soustředěnou na obiloviny.

Těžištěm zaměření ústavu je základní výzkum. V ústavu úspěšně pěstovaná problematika šlechtění jabloní je pak příkladným propojením základního výzkumu s reálným aplikovaným výstupem. V ústavu pracuje přibližně 200 zaměstnanců (přepočtený stav). Vědečtí pracovníci řeší četné mezinárodní projekty a pravidelně publikují v excelentních odborných časopisech, jako je Nature nebo Science.

V roce 2012 Ústav experimentální botaniky oslavil 50 let své existence. Stručný průřez historií a nástin současného zaměření Ústavu byl otištěn jako příloha Akademického buletinu 2/2013.

Podrobnější informace o stavu aktuálního výzkumu na ÚEB najdete v jednotlivých rubrikách na webových stránkách Ústavu.