Servisní oddělení zajišťuje metabolomickou analýzu polárních metabolitů, lipidů a sloučenin exposomu v biologických materiálech metodami kapalinové chromatografie ve spojení s hmotnostní spektrometrií (LC–MS).

V rámci projektů využívíme LC–MS postup LIMeX (LIpids, Metabolites and eXposome compounds) pro souběžnou extrakci komplexních lipidů, polárních metabolitů a sloučenin exposomu, která kombinuje cílenou a necílenou LC–MS analýzu. Ve studiích zaměřených na lidské kohorty reportujeme obvykle přes 500 komplexních lipidů, 100 polárních metabolitů a desítky sloučenin exposomu (zejména složek potravin a farmaceutických léčiv).

Cílená analýza je k dispozici pro specifické nízkoabundantní lipidové mediátory (eikosanoidy, endokanabinoidy a větvené estery oxidovaných mastných kyselin (FAHFA)) a steroidy.

Měříme také metabolity značené stabilními izotopy pomocí ¹³C/²H glukosy a ²H₂O (fluxomika).

Pro studie ADME vyvíjíme a validujeme analytické metody pro cílenou analýzu potenciálních kandidátních léčiv v souladu s SLP požadavky.

Laboratoř je vybavena vysokorozlišovacím hmotnostním spektrometrem (Thermo Q Exactive Plus) s kapalinovým chromatografem (Thermo Vanquish) a hmotnostním spektrometrem s quadrupolém/lineární iontovou pastí (SCIEX QTRAP 5500) s kapalinovým chromatografem (Dionex/Thermo Ultimate 3000 RSLC) a vzorkovačem pro přímou infuzi.

Metabolomické soubory jsou zpracovávány za použití nejmodernějších softwarových programů, včetně anotace lipidů, polárních metabolitů a dalších detekovaných sloučenin pomocí vlastních, open-source a komerčních MS/MS spektrálních knihoven. Získaná data se dále zpracovávají pomocí jednorozměrných nebo vícerozměrných statistických metod.

Platformy

• Kombinovaná necílená a cílená analýza komplexních lipidů (LIMeX)
• Kombinovaná necílená a cílená analýza polárních metabolitů a látek pocházejících z vnějšího prostředí (LIMeX)
• Cílená analýza specifických lipidových mediátorů a steroidů
• Cílená analýza metabolitů značených stabilnými isotopy
• Cílená analýza farmaceutických sloučenin pro ADME studie

Matrice

• Plazma, sérum, tkáně (např. játra, srdce, plíce, sval, tuková tkáň), buňky, exosom, mléko

Formulář pro analýzu vzorků

LIMeX postup pro kombinovanou necílenou a cílenou analýzu komplexních lipidů, polárních metabolitů a látek pocházejících z vnějšího prostředí

Publikace

1. Tsugawa et al., Nat Biotechnol (2020) in press (doi: 10.1038/s41587-020-0531-2)
2. Paluchova et al., Mol Nutr Food Res 64 (2020) 1901238 (doi: 10.1002/mnfr.201901238)
3. Benlebna et al., J Nutr Biochem 79 (2020) 108361 (doi: 10.1016/j.jnutbio.2020.108361)
4. Paluchova et al., Diabetes 69 (2020) 300–312 (doi: 10.2337/db19-0494) 
5. Brezinova et al., Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids 1865 (2020) 158576 (doi: 10.1016/j.bbalip.2019.158576)
6. Angelisová et al., Biochim Biophys Acta Biomembr 1861 (2019) 130–141 (doi: 10.1016/j.bbamem.2018.08.006)
7. Sládek et al., Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids​ 1864 (2019) 158533 (doi: 10.1016/j.bbalip.2019.158533)