Vedení
Zástupce ředitele pro vědecko-výzkumnou činnost
Zástupce ředitele pro archivní činnost
Oddělení
Oddělení moderních intelektuálních a politických dějin
Oddělení moderních sociálních a kulturních dějin
Oddělení pro soupis a studium rukopisů
Oddělení osobních a historických fondů
Oddělení institucionálních fondů