Současné granty

• NAZV, QJ1510338 - Bezpečnost fermentovaných mléčných výrobků, 2015 - 2018, Ing. Jan Kopečný, DrSc.
• GAČR, 16-12431S - Struktura a synergie fibrolytických enzymů v bachoru, 2016 - 2018, Ing. Jan Kopečný, DrSc.
• AZV ČR, 16-27449A - Fekální bakterioterapie u pacientů s ulcerózní kolitidou, 2016 - 2019, Ing. Jakub Mrázek, PhD.
• EU, OP VVV, CZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000460 - EXCELENCE molekulárních aspektů časného vývoje obratlovců, 2016 - 2022, Ing. Jakub Mrázek, PhD.
• AZV ČR, 17-31852A - Vztahy mezi střevní mikrobiotou a mozkovými funkcemi: implikace pro metabolom a metabolický syndrom u schizofrenie, 2017 - 2020, RNDr. Kateřina Fliegerová, DrSc.

Dokončené granty

• GAČR, 310/07/0414 - Úloha buněk přirozené a adaptivní imunity při vzniku a vývoji gluten sensitivní enteropatie, 2007 - 2011, Ing. Jan Kopečný, DrSc.
• GAČR, 525/08/0803 - Působení chitooligosacharidů v tračníku člověka, 2008 - 2010, MVDr. Jiří Šimůnek, CSc.
• GAČR, 525/08/H060 - Využití synbiotik a rostlinných extraktů ve výživě lidí a zvířat, 2008 - 2011, Ing. Jan Kopečný, DrSc.
• GAČR, 523/08/1091 - Podávání bifidobakterií mláďatům přežvýkavců, 2008 - 2012, Ing. Jan Kopečný, DrSc.
• NAZV, QI92A286/2008 - Zvýšení produkce bioplynu z rostlinné biomasy použitím anaerobních hub, 2009 - 2012, Kateřina Fliegerová, RNDr.
• GAČR, 310/09/1407 - Chitinolytické enzymy  bakterie Clostridium paraputrificum sídlící v trávicím traktu člověka, 2009 - 2013, MVDr. Jiří Šimůnek, CSc
• GAČR, P503/10/P394 - Vliv anaerobních hub na produkci bioplynu, 2010 - 2012, Ing. Jakub Mrázek, PhD.
• GAČR, 304/11/1252 - Bakterie u střevních nemocí, 2011 - 2014, Ing. Jan Kopečný, DrSc.
• 7FP, 289319 - RuminOmics, 2012 - 2015, Ing. Jan Kopečný, DrSc.