ŽIVA

Rozhled v oboru veškeré přírody

Moderní metody sekvenování DNA

Autor: Martin Kolísko
Téma: K výuce / , Molekulární a evoluční biologie, virologie, mikrobiologie, imunologie, fyziologie a genetika / Molecular biology, virology, microbiology, immunology, physiology and genetics
Vyšlo v časopise Živa 3/2017 na straně LXXIII

Článek v PDF ke stažení

Citovaná a použitá literatura:
HEATHER, James M.; CHAIN, Benjamin. The sequence of sequencers: The history of sequencing DNA. Genomics, 2016, 107.1: 1-8.
GOODWIN, Sara; MCPHERSON, John D.; MCCOMBIE, W. Richard. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nature Reviews Genetics, 2016, 17.6: 333-351.

Webové adresy názorných animací detailně zobrazující sekvenční metody druhé generace:

Illumina
https://www.youtube.com/watch?v=fCd6B5HRaZ8

454
https://www.youtube.com/watch?v=rsJoG-AulNE

IonTorrent
https://www.youtube.com/watch?v=WYBzbxIfuKs

Pacific Bioscience
https://www.youtube.com/watch?v=v8p4ph2MAvI

Nanopore
https://www.youtube.com/watch?v=CE4dW64x3Ts

Obrazové přílohy

Graf ukazující rozdíly v délce jednotlivých sekvencí a počtu sekvenovaných bází pro metody sekvenování druhé a třetí generace. Pro dnes nejpoužívanější metody Illumina a Ion Torrent (blíže v textu) ukazuje graf několik různých verzí daných technologií. Je důležité zmínit, že jak Illumina MiSeq, tak Ion Torrent PGM zastupují tzv. stolní sekvenátory, neboť jsou poměrně levné (stojí řádově několik milionů Kč) a lze je používat i v rámci jediné laboratoře. Ostatní sekvenační přístroje se používají především v rámci větších sekvenačních center. Orig. M. Kolísko, upraveno podle https://flxlexblog.wordpress.com/2014/06/11/developments-in-next-generation-sequencing-june-2014-edition/
Sbírání jednotlivých buněk. Izolace jediné buňky druhu Pseudotrichonympha sp., což je doposud nekultivovatelný prvok žijící v trávicím traktu termitů – sběr jednotlivých buněk tedy představuje jedinou možnost, jak získat sekvenční data z tohoto organismu. Buňka je „nasáta“ do skleněné mikropipety a přenesena např. do mikrozkumavky. Foto P. J. Keeling
Ilustrace signálu při 454 sekvenování. V„rozsvícených“ komůrkách došlo k přidání určité nukleotidové báze (při sekvenaci 454 se vždy přidává pouze jeden typ báze). Síla signálu určí, kolik bází bylo přidáno najednou. Nepřipojené nukleotidy se posléze odstraní a sekvenační proces pokračuje přidáním jiného nukleotidu. Orig. M. Kolísko

Aktuality

V neděli 6. prosince začíná Arktický festival 2020 – tradiční festival české a arktické vědy a kultury bude probíhat až do 31. března 2021, v Ústí nad Labem, Teplicích, Praze, Dačicích, Českých Budějovicích, Hradci Králové a také on-line. Více na www.arktickyfestival.cz

... více aktualit ...

Předplatné Živy

Cena ročního předplatného
od čísla 1/2019 je 354 Kč za šest čísel Živy (tedy 59 Kč za jedno číslo).
Dvouleté předplatné je zrušeno.
Zjistěte, jak si předplatit časopis Živa.

Co je to Živa?

Časopis Živa je populárně vědecký časopis přinášející příspěvky z biologických oborů a zvláštní rubriku věnovanou výuce biologie se zaměřením na nejnovější poznatky.
Navazuje na odkaz svého zakladatele Jana Evangelisty Purkyně. Poslední řada vychází nepřetržitě od roku 1953.

© 2020 Časopis ŽIVA – Rozhled v oboru veškeré přírody.
Založil roku 1853 J. E. Purkyně.
Vydává Nakladatelství Academia,
Středisko společných činností AV ČR, v. v. i., za podpory Akademie věd ČR.