Vědecká rada je odborným poradním orgánem AZV ČR.

Vědecká rada má 16 členů včetně předsedy a místopředsedy. Předsedu vědecké rady jmenuje a odvolává předseda AZV ČR s předchozím souhlasem ministra. Ostatní členy jmenuje a odvolává předseda AZV ČR na návrh předsednictva AZV ČR. Členové vědecké rady jsou předsedové panelů a další zástupci odborné veřejnosti. Funkční období členů vědecké rady je čtyřleté s možností jmenování nejvýše na dvě období po sobě následující. Funkce člena vědecké rady je čestnou funkcí. V čele vědecké rady je předseda a místopředseda.

Vědecká rada zejména posuzuje odborné hodnocení projektů navržené jednotlivými panely a stanovuje návrh celkového pořadí projektů pro poskytnutí účelové podpory, předkládá předsednictvu AZV ČR ke schválení hodnocení dílčích a závěrečných zpráv o řešení projektů,  navrhuje předsednictvu AZV ČR zaměření zdravotnického výzkumu a vývoje a zřízení nebo zrušení panelů, vyhodnocuje vědeckou úroveň projektů a navrhuje předsednictvu AZV ČR potřebná opatření. 

Složení vědecké rady AZV ČR:

prof. MUDr. Jiří Litzman, CSc. (předseda)

prof. MUDr. RNDr. Miroslav Červinka, CSc. (místopředseda)

prof. MUDr. Vladimír Beneš, DrSc.

prof. MUDr. Roman Chlíbek, Ph.D.

prof. MUDr. Josef Kautzner, CSc.

prof. MUDr. Jan Lebl, CSc.

doc. MUDr. Marek Mechl, PhD., MBA.

prof. MUDr. Čestmír Neoral, CSc.

prof. MUDr. Irena Rektorová, Ph.D.

prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

doc. MVDr. Pavel Suchý, Ph.D.

prof. MUDr. Ladislav Šenolt, PhD.