Výzkumné skupiny

Naše skupina se zabývá především studiem rostlinných genomů. Využíváme při tom jak sekvenování nové generace a metody molekulární biologie a cytogenetiky, tak i bioinformatickou analýzu. Přispěli jsme k odhalení organizace a funkce genomu u řady druhů rostlin, zejména obilovin. V současné době jsou naším hlavním zájmem takzvané „přídatné“ neboli „B“ chromozomy. Tyto chromozomy, přítomné v některých rostlinných genomech, nepodléhají . . .

Vyvíjíme a aplikujeme nové metody, které zjednodušují analýzu složitých genomů zemědělských plodin. Hlavním přístupem je třídění chromozomů pomocí průtokové cytometrie, které usnadnilo přečtení dědičné informace řady plodin a v současné době urychluje izolaci důležitých genů. Třídění buněčných jader a chromozomů využíváme k odhalování změn prostorového uspořádání jaderné DNA a funkce jaderných a chromozomálních proteinů. Při tomto výzkumu také používáme . . .

Zabýváme se studiem struktury, organizace a evoluce rostlinných genomů. S využitím NGS, molekulárních a cytogenetických technik, a bioinformatických nástrojů získáváme nové poznatky o organizaci genomu a evoluci karyotypu banánovníků (čeleď Musaceae). Zabýváme se také studiem DNA replikace v čase a prostoru u dvou příbuzných druhů rostlin - ječmene (Hordeum vulgare) a válečky (Brachypodium distachyon), které se liší velikostí svých jaderných genomů.

Naše skupina se zabývá rozličnými aspekty mezidruhového a mezirodového křížení a polyploidizace u rostlin. Ke studiu genomového složení kříženců, jejich evoluce a stability využíváme metod molekulární cytogenetiky, cytometrie, bioinformatiky, genomiky a molekulární biologie. Našimi objekty jsou kříženci trav kostřav a jílků (Festulolium) a kříženci pšenice a žita (Tritikále a jeho deriváty) a pšenice a ječmene (Tritordeum). Do bližšího okruhu našich . . .

Dlouhodobým cílem naší skupiny je porozumět organizaci genomu a její funkci u rostlin. Studujeme, jak je DNA sestavena do chromatinu a chromozomů a jak chromatin řídí vývoj rostlin, odolnost vůči stresu a stabilitu genomu.

Studujeme geny ovlivňující čas kvetení u obilnin, především u pšenice seté (Triticum aestivum). Zaměřujeme se zejména na geny fotoperiodické a vernalizační dráhy, a to jak na úrovni genetické, tak epigenetické. Ve spolupráci s Botanickým ústavem se zabýváme také zajímavým fenoménem výskytu cizorodé rDNA, pocházející ze vzdálených zástupců trav, nacházející se jako relikty v dědičné informaci ječmenů. Podílíme se také na projektu, který studuje genetické . . .

     Hlavním cílem naší skupiny je analýza složitých genomů obilovin, jako jsou pšenice, ječmen a žito. Ke zjednodušení velké a komplikované dědičné informace těchto plodin využíváme unikátního postupu vyvinutého v naší laboratoři – třídění jednotlivých chromozomů za použití průtokové cytometrie. Tímto způsobem jsme v minulosti připravili materiály, které usnadnily přečtení celého genomu pšenice nebo pomohly k  . . .

Ve všeobecnosti se zabýváme strukturou a funkcí genomů rostlin a rostlinný patogenů (např. Padlí travní). Mapujeme a čteme jejich genomy, aby bylo možné identifikovat oblasti, kde se nacházejí důležité geny. Dále hledáme geny, které odpovídají za odolnost u rostlin a geny odpovědné za schopnost napadnout rostlinu u patogenu. Studujeme interakce těchto genů abychom pochopili jak to funguje a mohli tyto znalosti využít pro navržení optimálních způsobů . . .