Klastr Dorje byl zakoupen v listopadu 2008 jako nová výpočetní kapacita pro náročné vědecké výpočty v oblasti fyziky pevných látek. Ve své době byl jedním z nejvýkonnějších superpočítačů v České republice. Jeho teoretický výkon činil 5,1 TeraFlops a reálný naměřený 4,2 TeraFlops.
Jednalo se o vysoce výkonný systém založený na systému SGI Altix ICE 8200, který dodala společnost SILICON GRAPHICS, s.r.o. Původní sestava se skládala ze 64 výpočetních uzlů a ze 3 servisních serverů. Každý výpočetní uzel byl osazen 2 čtyřjádrovými procesory typu Intel Xeon E5420, 2,50 GHz a pamětí o velikosti 8 GB. Celkem bylo pro vědecké výpočty k dispozici 512 výpočetních jader. Výpočetní uzly byly propojeny sítí InfiniBand typu 4x DDR o rychlosti 20 Gbit/s a jako bezdiskové sdílely jeden centrální diskový prostor SGI InfiniteStorage220 o velikosti 6 TB. Během prvních třech let byl klastr ještě rozšířen o 1 TB paměti a o další výkonné datové pole SGI InfiniteStorage5000 s úložným prostorem 14 TB.
Klastr běžel pod operačním systémem SUSE Linux Enterprise Server se softwarovým rozšířením SGI ProPack a SGI Foundation Software. Celý systém se administroval pomocí nástroje SGI Tempo.
Po instalaci a testech byl klastr slavnostně uveden do provozu na jaře roku 2009. Bez větších problémů a téměř nepřetržitě fungoval až do konce září 2014, kdy byl jeho oficiálně podporovaný provoz ukončen. K definitivnímu vypnutí došlo 30. ledna 2015, aby uvolnil místo pro nový klastr.
Celkem za dobu provozu bylo spuštěno 130 tisíc úloh, což v průměru představuje 22,5 tisíce úloh ročně, tj. okolo 1 900 úloh měsíčně. Propočítalo se přes 15,5 milionu hodin strojového času, tj. 650 tisíc dnů, resp. 1 783 let. Detailní statistiku využití jsme popsali v publikaci [1].
Na klastru Dorje byla řešena celá řada problematik z oblasti fyziky pevných látek, např. hledání nových materiálů pro budoucí aplikace v tzv. spinové elektronice, studium magnetických vlastností uměle připravených tenkých vrstev a nanostruktur, studium galvanomagnetických vlastností magnetických materiálů se složitou mřížkovou strukturou, výzkum elektronové struktury, magnetických a optických vlastností pevných látek, výpočty elektronové a atomární struktury povrchů a atomárních klastrů včetně simulování interakce sondy mikroskopu se studovaným povrchem nebo studium magnetokrystalické anizotropie monovrstev a adsorbovaných atomů na površích ušlechtilých kovů. Výsledky výpočtů byly zveřejněny ve více než sto deseti vědeckých publikacích a byly předneseny na řadě konferencí, workshopů a seminářů.
Zakoupení klastru bylo financováno Grantovou agenturou Akademie věd České republiky v rámci programu Nanotechnologie pro společnost, projekt “Funkční hybridní nanosystémy polovodičů a kovů s organickými látkami” (KAN400100701), a Grantovou agenturou České republiky, projekt “Nečistoty a defekty v magnetitu” (202/08/0541). Provoz klastru byl podporován z prostředků Fyzikálního ústavu.
Nástupcem klastru Dorje se stal klastr Luna2013, pořízený v prosinci 2013. Nový klastr je integrovaný do prostředí MetaCentra. Skládá se ze 47 výpočetních uzlů typu SuperMicro SuperServer 6017R‑NTF. Každý výpočetní uzel je osazen 2 osmijádrovými procesory Intel Xeon E5‑2650 v2, 2,6 GHz, pamětí o velikosti 96 GB a lokálním diskem o velikosti 800 GB. Výpočetní uzly jsou propojené sítí InfiniBand typu 4x QDR o rychlosti 40 Gbit/s. Celkem je pro vědecké výpočty k dispozici 752 výpočetních jader a 4,5 TB paměti. Teoretický výkon celého klastru činí 15,6 TeraFlops, což představuje trojnásobek výkonu klastru Dorje. Uživatelé využívají klastr Luna2013 od ledna 2014.
Odkazy:
[1] Klastr Dorje: SGI Altix ICE 8200, J. Uhlířová a J. Chudoba (editoři), [online] http://www.fzu.cz/sites/default/files/klastr_Dorje_2008-2014.pdf, ISBN 978-80-905962-0-7 2014