Ústav biologie obratlovců AV ČR, v.v.i. není členěn na samostatná vědecká oddělení. Vědečtí pracovníci jsou většinou řešitelé národních či mezinárodních projektů, v rámci kterých provádí základní a aplikovaný výzkum. Vědečtí pracovníci jsou přímo podřízeni řediteli ÚBO (či jeho zástupci). Ve vědeckých týmech dále pracují pre- i post-graduální studenti, post-doktorandi, odborní asistenti a technici, za které nese zodpovědnost řešitel projektu.
Výzkum je rozdělen do čtyř základních výzkumných směrů. Jednotlivé směry mohou být vzájemně provázané, tj. jednotliví pracovníci se mohou podílet na řešení několika projektů zařazených do různých výzkumných směrů.
Vědecká činnost ÚBO je vykonávána na třech pracovištích:
Pracoviště Brno
- knihovna
- redakce Folia Zoologica
- laboratoře
- technicko-hospodářská správa
- sekretariát
- chovy ryb
Detašované pracoviště Studenec
- molekulárně-genetická laboratoř
- fyziologická laboratoř
- polopřirozené experimenty
- optická laboratoř
- chovy myší
Detašované pracoviště Valtice
- mikrobiologická, molekulárně-biologická laboratoř
- laboratoř sérologie a laboratoř pro práci s tkáňovými kulturami
- chovy laboratorních zvířat