Oddělení logiky pořádá mezinárodní konferenci LOGICA, na které je každoročně prezentováno zhruba 35 přednášek, z toho čtyři zvané. Během více než pětadvacetileté historie konference se jí zúčastnily takové veličiny světové logiky jako David Lewis, Jaakko Hintikka, Dag Prawitz, Nuel Belnap, Max Cresswell, Graham Priest, Johan van Benthem, Michael Dunn a mnoho dalších. Od roku 2004 se konference koná v klášterním komplexu MCDO v Hejnicích.

Oddělení pořádá a spolupořádá i další mezinárodní a domácí konference a workshopy, většinou zaměřené na úžeji vymezená témata z oblasti logiky a analytické filosofie. V posledních letech to byly například konference o pojmových základech neurčitosti (2009), o epistemických aspektech vícehodnotových logik (2010), o normativitě významu (2011) či o logických a algebraických aspektech vícehodnotového usuzování (2013). Tyto konference se obvykle konají v Praze buď ve Vile Lanna nebo v konferenčním centru Filosofického ústavu.

Členové oddělení se rovněž pravidelně podílejí na organizaci každoročních Česko-Slovenských sympózií o analytické filosofii.

Společně s Ústavem filozofie a religionistiky FF UK připravuje oddělení logicko-filosofický seminář, který poskytuje prostor pro přednášky tuzemských i zahraničních odborníků z oblasti filosofie, logiky a dalších souvisejících disciplín. Tyto přednášky jsou otevřeny široké veřejnosti.