Intranet

Fyziologický ústav AV ČR

Špičková věda pro zdraví

Metabolomika

Metabolomika

Servisní oddělení zajišťuje metabolomickou analýzu polárních metabolitů, lipidů a sloučenin exposomu v biologických materiálech metodami kapalinové chromatografie ve spojení s hmotnostní spektrometrií (LC–MS).

V rámci projektů využívíme LC–MS postup LIMeX (LIpids, Metabolites and eXposome compounds) pro souběžnou extrakci komplexních lipidů, polárních metabolitů a sloučenin exposomu, která kombinuje cílenou a necílenou LC–MS analýzu. Ve studiích zaměřených na lidské kohorty reportujeme obvykle přes 500 komplexních lipidů, 100 polárních metabolitů a desítky sloučenin exposomu (zejména složek potravin a farmaceutických léčiv).

Cílená analýza je k dispozici pro specifické nízkoabundantní lipidové mediátory (eikosanoidy, endokanabinoidy a větvené estery oxidovaných mastných kyselin (FAHFA)) a steroidy.

Měříme také metabolity značené stabilními izotopy pomocí 13C/2H glukosy a 2H2O (fluxomika).

Pro studie ADME vyvíjíme a validujeme analytické metody pro cílenou analýzu potenciálních kandidátních léčiv v souladu s SLP požadavky.

Laboratoř je vybavena vysokorozlišovacím hmotnostním spektrometrem (Thermo Q Exactive Plus) s kapalinovým chromatografem (Thermo Vanquish) a hmotnostním spektrometrem s quadrupolém/lineární iontovou pastí (SCIEX QTRAP 5500) s kapalinovým chromatografem (Dionex/Thermo Ultimate 3000 RSLC) a vzorkovačem pro přímou infuzi.

Metabolomické soubory jsou zpracovávány za použití nejmodernějších softwarových programů, včetně anotace lipidů, polárních metabolitů a dalších detekovaných sloučenin pomocí vlastních, open-source a komerčních MS/MS spektrálních knihoven. Získaná data se dále zpracovávají pomocí jednorozměrných nebo vícerozměrných statistických metod.

Platformy

  • Kombinovaná necílená a cílená analýza komplexních lipidů (LIMeX)
  • Kombinovaná necílená a cílená analýza polárních metabolitů a látek pocházejících z vnějšího prostředí (LIMeX)
  • Cílená analýza specifických lipidových mediátorů a steroidů
  • Cílená analýza metabolitů značených stabilnými isotopy
  • Cílená analýza farmaceutických sloučenin pro ADME studie

Matrice

  • Plazma, sérum, tkáně (např. játra, srdce, plíce, sval, tuková tkáň), buňky, exosom, mléko

Formulář pro analýzu vzorků (2021)

Certifikát správné laboratorní praxe (SLP)

 

LIMeX postup pro kombinovanou necílenou a cílenou analýzu komplexních lipidů, polárních metabolitů a látek pocházejících z vnějšího prostředí

Publikace

  1. Brejchova et al., Proc Natl Acad Sci USA 118 (2021) e2020999118 (doi: 10.1073/pnas.2020999118)
  2. Janovska et al.J Cachexia Sarcopenia Muscle 11 (2020) 1614 (doi: 10.1002/jcsm.12631)
  3. Bardova et al., Nutrients 12 (2020) 3737 (doi: 10.3390/nu12123737)
  4. Tsugawa et al.Nat Biotechnol 38 (2020) 1159–1163 (doi: 10.1038/s41587-020-0531-2)
  5. Smolkova et al., Sci Rep 10 (2020) 8677 (doi: 10.1038/s41598-020-65351-z)
  6. Paluchova et al., Mol Nutr Food Res 64 (2020) 1901238 (doi: 10.1002/mnfr.201901238)
  7. Benlebna et al., J Nutr Biochem 79 (2020) 108361 (doi: 10.1016/j.jnutbio.2020.108361)
  8. Paluchova et al., Diabetes 69 (2020) 300–312 (doi: 10.2337/db19-0494
  9. Brezinova et al., Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids 1865 (2020) 158576 (doi: 10.1016/j.bbalip.2019.158576)
  10. Angelisová et al., Biochim Biophys Acta Biomembr 1861 (2019) 130–141 (doi: 10.1016/j.bbamem.2018.08.006)
  11. Sládek et al., Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids​ 1864 (2019) 158533 (doi: 10.1016/j.bbalip.2019.158533)

Lidé

doc. Ing. Tomáš Čajka, Ph.D.
vedoucí oddělení
 

Ing. Jiří Hricko

odborný pracovník

LC–MS, SLP

 

Mgr. Michaela Paučová

odborný pracovník

LC–MS, SLP
 

Ing. Michaela Nováková

odborný pracovník

statistika, bioinformatika

 

Mgr. Petra Zedníková

odborný pracovník