Pracoviště bylo zřízeno k 1. 1. 1953 jako Archiv Československé akademie věd, od roku 1955 při něm působí Komise pro soupis a studium rukopisů, v letech 1966–1992 neslo pracoviště název Ústřední archiv ČSAV, od 1. 1. 1993 pak Archiv AV ČR.
K 1. 1. 2006 byl k Archivu AV ČR připojen Masarykův ústav AV ČR (založený roku 1995) a zároveň byl změněn název pracoviště na Masarykův ústav – Archiv AV ČR. V roce 2008 byl název upraven na nynější Masarykův ústav a Archiv AV ČR. Od 1. 1. 2007 se ústav stal veřejnou výzkumnou institucí ve smyslu zákona č. 341/2005 Sb.
Zkratka názvu ústavu: MÚA AV ČR
Ústav tvoří sedm oddělení, z toho čtyři vědecko-výzkumná oddělení a dvě oddělení archivní.
Vědecko-výzkumná oddělení MÚA se soustřeďují na tři stěžejní oblasti historického výzkumu. Prvním je výzkum života a díla T. G. Masaryka, zejména s ohledem na jeho význam pro demokratickou českou státnost a na jeho humanitní odkaz, jakož i šíře pojatý výzkum českých a středoevropských dějin mezi lety 1848–1948. Druhou výzkumnou oblastí jsou dějiny Akademie věd ČR, jejích předchůdců a obecně dějiny vědy a vědců na území ČR a v širším středoevropském prostoru. Třetí oblastí jsou kodikologické výzkumy, které se zaměřují zejména na soupis a studium bohemikálních rukopisů v ČR i v zahraničí a tvoří tak jediné pracoviště svého druhu v České republice.
Archivní oddělení MÚA shromažďují a zpracovávají spisový materiál Akademie věd, archivní fondy starších vědeckých institucí a osobní fondy vědců působících na území našeho státu. Masarykův ústav a Archiv AV ČR je rovněž pověřen předarchivní péčí a skartačním dohledem v rámci Akademie věd ČR. Ze svých fondů poskytuje zpětně informace orgánům a pracovištím Akademie věd ČR a orgánům státní správy a zpřístupňuje archivní fondy a sbírky badatelské veřejnosti. Archivní část MÚA rovněž spravuje osobní archivních fondy T. G. Masaryka, Edvarda Beneše a jejich spolupracovníků a rodinných příslušníků. Vědecká činnost archivní části MÚA je zaměřena na dějiny vědeckých institucí, na život a dílo vědeckých osobností a na jejich obec zejména v českém prostředí, na život a dílo T. G. Masaryka a E. Beneše, zvláště pak na zpřístupňování pramenů týkajících se jejich činnosti.
Oddělení administrace a služeb veřejnosti zahrnuje úseky pro jednotlivé agendy (Sekretariát ředitele, Technicko-hospodářská správa, Knihovna, Nakladatelství).
Masarykův ústav a Archiv AV ČR vydává tři odborné recenzované časopisy: Střed. Časopis pro mezioborová studia střední Evropy 19. a 20. století, Studie o rukopisech a Práce z dějin Akademie věd.
Vedle časopisů ústav vydává ediční řady, např.: Spisy T. G. Masaryka; Korespondence TGM; Ego. Paměti, deníky, korespondence (ve spolupráci s Nakladatelstvím Lidové noviny) a České moderní dějiny (ve spolupráci s nakladatelstvím Academia). Pracovníci ústavu dále publikují výsledky své práce v prestižních časopisech a knižních nakladatelstvích v ČR, Evropě i v zámoří.
Historie ústavu
Archiv AV ČR
Archiv ČSAV zahájil svou činnost 1. 1. 1953 jako veřejná instituce, zařazená do soustavy československého archivnictví. Roku 1956 se stal tzv. archivem zvláštním, roku 1974 tzv. archivem zvláštního významu. K jeho hlavním úkolům patřilo a nadále patří shromažďování a zpracovávání materiálu z činnosti bývalých vědeckých společností a spolků, ústavů a organizačních složek ČSAV, resp. AV ČR, a pozůstalostí našich předních vědců. Od roku 1955 se stala součástí činnosti archivu Komise pro soupis a studium rukopisů. K 1. 1. 1966 bylo rozhodnuto o interním postavení archivu v rámci ČSAV a pracoviště změnilo svůj název na Ústřední archiv ČSAV.
Prvními spravovanými fondy byly písemnosti Královské české společnosti nauk, České akademie věd a umění, Masarykovy akademie práce a Československé národní rady badatelské. Kromě přejímání fondů archiv založil fotografické a umělecké sbírky a zároveň plnil samostatné vědecké úkoly, týkající se dějin vědeckých institucí, české vědy, archivistiky a soupisu a studia rukopisů. První průvodce po fondech, vydaný roku 1962, obsahoval 48 fondů a sbírek. Od konce 60. let se utvářely odborné pracovní úseky – předchůdců ČSAV, písemných pozůstalostí a fondů ČSAV. Díky zvyšování počtu pracovníků se zdokonalila předarchivní péče, v roce 1972 byl vydán první oficiální vzorový spisový a skartační řád pro pracoviště ČSAV a začalo vycházet periodikum Archivní zprávy ČSAV (1970–1985). Od poloviny 80. let se historická práce archivu více orientovala na dějiny vědy, byly vydávány Práce z dějin ČSAV.
Významné změny archiv zaznamenal v uplynulých dvaceti letech. Od roku 1991 užíval prostory v Praze 8-Bohnicích a Praze 8-Libni (bývalá tiskárna Prometheus), pracovny oddělení pro soupis a studium rukopisů se nacházely v Husově ulici na Starém Městě. V souvislosti se zřízením Akademie věd ČR k 31. 12. 1992 začalo pracoviště užívat název Archiv AV ČR (od 1. 1. 1993). V roce 2005 byla otevřena nová budova v Gabčíkově ulici v Praze 8, projektovaná přímo pro archivní účely. V průběhu roku 2007 archiv splnil požadavky akreditace pro tzv. specializované archivy.
Více informací o historii Archivu AV ČR (pdf)
Masarykův ústav AV ČR
Ústav T. G. Masaryka byl založen Tomášem G. Masarykem 23. 7. 1932 jako nadace, jejímž úkolem bylo spravovat a doplňovat knihovnu a archiv TGM, pokračovat v redigování a vydávání Masarykových spisů, umožňovat externí studium vědeckých pracovníků a vydávat či přispívat k vydávání výsledků jejich práce.
Jako věcný základ věnoval T. G. Masaryk nadaci svoji soukromou knihovnu a archiv, soukromé muzeum a také cenné papíry (v celkové hodnotě cca 10 mil. Kč). Tento základní fond měl být východiskem pro studium oblastí, kterými se Masaryk zabýval. Prvním sídlem ústavu byl Pražský hrad, v r. 1938 se přestěhoval do vlastní budovy v Bubenči. Během války byl deponován v Klementinu, protože budovu ústavu zabralo gestapo. V rámci poválečné obnovy získal ústav dům zpátky, jeho prostory však již nepostačovaly, a proto se r. 1948 přestěhoval do Kramářovy vily na Hradčanech a vzápětí do budovy na Národní třídě 3.
V roce 1954 byl Masarykův ústav v rámci kampaně proti Masarykovi zrušen. Rok 1968 přinesl neúspěšný pokus o obnovu činnosti. 4. ledna 1990 rozhodl prezident Václav Havel, na základě návrhu výboru Masarykovy společnosti, obnovit Ústav T. G. Masaryka.
V roce 1995 vznikl vedle nadace Masarykův ústav AV ČR, který převzal správu archivu a knihovnu a jako samostatné pracoviště Akademie věd ČR dal prostor masarykovským bádáním v širších kontextech. Od roku 2006 je Masarykův ústav AV ČR součástí Masarykova ústavu a Archivu AV ČR.