Ústav dějin umění od svého založení shromažďoval a zpracovával uměleckohistorickou dokumentaci. Roku 2006 vzniklo specializované vědecké oddělení, které plní tři základní a vzájemně úzce provázané úkoly – výzkum v oblasti pramenů k dějinám umění, ediční činnost a zpřístupňování rozsáhlých i v evropském měřítku významných vlastních dokumentačních fondů, včetně standardního badatelského servisu pro veřejnost. V rámci střednědobé koncepce činnosti ústavu se podílí na plnění výzkumných priorit Teorie a historiografie dějin umění, kritické edice pramenů k dějinám umění, Uměleckohistorická topografie, Dějiny české památkové péče v rámci evropského kulturního prostoru a prostřednictvím svých center na prioritách Epigrafická a sepulkrální studia a Fotografie 19. a 20. století. Kromě základního výzkumu klade oddělení velký důraz na výzkum aplikovaný, na popularizaci a má i své infrastrukturní úkoly. Oddělení pořádá konference k problematice písemných pramenů pro dějiny umění a je s ním spojena ediční řada Fontes historiae artium.
Nejdůležitějšími projekty v posledních letech byly projekty NAKI II Ministerstva kultury ČR Hledání provenience movitých kulturních statků zestátněných v roce 1945 občanům německé národnosti v severočeském regionu a IDIHU – vývoj nástrojů a infrastruktury pro digital humanities a aktivity programu Strategie AV21 Paměť v digitálním věku. Pracovníci oddělení se podíleli i na dalším projektu NAKI II Gotické a raně renesanční umění ve východních Čechách. Výzkum, interpretace, prezentace.
V oddělení dokumentace mají své těžiště dvě centra s dalšími významnými projekty: Centrum epigrafických a sepulkrálních studií a Centrum pro výzkum fotografie.
Součástí oddělení je od roku 2009 restaurátorský ateliér, který byl v letech 2016–2020 zapojen do třech projektů NAKI II (Josef Sudek a fotografická dokumentace uměleckých děl, Stopy tvorby. Dědictví velkých sochařů první poloviny 20. století a Hledání provenience movitých kulturních statků zestátněných v roce 1945) a zároveň systematicky ošetřuje sbírkové předměty včetně přípravy pro zápůjčky na výstavy a digitalizaci.
Oddělení spolupracuje na různé bázi s řadou českých a zahraničních institucí (v současnosti mj. Národní památkový ústav, Národní filmový archiv, Filozofická fakulta UK, Filozofická fakulta MUNI, Fakulta restaurování UPCE a další spolupráce prostřednictvím center).
