V získávání grantů a dotací na výzkum a vývoj patří FZU mezi nejúspěšnější ústavy AV ČR. Naši vědci se aktivně podílejí na řešení projektů financovaných jak národními tak i mezinárodními poskytovateli.
V rámcových programech Evropské komise dosud získali 75 grantů: 22 (FP6), 25 (FP7) a 28 (H2020). K internacionalizaci vědeckého prostředí FZU přispívá i nárůst počtu MSCA Individual fellowship (6 v posledních 3 letech), kolaborativní projekty typu MSCA ITN a RISE, a v neposlední řadě i projekty z programu WIDESPREAD (Twinning, Teaming). V roce 2020 se FZU podílí na 2 FP7 (ERC Consolidator a ERC Synergy) a 14 H2020 projektech.
Vědecko-výzkumný prostor FZU zásadně ovlinily i dotace z Evropských Investičních a Strukturálních fondů. K 1. 1. 2020 vědci FZU řeší 23 projektů ESIF, mezi něž patří i největší projekt tohoto typu v ČR - Extreme Light Infrastructure (ELI). Strategický záměr FZU posílit výzkum a konkurenceschopnost v oblasti fyziky pevných látek se v současné době realizuje v podobě rozsáhlého projektu SOLID21. K udržení ocenění HR Excellence in research Award, jež FZU získalo v roce 2019, přispívají dva projekty, HR AWARD a STIMUL.
FZU se úspěšně účastní i grantových soutěží národních poskytovatelů, jako je GAČR, TA ČR, MPO, MŠMT a Akademie věd ČR. V roce 2020 vědci FZU řeší, například, 78 projektů GAČR, z nichž 4 jsou prestižní granty EXPRO. Úspěšnost FZU v této soutěži se tradičně pohybuje kolem 30 procent.