Oddělení v posledních letech řešilo několik dlouhodobých a střednědobých projektů:

1) příprava kritické edice spisů J. A. Comenii Opera omnia – Dílo J. A. Komenského (DJAK); v posledních letech vyšly svazky 15/IV, 9/II, 19/I a v přípravě jsou další svazky
2) studium Komenského díla a života v kontextu evropských myslitelských a kulturních proudů i soudobých událostí
3) vydání komeniologického díla Jana Patočky (ve spolupráci s Archivem Jana Patočky)
4) vytváření anglojazyčné databáze Komenského korespondence a korespondence dalších učenců spojených se střední Evropou v rámci mezinárodního projektu Cultures of Knowledge zaměřeného na mezinárodní učenecké korespondenční sítě a financovaného Mellonovou nadací, jehož hlavním nositelem je Oxfordská universita
5) další edičně-interpretační projekty zaměřené např. na českou raněnovověkou literaturu o ženách, manželství a hospodářství (viz nakl. Scriptorium)

V období 2012-2017 se oddělení zaměřuje na tři větší tematické celky:

1) Ediční a interpretační projekty zaměřené na život a dílo J. A. Komenského
A) Zde stojí na prvním místě příprava souborné kritické edice Johannis Amos Comenii Opera omnia – Dílo Jana Amose Komenského. Po svazcích věnovaných historickým spisům a úvodním částem Obecné porady 9/II (2013) a 19/I (2014) jsou v přípravě svazky 26/I (první část Komenského korespondence) a 19/II (další části Obecné porady).
B) Studium a interpretace literárního odkazu J. A. Komenského, zejména v oblasti filosofie, intelektuálních dějin, dějin literatury a filologie, se zaměří zejména na výzkum Komenského metafyziky (Schifferová, Balík), jazyka a stylu latinských spisů Komenského (Steiner), Komenského užívání Bible (Havelka), problému evidence a textuality v Komenského pracích (Řezníková), Komenského korespondence a jeho místa v rámci dobových komunikačních sítí republiky učenců (Urbánek, Lelková a další). Toto bádání je podporováno ze dvou projektů GA ČR Filosofie Jana Amose Komenského a Mezi renesancí a barokem. Předpokládané výstupy: pět monografií, studie v časopisech, referáty na konferencích.
C) Žádoucí je rovněž pokračovat ve zpřístupňování Komenského díla širší veřejnosti v překladech dosud česky nevydaných či špatně dostupných děl. Zde lze navázat na sérii překladů filosofických, pansofických, náboženských a politických spisů připravených členy oddělení v posledních letech (zvláště pro ediční řadu Europa nakladatelství Academia). Předpokládané výstupy: bilingvní edice Komenského metafyzických spisů.
2) Dějiny moderního komeniologického bádání a místo Komenského v kolektivní paměti
A) Projekt zaměřený na interpretaci Komenského z hlediska proměn kultur paměti od osvícenství do konce 20. století v širokém rozpětí od vědeckého diskursu po nejrůznější formy literárních, výtvarných, profesních, aj. reprezentací. Předpokládané výstupy: kolektivní monografie odevzdána do tisku r. 2014.
B) Další možné projekty v rámci tohoto tematického celku by mohly navázat na seminář věnovaný životu a dílu klasické filoložky a komenioložky Julie Novákové (březen 2009) či na postupné zpracovávání rozsáhlé písemné pozůstalosti česko-norské komenioložky Milady Blekastad-Topičové. Předpokládané výstupy: studie, příp. referáty na konferencích.
3) Mezinárodní projekt zaměřený na intelektuální komunikaci v raném novověku
S prvním tematickým okruhem úzce souvisí spolupráce na mezinárodním projektu Cultures of Knowledge, který v letech 2013-2014 pokračuje svou druhou fází. Projekt se nevyčerpává jen prací na databázi Komenského korespondence, která je zahrnuta v rámci databáze učené korespondence Early Modern Letters Online. V druhé fázi jsou zpracovávány další korespondenční soubory vztahující se k českým zemím, zpracovává se prosopografický materiál týkající se Komenského a Hartlibových korespondentů.

Další projekty zkoumající intelektuální dějiny raného novověku

Z dalších témat týkajících se intelektuálních dějin raného novověku je možné jmenovat výzkum melanchthonismu v české vernakulární literatuře 16. a 17. století, projekt edičně zpřístupňující dílo Valeriána Magni, soupis zahraniční teologické literatury v Jednotě bratrské a interpretaci astronomie a kosmologie v raném novověku. Tato témata jsou zpracovávána v rámci projektu Mezi renesancí a barokem. Předpokládané výstupy: tři monografie a edice.