Spolu s okolními oblastmi kůry, především entorhinální, perirhinální a postrhinální kůry, je celý systém často, zejména v klinické literatuře, označován jako komplex mediálního spánkového laloku (medial temporal lobe; MTL, Eichenbaum 2001). Úloha hipokampu v paměti je oceňována především od popisu případu pacienta Henry Gustava Molaisona (dnes již zesnulý slavný „HM patient“), který utrpěl hlubokou anterográdní amnézii deklarativní, především epizodické paměti po neurochirurgické resekci velké části mediálního spánkovém laloku včetně hipokampu provedené terapeuticky pro farmakorezistentní temporální epilepsii (Scoville a Milner, 1957). Specifická teorie funkce hipokampu navrhuje, že tato struktura se souvisejícími oblastmi jsou sídlem "kognitivní mapy" prostředí, zvláště užitečné při navigaci ke skrytým cílům, tj. "navigace mapou" (Tolman 1948, O'Keefe a Nadel 1978). Tento vlivný koncept hipokampu dlouho poskytoval hlavní rámec výzkumu této struktury, ale také bylo prokázáno, že hipokampus hraje klíčovou roli v úzkosti (zejména jeho ventrální část; Bannerman et al 2004, Kheirbek et al 2013), v organizaci více proudů informací (kognitivní koordinace; Wesierska et al 2005) a v kognitivní flexibilitě (Burghardt et al., 2012). Hipokampus je také velmi důležitý pro rozpoznání pozice v prostoru i bez navigačních požadavků (Klement et al. 2005) a pro rozpoznání polohy objektů v nepřístupném prostředí (Levčík et al. 2013). Nedávno bylo navrženo, že hipokampus by mohl hrát roli spíše v prostorové volbě (či akci) než prostorové znalosti (Bannerman et al. 2012), což významně podtrhuje roli neokortexu.