Evropský fond pro regionální rozvoj
Praha & EU Investujeme do Vaší budoucnosti
Operační program: OPPK (Operační program Praha Konkurenceschopnost)
Prioritní osa: 3 - Inovace a podnikání
Oblast podpory: 3.1 - Rozvoj inovačního prostředí a partnerství mezi základnou výzkumu a vývoje a praxí
Číslo výzvy: 11
Číslo projektu: CZ.2.16/3.1.00/21528
Doba trvání projektu: 1. leden 2014 – 30. září 2014
Výše investičních způsobilých výdajů nepřesáhne 13 902 900 Kč.
Projektový tým funguje ve složení:
Cílem projektu je vybavit nově vznikající pracoviště Výzkumné centrum genomiky a proteomiky technologií v podobě:
Účelem pořízení nové technologie je světová excelence a multioborové zaměření nově vznikajícího pracoviště „Výzkumné centrum genomiky a proteomiky“ v rámci ÚEM AV ČR, které bude řešit specifické výzkumné úkoly související s působením znečišťujících látek v ovzduší na lidský genetický materiál a lidské zdraví.
Technologie pořízené v rámci Výzkumného centra genomiky a proteomiky jsou pravidelně využívány pro řešení výzkumných úkolů Ústavu experimentální medicíny AV ČR, v.v.i. (ÚEM AV ČR) i spolupracujících institucí. Mezi grantové projekty, v nichž je vybavení Výzkumného centra využíváno, patří zejména úkoly Grantové agentury ČR (Studium procesů spojených s peroxidací lipidů v modelových lidských buněčných liniích, 16-14631S; Centrum studia toxických vlastností nanočástic, P503/12/G147; Mechanismy toxicity pevných emisí z biopaliv, 13-01438S; Dopady znečištění ovzduší na genom novorozenců, 13-13458S) a Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR (Genomika a proteomika při studiu mechanismů biologických účinků vyráběných nanočástic, LO1508; velká infrastruktura MŠMT: Nanomateriály a nanotechnologie pro ochranu životního prostředí a udržitelnou budoucnost, LM2015073, http://www.nanoenvicz.cz/cs/about-us). Zejména projekt velké infrastrutury umožňuje využít technologií Výzkumného centra při spolupráci jak s domácími, tak se zahraničními odbornými institucemi.
Dále jsou stručně uvedeny výsledky některých studií, v nichž bylo vybavení Výzkumného centra v období udržitelnosti využito.
Změny genové exprese v modelových buněčných liniích po aplikaci polycyklických aromatických uhlovodíků, jejich nitro-derivátů a extraktů z motorových emisí získaných v laboratorních podmínkách byly hodnoceny s využitím systému iScan. Výsledky umožnily identifikovat skupiny genů, biologických procesů a drah, jejichž exprese je zvýšena, nebo snížena jako odpověď po působení testovaných látek. Získaná data byla následně využita pro popis mechanismů spojených s reakcí modelových systémů na působení testovaných látek (publikace Rossner Jr. et al., Int. J. Mol. Sci. 2016, 17, 1393).
Analýza exprese vybraných transkriptů a indukce alternativního sestřihu po inhalační expozici oxidu zinečnatému byla provedena u experimentálních myší. Genová exprese byla hodnocena v plicní tkáni, přičemž byla využita technologie sekvenování nové generace (systém MiSeq) doplněná o detekci transkripčních variant studovaných genů relevantních k biologické odpovědi organismu po působení nanočástic (publikace Rossner et al., Toxicol Sci. 2019, 168(1), 190-200).
Vliv odlišných podmínek životního prostředí na genovou expresi byl studován u novorozenců a jejich matek pocházejích z lokalit s odlišnou úrovní znečištění ovzduší (Karviná, České Budějovice). Pro analýzu změn hladin genové exprese byl využit systém iScan. Získaná data umožnila popsat rozdíly v odpovědi organismu vyvolané odlišnými podmínkami prostředí, včetně hodnocení biologických procesů a drah (publikace Honkova et al., Environ Mol Mutagen. 2018, 59(5), 401-415).
Studie vlivu různých typů nanočástic (oxidu titaničitého, oxidu zinečnatého, oxidu křemičitého, stříbra) v modelovém systému lidských monocytů se kromě jiného zaměřuje na analýzu diferenciální genové exprese s využitím systému iScan. Studie je dále doplněna hodnocením parametrů imunitní odpovědi a poškození DNA (publikace Brzicova et al., Nanomaterials (Basel), 2019, 9 (5)).
Analýza genové exprese v modelových buněčných kulturách: Studie navazující na projekty předchozího období zaměřená na vliv emisí z benzinových motorů poháněných různými typy paliva na změny genové exprese v plicní buněčné linii (publikace Libalova et al., Toxicol In Vitro. 2018, 48:329-341).
Sestava pro měření proteinů je využívána Laboratoří tkáňového inženýrství. Laboratoř se zabývá přípravou a testováním nanovlákenných systémů, které je vhodné obohacovat o krevní deriváty, neboť obsahují vysoké koncentrace nativních růstových faktorů ve fyziologických poměrech. Růstové proteiny je možné využít ke stimulaci metabolické aktivity, proliferace a diferenciace širokého spektra buněk (mezi běžně používané patří kožní buňky, keratinocyty, fibroblasty, melanocyty a dále osteoblasty, chondrocyty a mezenchymální kmenové buňky. Pořízený přístroj pro měření proteinů Bio-Plex je využíván pro charakterizaci krevních derivátů, především ke stanovení koncentrace růstových faktorů a cytokinů (stanovení pro- či protizánětlivé reakce). K analýze se používají komerčně dostupné multiplex kity.
Automatický sběrač buněk, další systém pořízený v rámci Výzkumného centra, je rutinně využíván Oddělením transplantační imunologie i dalšími pracovišti ÚEM AV ČR k vyhodnocování proliferace myších a lidských leukocytů periferní krve a ke stanovování proliferace mesenchymálních kmenových buněk. V období udržitelnosti probíhalo též testování a ověřování účinku nanočástic na různé typy buněčných linií. Při těchto pokusech byl pravidelně využíván automatický sběrač. Výsledky ukázaly vliv nanopartikulí na genom a vlastnosti buněk. Kromě toho probíhal výzkum regulačních mechanismů při kooperaci a funkci buněk imunitního systému a kmenových buněk. Přístroj umožnil rozšířit spektrum metodik používaných na oddělení transplantační imunologie.Výsledky těchto studií byly publikovány v řadě odborných časopisů (Heřmánková et al., Immunobiology 2016, 221, 129; Čejka et al., Oxid. Med. Cell.Longev., Volume 2016, ID5843809, 2016; Trošan et al., Stem Cells Dev. 2016, 25, 874; Holáň et al., Stem Cell Rev. 2016 12, 654).
Přehled publikací dedikovaných projektu:
P. Rossner, S. Strapacova, J. Stolcpartova, J. Schmuczerova, A. Milcova, J. Neca, V. Vlkova, T. Brzicova, M. Machala, J. Topinka, Toxic Effects of the Major Components of Diesel Exhaust in Human Alveolar Basal Epithelial Cells (A549), International Journal of Molecular Sciences. 17 (2016) 1393. doi:10.3390/ijms17091393.
Heřmánková B., Zajícová A., Javorková E., Chudíčková M., Trošan P., Hájková M., Krulová M., Holáň V.:
Suppression of IL-10 production by activated B cells via a cell contact-dependent cyclooxygenase-2 pathway upregulated in IFN- γ-treated mesenchymal stem cells. Immunobiology 221, 129-136, 2016.
Čejka Č., Holáň V., Trošan P., Zajícová A., Javorková E., Čejková J.: The favorable effect of mesenchymal stem cell treatment on the antioxidant protective mechanism in the corneal epithelium and renewal of corneal optical properties changed after alkali burns. Oxid. Med. Cell. Longev., Volume 2016, ID5843809, 2016.
Trošan P., Javorková E., Zajicová A., Hájková M., Heřmánková B., Kössl J., Krulová M., Holáň V.: The supportive role of insulin-like growth factor-I in the differentiation of murine mesenchymal stem cells into corneal-like cells. Stem Cells Dev. 25, 874-881, 2016.
Holáň V., Heřmánková B., Boháčová P., Kössl J., Chudíčková M., Hájková M., Krulová M., Zajícová A., Javorková E.: Distinct immunoregulatory mechanisms in mesenchymal stem cells: Role of the cytokine environment. Stem Cell Rev Rep. 2016, 12(6):654-663.
Holáň V., Kössl J., Heřmánková B.: Perspectives of stem cell-based therapy for retinal degenerative diseases. Cell Transplant., 2017., doi: 10.3727/096368917X695317
Heřmánková B., Kössl J., Javorková E., Boháčová P., Hájková M., Zajícová A., Krulová M., Holáň V.: The identification of interferon-γ as a supportive factor for retinal differentiation of murine mesenchymal stem cells. Stem cells Dev. 2017 Jul 20. doi: 10.1089/scd.2017.0111.
Čejka Č., Kössl J., Heřmánková B., Holáň V., Čejková J.: Molecular hydrogen effectively heals alkali-injured cornea via suppression of oxidative stress. Oxid. Med. Cell. Long., ID 8906027, 2017.
Buzgo M, Rampichova M, Vocetkova K, Sovkova V, Lukasova V, Doupnik M, Mickova A, Rustichelli F, Amler E. Emulsion centrifugal spinning for production of 3D drug releasing nanofibres with core/shell structure. RSC Advances. 2017, 7:1215-1228.
Sovkova V, Vocetkova K, Rampichova M, Mickova A, Buzgo M, Lukasova V, Dankova J, Filova E, Necas A, Amler E. Platelet lysate as a serum replacement for skin cell culture on biomimetic PCL nanofibers. Platelets. 2017: 1-11, doi:10.1080/09537104.2017.1316838.
Libalova, H., Rossner, P., Vrbova, K., et al. Transcriptional response to organic compounds from diverse gasoline and biogasoline fuel emissions in human lung cells. Toxicology in Vitro (2018) 48,329–341. doi:10.1016/j.tiv.2018.02.002.
Honkova, K., Rossnerova, A., Pavlikova, J., et al. Gene expression profiling in healthy newborns from diverse localities of the Czech Republic. Environmental and Molecular Mutagenesis (2018) 59,401–415. doi:10.1002/em.22184.
Rossner, P., Vrbova, K., Strapacova, S., et al. Inhalation of ZnO Nanoparticles: Splice Junction Expression and Alternative Splicing in Mice. Toxicological Sciences (2019), 168,190–200. doi:10.1093/toxsci/kfy288.
Brzicova, T., Javorkova, E., Vrbova, K. et al. Molecular Responses in THP-1 Macrophage-Like Cells Exposed to Diverse Nanoparticles. Nanomaterials (2019) 9,687. doi:10.3390/nano9050687.
V současné době probíhá až do 30. září 2019 tzv. období udržitelnosti projektu. V období udržitelnosti jsou pořízené technologie nadále využívány k projektům základního výzkumu příjemce, nemohou být využívány komerčním způsobem, musí zůstat v majetku příjemce a pojištěny. Současně musí ÚEM i nadále plnit závazné monitorovací ukazatele produkce publikaci a vytvoření a udržení nových pracovních míst, ke kterým se zavázal, jakož i naplňovat publicity programu. O plnění projektu v době udržitelnosti se podává řídícímu orgánu každoročně monitorovací zpráva.
24. 9. 2014
Tisková zpráva k ukončení projektu
30. 7. 2014
K dnešnímu dni byl již do oddělení genetické ekotoxikologie dodán Systém pro sekvenování a čipovou analýzu, na kterém příslušná laboratoř zahajuje po úvodním zaškolení zkušební provoz. V opakovaném výběrovém řízení byli vybráni dodavatelé dalších technologií pořizovaných v rámci toho projektu – jedná se o Automatický sběrač buněk a o Sestavu pro měření proteinů. Jsou oboustranně podepsány kupní smlouvy a probíhá dodací lhůta.
15. 4. 2014
Dne 15. 4. 2014 od 13.00 hodin proběhne otevírání obálek s nabídkami v rámci zadávacího řízení na 3 části výzkumné technologie projektu. Ihned poté následuje zasedání hodnoticí komise určené pro výběr nejvhodnějšího dodavatele zadávaných výzkumných technologií.
24. 2. 2014
Tisková zpráva k zahájení projektu
21. 2. 2014
Kompletní zadávací dokumentace k zadávacímu řízení na dodávku všech 3 částí výzkumné technologie byla po zapracování připomínek řídicího orgánu OPPK zveřejněna na stránkách operačního programu (www.oppk.cz), v databázi TED a ve Věstníku veřejných zakázek.
Název zakázky: Dodání technologií pro projekt Výzkumné centrum genomiky a proteomiky
ID Formuláře: 480215
Evidenční číslo zakázky: 377370
Evidenční číslo formuláře: 7402011077370
Datum uveřejnění ve VVZ: 24. 02. 2014
Datum odeslání do TED: 24. 02. 2014
Typ: Řádný
Číslo a datum zveřejnění v TED: 2014/S 041-067803 zveřejněno 27. 02. 2014
27. 1. 2014
Po vzájemné spolupráci členů realizačního týmu, výzkumných garantů projektu a externího zpracovatele zadávacího řízení (společnost eNovation s.r.o.) byla zpracována zadávací dokumentace k zadávacímu řízení na dodávku 3 částí speciální výzkumné technologie v oblasti genomiky a proteomiky. Tato zadávací dokumentace byla včetně všech požadovaných příloh předána řídicímu orgánu OPPK ke kontrole.
26.8.2018 – Odborná zpráva o realizaci projektu
!--[if gte mso 9]> <![endif]-->
© Copyright 2018. All Rights Reserved. Stránky vytvořila agentura WebMotion.
