Většina PGS studentů Fyziologického ústavu je zapojena do projektu „Doktorské studium biomedicíny“, který je koordinován Akademií věd ČR a Univerzitou Karlovou. Zapojení do konkrétních oborových rad pak závisí na jednotlivých školitelích a domluvě s nimi. PGS studium ve Fyziologickém ústavu mohou nicméně absolvovat i studenti jiných vysokých škol, např. VŠCHT v Praze.
Fyziologický ústav je přímo akreditován jako školící pracoviště pro následující obory:
| Přírodovědecká fakulta UK | Fyzikální chemie |
| Fyziologie živočichů | |
| Mikrobiologie | |
| Imunologie | |
| Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie | |
| Vývojová a buněčná biologie | |
| Matematicko-fyzikální fakulta UK | Biofyzika, chemická a makromolekulární fyzika / Biophysics, Chemical and Macromolecular Physics |
| FPBT VŠCHT | Biochemie a bioorganická chemie / Biochemistry and bioorganic chemistry |
| FCHT VŠCHT | Bioinformatika |
| 1. LF UK | Nutriční a metabolické vědy |
| 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK, LF UK v Plzni | Lékařská biofyzika |
| 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK | Experimentální chirurgie |
| 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK | Fyziologie a patofyziologie člověka |
| 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK | Farmakologie a toxikologie |
| 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK | Biologie a patobiologie buňky |
| 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK | Neurovědy |
| 1. LF UK, 2. LF UK, 3. LF UK, LF UK v Plzni | Biochemie a patobiochemie |
