Přístrojové vybavení Oddělení biofyzikální chemie
A: Hlavní vybavení - přístroje pro pokročilou optickou mikroskopii, spektroskopii a elektrochemii:
1) PicoQuant MicroTime 200
- konfokální časově rozlišený mikroskop s difrakčně limitovaným rozlišením, vhodný pro mikroskopii jednotlivých molekul a nanosekundovým časovým rozlišením.
- 4 detekční kanály založené na SPAD detektorech
- vícebarevná excitace (pulzně prokládané buzení (PIE))
- dostupné excitační vlnové délky: 375, 405, 440, 470, 532, 640 nm
- 3D skenování pomocí piezoelektricky ovládaného objektivu s přesností pohybu 10 nm a možností Z-polohování
- pozorování fluorescence širokého pole pomocí rtuťové lampy a CCD kamery
2) Modulární konfokální časově rozlišený mikroskop, s difrakčně omezeným prostorovým rozlišením, citlivostí jednotlivých molekul a sub-nanosekondovým časovým rozlišenímresolution
- 2 detekční kanály se SPAD detektory
- Dostupné excitační vlnové délky: 375, 405, 440, 470, 532, 640 nm
- 3D skenování vzorku s XYZ piezo-kontrolovaným stolkem s přesností 10nm
3) Olympus FluoView1000 MPE, konfokální skenovací mikroskop s jedno- a více-fotonovou excitací
- 3 vestavěné PMT detektory
- 2 kanálová detekce vhodná pro více-fotonovou excitaci
- 2 přídavné detekční kanály se SPAD detektory se sub-nanosekundovým rozlišením vhodné pro FLIM a FCS
- Transmisní detektor
- Možnost zobrazování v širokém zorném poli pomocí rtuťové výbojky a barevné CCD kamery
- Laditelný Ti Sapphire laser (Coherent Chameleon) pro vícefotonovou excitaci
- Dostupné excitační vlnové délky: 470, 488, 532, 640 nm
4) Modulární fluorescenční mikroskop s citlivotí jednotlivých molekul s TIRF objektivem postavený na těle Olympus IX71 a CCD kameře Andor DU897_BV
- Epifluorescenční systém s širokým zorným polem (WF) a možností TIRF iluminace
- Rozdělovač obrazu pro dvou-barevnuo detekci anebo dvou-rovinné a astigmatické snímání obrazu
- Možnost vysoce-rozlišené mikroskopie (PALM, SOFI)
- Možnost měření oligomrizačních rovnováh (TOCCSL-Thinning Out Clusters while Conserving Stoichiometry of Labeling)
- Dostupné excitační vlnové délky - 405, 488, 560, 640 nm v CW modu
- Kombinovaný mikrometrový (XY) and nanometrový (XYZ) stolek od firmy MadCityLabs
5) Modulární TIRF microskop určený pro "imaging FCS" a sledování jednotlivých částic postavený na těle Olympus IX81 a Andor iXon Ultra 897 BV EMCCD kameře
- Vhodný pro určování oligomerů (TOCCSL - Thinning Out Clusters while Conserving Stoichiometry of Labeling) a sledování jednotlivých částic
- Excitační zdroje: Coherent Sapphire 488nm, Lasos 640nm v kontinuálním modu
- Rozdělovač obrazu pro dvoubarevnou detekci
6) IBH 5000U - časově-rozlišený spectrofluorimetr
- Založený na metodě Time-Correlated Single-Photon Counting (TCSPC)
- Hamamatsu MCP detektor
- Široký výběr laserových diod pro pulzní excitaci
- Excitační a emisní polarizátory
- Kontrola teploty v rozmezí 5-100 oC
- Měření dohasínání fluorescence, dohasínání anizotropie a měření časově rozlišených spekter
7) PicoQuant FluoTime300 - časově-rozlišený spectrofluorimetr
- Založený na metodě Time-Correlated Single-Photon Counting (TCSPC)
- hybridní fotonásobičový detektor
- počítačem řízené pulzní laserové diody a LED excitační zdroje
- automatizovaná měření pomocí excitačních a emisních polarizátorů
- kontrola teploty, kyvetový prostor pro 4 vzorky
- měřenín intenzitního dohasínání, dohasínání anisotropie a korigovaných časově rozlišených emisních spekter
- integrovaný software pro analýzu dat
8) ModuLab ECS Solartron Analytical (Ametek) - universální programovatelný potenciostat
- v sestavě CHAS08, PSTAT 1MHz, FRA, Femto Ammeter, 2A Booster pro špičková elektrochemická měření
9) Potentiostat/Galvanostat SI 1287A s frekvenčním analyzátorem FRA 1255, Solartron
- Analytical (Ametek) pro špičková impedanční měření
B: Dostupné metody
1) Pokročilé metody pro fluorescenční korelační spektroskopii (FCS) a příbuzné fluktuační metody založené na fluorescenční detekci
- Fluorescence Cross-Correlation Spectroscopy (FCCS)
- Fluorescence Lifetime Correlation Spectroscopy (FLCS)
- z-scan FCS (vyvinuta v naší laboratoři)
- Raster Image Correlation Spectroscopy (RICS)
- Nanosecond FCS and Total correlation (FCS from zero lag-time)
2) Mikroskopické zobrazování doby života - FLIM (Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy)
- založena na přístupu Time Correlated Single Photon Counting (TCSPC)
3) Mikroskopie využívající excitaci pomocí úplného vnitřního odrazu (Total Internal Reflection Fluorescence (TIRF))
- mapování oligomerizačních rovnováh (Thinning Out Clusters while Conserving Stoichiometry of Labeling (TOCCSL))
- sledování jednotlivých částic (Single Particle Tracking)
4) Techniky vysoce rozlišené mikroskopie
- PALM a SOFI se sub-difrakčním prostorovým rozlišením využívající pokročilé zpracování dat a analýzu shlukování fluoreskujících molekul
5) Analýza mikroskopických dat pomocí "Number&Brightness" a "Antibunching" přístupů
- určování interakce a oligomerizace fluorescenčních molekul
6) Anisotropie fluorescence
- stacionární a časově rozlišená anisotropie, kterou lze měřit jak v kyvetě tak na mikroskopických vzorcích
7) Časově rozlišená emisní spektra (TRES)
- sub-nanosekundový dynamický Stokesův posuv, měření v rozpouštědlech, proteinech, DNA and biomembránách
C: Další pomocné vybavení
1) Fluorescenční stacionární spectrophotometry
- Jobin Yvon SPEX Fluorolog 3
- Edinburgh Instruments FS5
2) Cirkularní Dichroismus (CD) - spektrofotometr
- Jasco J-1500 s možností měření orientačního CD pro určování orientace peptidů v membránách
3) UV-VIS absorpční spektrometr
- Shimadzu UV2600 s integrační sférou
4) Systémy pro přípravu modelových lipidových dvojvrstev
- unilamelární vesikuly (SUVs, LUVs, GUVs), vesikuly z plasmatické membrány (GPMVs) a podporované lipidové dvojvrstvy (SPBs)
- extrudery Avestin
5) Langmuir-Blodgetovy váhy
- mikrováhy XS (Kibron) umožňují sledovat tvorbu monovrstev a jejich vizualizaci přímo na mikroskopu (dostupná teplotní regulace)
6) Osmometr
- Marcel OS 3000
7) Vybavení pro kultivaci savčích buněk
- laminární flowbox a 2 CO2 inkubátory
- mapování stavů buněčných kultur (viabilita, přítomnost mycoplasmatické infekce a stresu, ...)
- vybavení pro transfekci buněk pomocí electroporace (NEON system, Invitrogen) a lipofekce
- autokláv pro sterilizaci médií a laboratorních potřeb
8) CAM 101 System KSV Instrument Ltd. pro měření povrchového napětí rozhraní kapalina-vzduch a kapalina-kapalina
9) Laboratorní potenciostaty CH Instrument 900 a 600, PAR 263 a Metrohm AUTOLAB PGSTAT 302 pro elektrochemická měření
10) Dynamic Signal Analyzer HP 35665A
11) Micropipette Puller Sutter P-2000
![](https://webarchiv.lib.cas.cz:443/wayback/20211001205457im_/https://www.jh-inst.cas.cz/sites/www.drupal/files/data/dept-images/department-of-biophysical-chemistry_2.png)