Mgr program Ekonomický výzkum
CERGE-EI také nabízí Magisterský program Ekonomický výzkum. Jde o intenzivní dvouletý program s pokročilým kurikulem, který má společné předměty se studenty programu PhD v ekonomii.
Absolventi mají možnost pokračovat studiem PhD nebo se uplatnit na výzkumné pozici. Velkou výhodou programu je malý počet studentů, který zaručuje individuální přístup. Studenti, kteří jsou zároveň přijati do CERGE-EI PhD programu, mají nárok na měsíční finanční podporu. Studium není zpoplatněno a probíhá v anglickém jazyce.