Přístrojové vybavení Oddělení biofyzikální chemie

A: Hlavní vybavení - přístroje pro pokročilou optickou mikroskopii, spektroskopii a elektrochemii:

1) PicoQuant MicroTime 200

  • konfokální časově rozlišený mikroskop s difrakčně limitovaným rozlišením, vhodný pro mikroskopii jednotlivých molekul a nanosekundovým časovým rozlišením.
     
  • 4 detekční kanály založené na SPAD detektorech
     
  • vícebarevná excitace (pulzně prokládané buzení (PIE))
     
  • dostupné excitační vlnové délky: 375, 405, 440, 470, 532, 640 nm
     
  • 3D skenování pomocí piezoelektricky ovládaného objektivu s přesností pohybu 10 nm a možností Z-polohování
     
  • pozorování fluorescence širokého pole pomocí rtuťové lampy a CCD kamery

 

2) Modulární konfokální časově rozlišený mikroskop, s difrakčně omezeným prostorovým rozlišením, citlivostí jednotlivých molekul a sub-nanosekondovým časovým rozlišenímresolution

  • 2 detekční kanály se SPAD detektory
     
  • Dostupné excitační vlnové délky: 375, 405, 440, 470, 532, 640 nm
     
  • 3D skenování vzorku s XYZ piezo-kontrolovaným stolkem s přesností 10nm

3) Olympus FluoView1000 MPE, konfokální skenovací mikroskop s jedno- a více-fotonovou excitací

  • 3 vestavěné PMT detektory
     
  • 2 kanálová detekce vhodná pro více-fotonovou excitaci
     
  • 2 přídavné detekční kanály se SPAD detektory se sub-nanosekundovým rozlišením vhodné pro FLIM a FCS
     
  • Transmisní detektor
     
  • Možnost zobrazování v širokém zorném poli pomocí rtuťové výbojky a barevné CCD kamery
     
  • Laditelný Ti Sapphire laser (Coherent Chameleon) pro vícefotonovou excitaci
     
  • Dostupné excitační vlnové délky: 470, 488, 532, 640 nm

4) Modulární fluorescenční mikroskop s citlivotí jednotlivých molekul s TIRF objektivem postavený na těle Olympus IX71 a CCD kameře Andor DU897_BV

  • Epifluorescenční systém s širokým zorným polem (WF) a možností TIRF iluminace
     
  • Rozdělovač obrazu pro dvou-barevnuo detekci anebo dvou-rovinné a astigmatické snímání obrazu
     
  • Možnost vysoce-rozlišené mikroskopie (PALM, SOFI)
     
  • Možnost měření oligomrizačních rovnováh (TOCCSL-Thinning Out Clusters while Conserving Stoichiometry of Labeling)
     
  • Dostupné excitační vlnové délky - 405, 488, 560, 640 nm v CW modu
     
  • Kombinovaný  mikrometrový (XY) and nanometrový (XYZ) stolek od firmy MadCityLabs
     

5) Modulární TIRF microskop určený pro "imaging FCS" a sledování jednotlivých částic postavený na těle Olympus IX81 a Andor iXon Ultra 897 BV EMCCD kameře

  • Vhodný pro určování oligomerů (TOCCSL - Thinning Out Clusters while Conserving Stoichiometry of Labeling) a sledování jednotlivých částic
     
  • Excitační zdroje: Coherent Sapphire 488nm, Lasos 640nm v kontinuálním modu
     
  • Rozdělovač obrazu pro dvoubarevnou detekci

6) IBH 5000U - časově-rozlišený spectrofluorimetr

  • Založený na metodě Time-Correlated Single-Photon Counting (TCSPC)
     
  • Hamamatsu MCP detektor
     
  • Široký výběr laserových diod pro pulzní excitaci
     
  • Excitační a emisní polarizátory
     
  • Kontrola teploty v rozmezí 5-100 oC
     
  • Měření dohasínání fluorescence, dohasínání anizotropie a měření časově rozlišených spekter

7) PicoQuant FluoTime300 - časově-rozlišený spectrofluorimetr

  • Založený na metodě Time-Correlated Single-Photon Counting (TCSPC)
     
  • hybridní fotonásobičový detektor
     
  • počítačem řízené pulzní laserové diody a LED excitační zdroje
     
  • automatizovaná měření pomocí excitačních a emisních polarizátorů
     
  • kontrola teploty, kyvetový prostor pro 4 vzorky
     
  • měřenín intenzitního dohasínání, dohasínání anisotropie a korigovaných časově rozlišených emisních spekter
     
  • integrovaný software pro analýzu dat

8) ModuLab ECS Solartron Analytical (Ametek) - universální programovatelný potenciostat

  • v sestavě CHAS08, PSTAT 1MHz, FRA, Femto Ammeter, 2A Booster pro špičková elektrochemická měření

9) Potentiostat/Galvanostat SI 1287A s frekvenčním analyzátorem FRA 1255, Solartron

  • Analytical (Ametek) pro špičková impedanční měření

 

B: Dostupné metody

1) Pokročilé metody pro fluorescenční korelační spektroskopii (FCS) a příbuzné fluktuační metody založené na fluorescenční detekci

  • Fluorescence Cross-Correlation Spectroscopy (FCCS)
     
  • Fluorescence Lifetime Correlation Spectroscopy (FLCS)
     
  • z-scan FCS (vyvinuta v naší laboratoři)
     
  • Raster Image Correlation Spectroscopy (RICS)
     
  • Nanosecond FCS and Total correlation (FCS from zero lag-time) 

2) Mikroskopické zobrazování doby života - FLIM (Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy)

  • založena na přístupu Time Correlated Single Photon Counting (TCSPC)

3) Mikroskopie využívající excitaci pomocí úplného vnitřního odrazu (Total Internal Reflection Fluorescence (TIRF))

  • mapování oligomerizačních rovnováh (Thinning Out Clusters while Conserving Stoichiometry of Labeling (TOCCSL))
     
  • sledování jednotlivých částic (Single Particle Tracking)

4) Techniky vysoce rozlišené mikroskopie

  • PALM a SOFI se sub-difrakčním prostorovým rozlišením využívající pokročilé zpracování dat a analýzu shlukování fluoreskujících molekul

5) Analýza mikroskopických dat pomocí "Number&Brightness" a "Antibunching" přístupů

  • určování interakce a oligomerizace fluorescenčních molekul

6) Anisotropie fluorescence

  • stacionární a časově rozlišená anisotropie, kterou lze měřit jak v kyvetě tak na mikroskopických vzorcích

7) Časově rozlišená emisní spektra (TRES)

  • sub-nanosekundový dynamický Stokesův posuv, měření v rozpouštědlech, proteinech, DNA and biomembránách

 

C: Další pomocné vybavení

1) Fluorescenční stacionární spectrophotometry

  • Jobin Yvon SPEX Fluorolog 3
     
  • Edinburgh Instruments FS5 

2) Cirkularní Dichroismus (CD)  - spektrofotometr

  • Jasco J-1500 s možností měření orientačního CD pro určování orientace peptidů v membránách

3) UV-VIS absorpční spektrometr

  • Shimadzu UV2600 s integrační sférou

4) Systémy pro přípravu modelových lipidových dvojvrstev

  • unilamelární vesikuly (SUVs, LUVs, GUVs), vesikuly z plasmatické membrány (GPMVs) a podporované  lipidové dvojvrstvy (SPBs)
     
  • extrudery Avestin

5) Langmuir-Blodgetovy váhy

  • mikrováhy XS (Kibron) umožňují sledovat tvorbu monovrstev a jejich vizualizaci přímo na mikroskopu (dostupná teplotní regulace)

6) Osmometr

  • Marcel OS 3000

7) Vybavení pro kultivaci savčích buněk

  • laminární flowbox a  2 CO2 inkubátory
     
  • mapování stavů buněčných kultur (viabilita, přítomnost mycoplasmatické infekce a stresu, ...)
     
  • vybavení pro transfekci buněk pomocí electroporace (NEON system, Invitrogen) a lipofekce
     
  • autokláv pro sterilizaci médií a laboratorních potřeb

8) CAM 101 System KSV Instrument Ltd. pro měření povrchového napětí rozhraní kapalina-vzduch a kapalina-kapalina 

9) Laboratorní potenciostaty CH Instrument 900 a 600, PAR 263 a Metrohm AUTOLAB PGSTAT 302 pro elektrochemická měření 

10) Dynamic Signal Analyzer HP 35665A

11) Micropipette Puller Sutter P-2000

Oddělení biofyzikální chemie