Veškerá publikační činnost pracovníků MÚA je evidována v databázi ASEP:
MÚA AV ČR (od r. 2006), Archiv AV ČR (do r. 2005), Masarykův ústav AV ČR (do r . 2005).
Pokyny pro autory publikací MÚA AV ČR: zde
České moderní dějiny
Ediční řada České moderní dějiny, vydávaná ve spolupráci nakladatatelství Academia a Masarykova ústavu a Archivu AV ČR, se zaměřuje na dosud neprobádané aspekty sociálních a kulturních dějin českých zemí od poloviny 19. století do šedesátých let 20. století ve srovnávací středoevropské perspektivě.
V edici České moderní dějiny dosud vyšlo:
- Zdeněk Nebřenský, Marx, Engels, Beatles. Myšlenkový svět polských a československých vysokoškoláků, 1956–1968
- Tomáš W. Pavlíček, Výchova kněží v Čechách a jejich role v náboženské kultuře (1848–1914)
- Martin Klečacký, Český ministr ve Vídni. Ve službách císaře, národa a politické strany
- Dagmar Hájková – Pavel Horák – Vojtěch Kessler – Miroslav Michela (eds.), Sláva republice! Oficiální svátky a oslavy v meziválečném Československu
- Ota Konrád – Rudolf Kučera, Cesty z apokalypsy. Fyzické násilí v pádu a obnově střední Evropy 1914–1922
- Richard Vašek, „Račte to podepsat libovolnou šifrou.“ Prezident Masaryk jako anonymní publicista (1918–1935)
- Tomáš W. Pavlíček – Miroslav Kunštát – Lukáš Fasora a kol., Papežství a fenomén ultramontanismu v českých zemích
- Daniela Brádlerová, Vojáci nebo podnikatelé? Ekonomické a finanční aktivity československých legií během jejich anabáze v Rusku a na Sibiři
- Jan Hálek – Boris Mosković, Fenomén Maffie. Český (domácí) protirakouský odboj v proměnách 20. století
- Martin Jemelka – Jakub Štofaník, Víra a nevíra ve stínu továrních komínů. Náboženský život průmyslového dělnictva v českých zemích (1918—1938)
- Mark Cornwall, Čertova zeď. Život a smrt Heinze Ruthy
- Jan Vondráček, Státní moc, politická správa a každodennost. Prosazování řízeného hospodářství v politickém okrese Kladno v Protektorátu Čechy a Morava 1939–1945
Připravujeme:
- Magdalena Sedlická, „Není přítel jako přítel.“ Židé v národním státě Čechů a Slováků, 1945–1948
Jan Vondráček
Magdalena Sedlická
Jan Hálek – Boris Mosković
Martin Jemelka – Jakub Štofaník
Daniela Brádlerová
Lukáš Fasora – Miroslav Kunštát – Tomáš W. Pavlíček a kol.
Ota Konrád – Rudolf Kučera
Dagmar Hájková – Pavel Horák a kol. (eds.)
Richard Vašek