Výzkumná koncepce Oddělení muzikologie je zaměřena na bohemikální témata z oblasti dějin a teorie hudby. Tematické a pracovní provázání s dalšími odděleními a badatelskými centry v rámci ÚDU AV ČR, v. v. i. zajišťuje dlouhodobý hlavní týmový cíl oddělení – vytvoření kolektivní monografie Dějiny hudby v českých zemích. Příprava monografie je postupně realizována v dílčích individuálních projektech, založených na zkoumání vývoje hudební kultury v geograficky a historicky vymezeném prostoru tzv. českých zemí z hlediska proměňujícího se ideového, sociálního, kulturního, ekonomického, konfesijního a hudebně-institucionálního kontextu. Tematicky se výzkum neomezuje pouze na projevy vysoké hudební kultury, ale usiluje o aplikování nových metod odkrývání fungování hudby ve všech vrstvách dobové společnosti.
V rámci programu Strategie AV21 bylo v uplynulých dvou letech realizováno několik dílčích projektů. Konference Pražská mozartovská vila Bertramka ve světle neznámých německých pramenů z roku 1925 a 1942 (Milada Jonášová), s publikačním výstupem Bertramka – německý pohled (1942) – sborník referátů z konference a výstavní katalog. Součástí projektu Tematické katalogy děl českých skladatelů online – pražští tvůrci raného 18. století (Václav Kapsa) byl workshop a rozpracování katalogů vybraných tvůrců působících v Praze raného 18. století. Projekt Ženy v české hudební kultuře v 19. století propojil mezinárodní online workshop s koncertem (písně, duety a klavírní skladby skladatelek 19. století). V přípravě je rovněž kniha věnovaná tomuto tématu. Členové oddělení (Aleš Opekar, David Vondráček) se jako spoluřešitelé podílejí na projektu Ústavu pro českou literaturu Umění – gesto – argument, zaměřeném na umělecká díla nebo události, které v meziválečném období vyvolaly veřejnou debatu.
S podporou Komise pro regionální spolupráci krajů a ústavů AV ČR pořádá každoročně Milada Jonášová v rámci Festivalu barokních umění v Českém Krumlově mezinárodní muzikologickou konferenci o italské opeře v 18. století v Čechách: 2019 – Demofoonte jako operní námět: J. A. Hasse a další skladatelé 18. století; 2020 – Italská opera – mezi originálem a pasticciem. V přípravě pro rok 2021 je konference na téma Opera jako slavnostní událost.
S podporou Ministerstva kultury České republiky se v roce 2020 v online režimu uskutečnila mezinárodní muzikologická konference Aktuální otázky mozartovského výzkumu III.
V rámci grantového projektu Mezinárodní spolupráce začínajících výzkumných pracovníků (MSM) AV ČR je nově zahájen výzkum k tematice Mediální reprezentace hudebních žen ve Vídni, Berlíně a Praze v první polovině devatenáctého století (Anja Bunzel).
Za přispění pracovníků oddělení vznikly v posledních dvou letech následující publikace: Milada Jonášová (ed.), Tre opere su Don Giovanni per Praga: Caldara 1730 – Righini 1776 – Mozart 1787, collana: L'opera italiana nei territori boemi durante il Settecento IV., Praga 2019 (koeditor Tomislav Volek); Anja Bunzel (ed.), Musical Salon Culture in the Long Nineteenth Century, Woodbridge: Boydell, 2019 (koeditor Natasha Loges); Milada Jonášová (ed.), Aktuelle Fragen der Mozart-Forschung II. Bericht über den Prager Mozart-Kongress 2018 (Mozart Studien 27), Wien: Hollitzer Verlag, 2020 (koeditoři Manfred Hermann Schmid, Tomislav Volek); Milada Jonášová (ed.), Demofoonte come soggetto per il dramma per musica: Johann Adolf Hasse ed altri compositori del Settecento, collana: Lʼopera italiana nei territori boemi durante il Settecento V., Praga 2020 (koeditor Tomislav Volek); Anja Bunzel, The Songs of Johanna Kinkel: Genesis, Reception, Context, Woodbridge: Boydell, 2020; Václav Kapsa, Joseph Brentner. A Catalogue of His Works (Brk), Ústav dějin umění AV ČR 2019–2021, publikováno online; Václav Kapsa (ed.), Carolus Pelicanus, Adoro te devote, Ad festa venite (Fontes Musicae in Polonia C/XX), Warszawa: Wydawnictwo Naukowe Sub Lupa, 2020; Václav Kapsa (ed.), Joannes Possival, Litaniae lauretanae sub titulo Consolatrix afflictorum (Fontes Musicae in Polonia C/XV), Warszawa: Wydawnictwo Naukowe Sub Lupa, 2020.
Součástí oddělení muzikologie je redakce odborného oborového muzikologického časopisu Hudební věda.
